要安装这个包,开始R,然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("chipseq")

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

chipseq

此包适用于Bioconductor的3.2版本;有关稳定的最新发布版本,请参见chipseq

chipseq:用于分析chipseq数据的包

Bioconductor版本:3.2

用于帮助处理chipseq实验的短读数据的工具

作者:Deepayan Sarkar, Robert Gentleman, Michael Lawrence,姚子珍

维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者

引用(从R中,输入引用(“chipseq”)):

安装

要安装这个包,开始R,然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("chipseq")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“chipseq”)

PDF 一个ChIP-Seq分析工作流程示例
PDF 参考手册

细节

biocViews ChIPSeq报道DataImport质量控制测序软件
版本 1.20.0
Bioconductor自 BioC 2.5 (R-2.10)(6.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 2.10),方法,BiocGenerics(> = 0.1.0),S4Vectors(> = 0.0.1),IRanges(> = 1.99.1),GenomicRanges(> = 1.17.7),ShortRead
进口 方法、统计数据晶格BiocGenericsIRangesGenomicRangesShortRead
链接
建议 BSgenomeGenomicFeaturesTxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我 ChIPQC文案HTSeqGeniesoGGi
建议我 ggbiooneChannelGUI
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源 chipseq_1.20.0.tar.gz
Windows二进制 chipseq_1.20.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6(雪豹) chipseq_1.20.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛队) chipseq_1.20.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/chipseq/tree/release-3.2
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/chipseq/
包下载报告 下载数据

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Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下地点之一:

弗雷德·哈钦森癌症研究中心