categoryCompare

DOI:10.18129 / B9.bioc.categoryCompare

这是发展categoryCompare版本;稳定的发布版本,请参阅categoryCompare。

荟萃分析的高通量实验使用功能注释

Bioconductor版本:发展(3.18)

计算重要的注释(类别)的两个(或更多)特性(即基因)列表,决定注释之间的重叠,并返回图形和表格数据的重要的注释和功能列表的组合注释被发现是重要的。交互式探索通过使用RCytoscape(严重建议)。

作者:罗伯特·m·飞行< rflight79 gmail.com >

维修工:罗伯特·m·飞行< rflight79 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“categoryCompare”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“categoryCompare”)

HTML	R脚本	categoryCompare:高通量数据分析使用基因注释
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,去,GeneExpression,MultipleComparison,通路,软件
版本	1.45.0
Bioconductor自	BioC 2.10 (r - 2.15)(11.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 2.10),Biobase,BiocGenerics(> = 0.13.8)
进口	AnnotationDbihwriter,GSEABase,类别(> = 2.33.1),GOstats,注释色彩,图,RCy3(> = 1.99.29)方法、grDevices跑龙套
链接
建议	knitr,GO.db,KEGGREST,雌激素,org.Hs.eg.db,hgu95av2.db,limma,affy,genefilter,rmarkdown
SystemRequirements	Cytoscape(> = 3.6.1)(如果用于可视化的结果,严重建议)
增强了
URL	https://github.com/rmflight/categoryCompare
BugReports	https://github.com/rmflight/categoryCompare/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	categoryCompare_1.45.0.tar.gz
Windows二进制	categoryCompare_1.45.0.zip
macOS二进制(x86_64)	categoryCompare_1.45.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/categoryCompare
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ categoryCompare
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/categoryCompare/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/categoryCompare/
包下载报告	下载数据