要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// URL(“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”)bioclite(“ medips”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。

Medips

此软件包适用于生物导体的3.2版;对于稳定的最新版本,请参阅Medips

DNA IP-seq数据分析

生物导体版本:3.2

开发了MEDIP,用于分析源自甲基化DNA免疫沉淀(MEDIP)实验的数据,然后进行测序(MEDIP-SEQ)。但是,MEDIP提供了分析任何定量测序数据(例如chip-seq,mbd-seq,cms-seq等)的功能,包括计算样品组和饱和度和相关分析之间的差异覆盖率。

作者:Lukas Chavez,Matthias Lienhard,Joern Dietrich,Isaac Lopez Moyado

维护者:dkfz.de>的Lukas Chavez

引用(从r内,输入引用(“ MEDIPS”)):

安装

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##尝试http://如果不支持https:// URL(“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”)bioclite(“ medips”)

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Medips”)

PDF Medips
PDF 参考手册

细节

生物浏览 chipseq,,,,库务,,,,覆盖范围,,,,CPGISLAND,,,,DNAMETHYLATY,,,,差异性,,,,遗传学,,,,基因数,,,,微阵列,,,,预处理,,,,QualityControl,,,,测序,,,,测序,,,,软件,,,,可视化
版本 1.20.1
在生物导体中 Bioc 2.7(R-2.12)(5。5年)
执照 GPL(> = 2)
要看 r(> = 3.0),BSGENOME,,,,rsamtools
进口 基因组机,,,,生物弦,图形,gtools,,,,iranges,方法,统计,utils,EDGER,,,,DNACOPIGY,,,,Biomart,,,,rtracklayer,,,,预处理
链接
建议 bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,Medipsdata,,,,生物使用
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

包源 Medips_1.20.1.tar.gz
Windows二进制 Medips_1.20.1.zip
Mac OS X 10.6(雪豹) Medips_1.20.0.tgz
Mac OS X 10.9(Mavericks) Medips_1.20.1.tgz
颠覆源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/bioconductor-mirror/medips/tree/release-3.2
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/medips/
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