rhdf5

DOI:10.18129 / B9.bioc.rhdf5

这是发展rhdf5版本;稳定的发布版本,请参阅rhdf5。

R接口HDF5

Bioconductor版本:发展(3.18)

这个包提供了一个接口HDF5和r . HDF5之间的主要功能是存储和访问的能力非常大的和/或复杂的数据集和各种元数据海量存储器(磁盘)通过一个完全可移植文件格式。rhdf5包是适合大型和/或复杂的交换数据集之间的R和其他软件包,让R应用工作大于可用内存的数据集。

作者:贝恩德•费舍尔(aut),迈克·史密斯(aut (cre)格雷戈勒加索尔(aut),马丁•摩根(施)丹尼尔·Twisk(施)

维护人员:迈克史密斯<迈克。史密斯在embl.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“rhdf5”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“rhdf5”)

HTML	R脚本	阅读HDF5文件在云端
HTML	R脚本	rhdf5为R - HDF5接口
HTML	R脚本	rhdf5实用技巧
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,基础设施,软件
版本	2.45.0
Bioconductor自	BioC 1.6 (r - 2.1)或更早(> 18岁)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 4.0.0)方法
进口	Rhdf5lib(> = 1.13.4),rhdf5filters
链接	Rhdf5lib
建议	bit64,BiocStyle,rmarkdown knitr testthat、凳子、dplyr, ggplot2,嘲弄,BiocParallel
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	https://github.com/grimbough/rhdf5
BugReports	https://github.com/grimbough/rhdf5/issues
取决于我	GSCA,HDF5Array,HiCBricks,LoomExperiment,MuData,octad
进口我	alabaster.base,alabaster.matrix,BayesSpace,BgeeCall,biomformat,bnbc,bsseq,chihaya,CiteFuse,cmapR,CopyNumberPlots,CRISPRseek,cTRAP,cytomapper,diffHic,DmelSGI,DropletUtils,epigraHMM,EventPointer,弗雷泽,GenomicScores,gep2pep,h5vc,HiCcompare,HiCDOC,HiCExperiment,电离,MafH5.gnomAD.v3.1.1.GRCh38,MafH5.gnomAD.v3.1.2.GRCh38,水手,MethylSeqData,MOFA2,phantasus,ptairData,ptairMS,PureCN,recountmethylation,ribor,scCB2,scMultiome,司康饼,signatureSearch,signatureSearchData,SpliceWiz,SpotClean,trackViewer
建议我	刨边机,pairedGSEA,rhdf5filters,SCArray,scviR,激流回旋,SpatialFeatureExperiment,光谱,SummarizedExperiment,TENxIO,tximport,“航行者”号,zellkonverter
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	rhdf5_2.45.0.tar.gz
Windows二进制	rhdf5_2.45.0.zip
macOS二进制(x86_64)	rhdf5_2.45.0.tgz
macOS二进制(arm64)	rhdf5_2.45.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rhdf5
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rhdf5
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/rhdf5/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/rhdf5/
包下载报告	下载数据