exomePeak2

DOI:10.18129 / B9.bioc.exomePeak2

这是发展exomePeak2版本;稳定的发布版本,请参阅exomePeak2。

和微分分析呼吁MeRIP-Seq峰值

Bioconductor版本:发展(3.18)

exomePeak2 RNA免疫沉淀反应为甲基化提供了峰值检测和微分甲基化测序(MeRIP-Seq)数据。MeRIP-Seq通常应用测序分析,测量位置和丰富的RNA修改网站特定细胞的条件下。在实践中,对PCR扩增技术是敏感的偏见在门店数据。此外,免疫沉淀反应的效率往往有所不同IP样本。exomePeak2可以执行峰打电话和微分分析GC含量偏差和独立的知识产权效率的变化。

作者:魏甄(aut (cre)

维修工:魏甄<甄。在icloud.com wei10 >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“exomePeak2”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	报道,DifferentialMethylation,DifferentialPeakCalling,MethylSeq,PeakDetection,RNASeq,测序,软件
版本	1.13.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),SummarizedExperiment
进口	Rsamtools,GenomicAlignments,GenomicRanges,GenomicFeatures,DESeq2ggplot2 mclust,BSgenome,Biostrings,GenomeInfoDb,BiocParallel,IRanges,S4Vectors,rtracklayer、方法、统计跑龙套,BiocGenericsmagrittr speedglm,样条函数
链接
建议	knitr, rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/ZW-xjtlu/exomePeak2/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包
Windows二进制	exomePeak2_1.13.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	exomePeak2_1.13.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/exomePeak2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ exomePeak2
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/exomePeak2/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/exomePeak2/
包下载报告	下载数据