要安装这个包,开始R,然后输入:
##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("chipseq")
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
此包适用于Bioconductor的3.2版本;有关稳定的最新发布版本,请参见chipseq.
Bioconductor版本:3.2
用于帮助处理chipseq实验的短读数据的工具
作者:Deepayan Sarkar, Robert Gentleman, Michael Lawrence,姚子珍
维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者
引用(从R中,输入引用(“chipseq”)
):
要安装这个包,开始R,然后输入:
##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("chipseq")
要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:
browseVignettes(“chipseq”)
一个ChIP-Seq分析工作流程示例 | ||
参考手册 |
biocViews | ChIPSeq,报道,DataImport,质量控制,测序,软件 |
版本 | 1.20.0 |
Bioconductor自 | BioC 2.5 (R-2.10)(6.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R(>= 2.10),方法,BiocGenerics(> = 0.1.0),S4Vectors(> = 0.0.1),IRanges(> = 1.99.1),GenomicRanges(> = 1.17.7),ShortRead |
进口 | 方法、统计数据晶格,BiocGenerics,IRanges,GenomicRanges,ShortRead |
链接 | |
建议 | BSgenome,GenomicFeatures,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | 平 |
进口我 | ChIPQC,文案,HTSeqGenie,soGGi |
建议我 | ggbio,oneChannelGUI |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。
包的来源 | chipseq_1.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | chipseq_1.20.0.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.6(雪豹) | chipseq_1.20.0.tgz |
Mac OS X 10.9(小牛队) | chipseq_1.20.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/chipseq/tree/release-3.2 |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/chipseq/ |
包下载报告 | 下载数据 |
支持»
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