要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“pathview”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

pathview

这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本,请参见pathview

基于路径的数据集成和可视化工具集

Bioconductor版本:3.2

Pathview是一个基于路径的数据集成和可视化工具集。它在相关通路图上绘制和呈现各种各样的生物数据。所有用户需要的是提供他们的数据并指定目标路径。Pathview自动下载路径图数据,解析数据文件,将用户数据映射到路径,并使用映射的数据渲染路径图。此外,Pathview还与路径和基因集(富集)分析工具无缝集成,用于大规模和全自动分析。

作者:罗维钧

维护者:Weijun Luo < Luo Weijun at yahoo.com>

引文(从R内,输入引用(“pathview”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“pathview”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“pathview”)

PDF 路径视图:基于路径的数据集成和可视化
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpressionGeneExpressionGeneSetEnrichment遗传学GraphAndNetwork代谢组学微阵列通路蛋白质组学RNASeq测序软件SystemsBiology可视化
版本 1.10.1
在Bioconductor BioC 2.12 (R-3.0)(3年)
许可证 GPL (> = 3.0)
取决于 R (>= 2.10),org.Hs.eg.db
进口 KEGGgraphXMLRgraphvizpngAnnotationDbiKEGGREST,方法,utils
链接
建议 org.Mm.eg.dbRUnitBiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL http://pathview.r-forge.r-project.org/
全靠我 EnrichmentBrowser
进口我 CompGO
建议我 clusterProfilergageData
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 pathview_1.10.1.tar.gz
Windows二进制 pathview_1.10.1.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) pathview_1.10.1.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks) pathview_1.10.1.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/pathview/tree/release-3.2
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/pathview/
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请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

弗雷德哈钦森癌症研究中心