要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("topGO")

在大多数情况下,您根本不需要下载包归档文件。

topGO

该软件包适用于Bioconductor的3.2版本;有关稳定的最新发布版本,请参见topGO

topGO:基因本体富集分析

Bioconductor版本:3.2

topGO包提供了测试GO术语的工具,同时考虑了GO图的拓扑结构。可以实现和应用不同的测试统计量和不同的方法来消除GO项之间的局部相似性和依赖性。

作者:Adrian Alexa, Jorg Rahnenfuhrer

维护者:阿德里安Alexa <阿德里安。Alexa在gmail.com>

引用(来自R,输入引用(“topGO”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("topGO")

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,启动R并输入:

browseVignettes(“topGO”)

PDF topGO
PDF 参考手册

细节

biocViews 微阵列软件可视化
版本 2.22.0
在Bioconductor中 BioC 2.0 (R-2.5)(9年)
许可证 LGPL
取决于 R (>= 2.10.0), methods,BiocGenerics(> = 0.13.6),(> = 1.14.0),Biobase(> = 2.0.0),GO.db(> = tripwire),AnnotationDbi(> = 1.7.19),SparseM(> = 0.73)
进口 方法,BiobaseSparseMAnnotationDbi晶格
链接
建议 所有hgu95av2.dbhgu133a.dbgenefilterxtableRgraphvizglobaltest
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我 ccTutorialcompEpiToolsRNAithertRanslatome
进口我 clusterProfilerEnrichmentBrowserGOSimmvGST国家环保总局
建议我 FGNetmiRNAtap林格
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

包的来源 topGO_2.22.0.tar.gz
Windows二进制 topGO_2.22.0.zip
Mac OS X 10.6(雪豹) topGO_2.22.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks) topGO_2.22.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/topGO/tree/release-3.2
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/topGO/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下地点之一:

Fred Hutchinson癌症研究中心