##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("SomatiCA")

此包适用于Bioconductor的3.2版本;有关稳定的最新发布版本，请参见SomatiCA．

SomatiCA:从癌症基因组测序中识别、表征和量化体细胞拷贝数畸变

Bioconductor版本:3.2

SomatiCA是一套能够从癌症基因组测序中识别、表征和量化体细胞cna的软件。首先，它使用从映射的短序列读取的读取深度和较小的等位基因频率(LAF)来分割基因组并识别候选CNAs。其次，SomatiCA通过贝叶斯有限混合模型从肿瘤-正常对的相对拷贝数剖面估计混合率。第三，SomatiCA量化每个基因组片段的绝对体细胞拷贝数和亚克隆性，以指导其特征描述。SomatiCA的结果可以进一步与单核苷酸变异(single nucleotide variation, SNVs)整合，从而更好地了解肿瘤的进化过程。

作者:陈孟杰<孟杰。陈在yale.edu >，Hongyu Zhao

维护者:Mengjie Chen < Mengjie。陈在yale.edu >

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("SomatiCA")

文档

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browseVignettes(“SomatiCA”)

PDF		SomatiCA装饰图案
PDF		SomatiCAUserGuide.pdf
PDF		参考手册

细节

biocViews	CopyNumberVariation，测序，软件
版本	魅惑
Bioconductor自	BioC 2.12 (R-3.0)(3年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 2.14.0),拉尔斯，DNAcopy，foreach、方法、rebmix，GenomicRanges，IRanges，doParallel，mvtnorm
进口	foreach，拉尔斯，sn，DNAcopy、方法、rebmix，GenomicRanges，IRanges
链接
建议
SystemRequirements
增强了	sn，SomatiCAData
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	SomatiCA_2.1.0.tar.gz
Windows二进制	SomatiCA_2.1.0.zip
Mac OS X 10.6(雪豹)	SomatiCA_1.14.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛队)	SomatiCA_2.1.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/SomatiCA/tree/release-3.2
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SomatiCA/
包下载报告	下载数据