xcms

DOI:10.18129 / B9.bioc.xcms

这是发展xcms版本;稳定的发布版本,请参阅xcms。

质和gc - ms数据分析

Bioconductor版本:发展(3.18)

框架处理和可视化的色谱分离和single-spectra质量的光谱数据。从友邦保险/进口安迪NetCDF、mzXML mzData和mzML文件。高通量的预处理数据,没有针对性分析物分析。

作者:科林·a·史密斯(aut),拉尔夫Tautenhahn (aut),史蒂芬诺依曼(aut (cre)保罗•本顿(aut)克里斯托弗·康利(aut),约翰Rainer (aut),迈克尔情报(施),威廉Kumler(施)

维修工:史蒂芬诺伊曼< sneumann在ipb-halle.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“xcms”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	ImmunoOncology,MassSpectrometry,代谢组学,软件
版本	3.99.2
Bioconductor自	BioC 1.6 (r - 2.1)或更早(> 18岁)
许可证	GPL许可证(> = 2)+文件
取决于	R (> = 4.0.0),BiocParallel(> = 1.8.0),MSnbase(> = 2.23.1)
进口	mzR(> = 2.25.3)、方法Biobase,BiocGenerics,ProtGenerics(> = 1.29.1)、晶格、RColorBrewer plyr, RANN,MassSpecWavelet(> = 1.61.3),S4Vectorsrobustbase,IRanges,SummarizedExperiment,MsCoreUtils(> = 1.11.5),MsFeatures,MsExperiment(> = 1.1.2),光谱(> = 1.9.4),进步,乘
链接
建议	BiocStyle、caTools knitr (> = 1.1.0),faahKO,msdata(> = 0.25.1)、ncdf4 testthat,老鸨,rmarkdown, MALDIquant, pheatmap,MsBackendMgf,MetaboCoreUtils、信号
SystemRequirements
增强了	Rgraphviz、rgl、XML
URL	https://github.com/sneumann/xcms
BugReports	https://github.com/sneumann/xcms/issues/new
取决于我	相机,faahKO,flagme,首次公开募股,LOBSTAHS,金属底座,metaMS,ncGTW,PtH2O2lipids
进口我	相机,cliqueMS,cosmiq,MAIT,MobilityTransformR,Risa
建议我	CluMSID,msdata,msPurity,mtbls2,RforProteomics,RMassBank
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包
Windows二进制	xcms_3.99.2.zip
macOS二进制(x86_64)	xcms_3.99.2.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/xcms
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ xcms
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/xcms/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/xcms/
包下载报告	下载数据