##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“ChIPpeakAnno”)

这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本，请参见ChIPpeakAnno．

从ChIP-seq、ChIP-chip实验或任何实验中识别的峰的批量注释导致大量的染色体范围

Bioconductor版本:3.2

该软件包是为了方便ChIP-seq实验的下游分析。它包括查找用户提供的最近的基因、外显子、miRNA或自定义特征(如最保守的元件和其他转录因子结合位点)，检索峰值附近的序列，获得丰富的基因本体(GO)术语或通路。从2.0.5开始，添加了新的功能，用于查找具有总结统计的双向启动子的峰值(peaksNearBDP)，用于汇总峰值中motif的出现情况(summarizePatternInPeaks)，以及用于向注释的峰值或充实的go添加其他id (addGeneIDs)。从3.4开始，我们还实现了置换测试函数，以确定两组峰值之间的关联，并为给定的特征/峰值范围绘制热图。这个包利用了biomaRt, IRanges, Biostrings, BSgenome, GO.db, multtest和stat包。

作者:朱丽华朱丽华，欧建宏，余军，Herve Pages, Claude Gazin, Nathan Lawson, Ryan Thompson, Simon Lin, David Lapointe和Michael Green

维护者:朱丽华朱莉<朱莉。欧建宏<建宏。你在umassmed。edu>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“ChIPpeakAnno”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ChIPpeakAnno”)

超文本标记语言		ChIPpeakAnno用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，ChIPSeq，ChIPchip，软件
版本	3.4.6
在Bioconductor	BioC 2.5 (R-2.10)(6.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R(>= 3.1)，方法，网格，IRanges，Biostrings，GenomicRanges，S4Vectors，维恩图
进口	BiocGenerics(> = 0.15.1),GO.db，biomaRt，BSgenome，GenomicFeatures，GenomeInfoDb，matrixStats，AnnotationDbi，limma，乘，RBGL，图，BiocInstaller统计数据,地区，DBI，ensembldb，Biobase
链接
建议	reactome.db，BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805，org.Ce.eg.db，org.Hs.eg.db，BSgenome.Celegans.UCSC.ce10，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7，EnsDb.Hsapiens.v75，EnsDb.Hsapiens.v79，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，gplots，RUnit，BiocStyle，rtracklayer，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	ggtut，REDseq
进口我	FunciSNP，GUIDEseq，REDseq
建议我	ggtut，oneChannelGUI，R3CPET，RIPSeeker
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	ChIPpeakAnno_3.4.6.tar.gz
Windows二进制	ChIPpeakAnno_3.4.6.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	ChIPpeakAnno_3.4.1.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	ChIPpeakAnno_3.4.6.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/ChIPpeakAnno/tree/release-3.2
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ChIPpeakAnno/
软件包下载报告	下载数据