要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”)bioclite(“ plaplicinggraphs”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。

剪接图

此软件包适用于生物导体的3.2版;对于稳定的最新版本,请参阅剪接图

创建,操纵,可视化剪接图并分配RNA-Seq读取给它们

生物导体版本:3.2

该软件包允许用户根据给定生物体的基因模型创建,操纵和可视化剪接图及其气泡。此外,它允许用户将RNA-Seq读取为一组剪接图的边缘,并以不同的方式进行汇总。

作者:D。Bindreither,M。Carlson,M。Morgan,H。页面

维护者:H。页面

引用(从r内,输入引用(“剪接图”)):

安装

要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”)bioclite(“ plaplicinggraphs”)

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“剪接图”)

PDF 剪接图和RNA-seq数据
PDF 参考手册

细节

生物浏览 替代方案,,,,注解,,,,datarepresentation,,,,基因表达,,,,遗传学,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件,,,,转录,,,,可视化
版本 1.10.0
在生物导体中 Bioc 2.12(R-3.0)(3年)
执照 艺术2.0
要看 GenomicFeatures(> = 1.17.13),基因组签名(> = 1.1.22),rgraphviz(> = 2.3.7)
进口 方法,utils,Igraph,,,,生物基因,,,,S4VECTORS,,,,iranges(> = 2.3.21),GenomeInfodB,,,,基因组机,,,,GenomicFeatures,,,,rsamtools,,,,基因组签名,,,,图形,,,,rgraphviz
链接
建议 Igraph,,,,GVIZ,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14,,,,运行
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

包源 SpicingGraphs_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 SplicingGraphs_1.10.0.zip
Mac OS X 10.6(雪豹) SplicingGraphs_1.10.0.tgz
Mac OS X 10.9(Mavericks) SplicingGraphs_1.10.0.tgz
颠覆源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/bioconductor-mirror/splicinggraphs/tree/release-3.2
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/splicinggraphs/
软件包下载报告 下载统计

文档»

生物导体

r/克兰软件包和文档

支持»

请阅读发布指南。向以下位置之一发布有关生物导体的问题:

  • 支持网站- 有关生物处理套件的问题
  • Bioc-devel邮件列表 - 包装开发人员2021欧洲杯体育投注开户
弗雷德·哈钦森癌症研究中心