要安装这个包,开始R,然后输入:
##尝试http://if https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608")
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
此包适用于Bioconductor的3.2版本;有关稳定的最新发布版本,请参见SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608.
Bioconductor版本:3.2
从NCBI dbSNP Build 137中提取的智人SNP位点和等位基因。用于此包的源数据文件由NCBI于2012年6月7-8日创建,包含映射到参考基因组GRCh37.p5的snp。警告:注意,GRCh37。p5基因组是一个补丁版本的GRCh37,但补丁不会改变染色体1-22,X, Y, MT。GRCh37本身与来自UCSC的hg19基因组*相同,除了*的线粒体染色体。因此,该包中的snp可以被“注入”到bsgome . hsapiens . ucsc中。hg19,它们将降落在正确的位置,但这一注入将排除chrM(即不会按该顺序注入任何东西)。
作者:Herve Pages
维护人员:H. Pages
引用(从R中,输入引用(“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608”)
):
要安装这个包,开始R,然后输入:
##尝试http://if https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608")
参考手册 |
biocViews | AnnotationData,遗传学,Homo_sapiens |
版本 | 0.99.10 |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 2.10),IRanges,GenomicRanges,BSgenome(> = 1.25.6) |
进口 | 方法,跑龙套,IRanges,GenomicRanges,BSgenome |
链接 | |
建议 | Biostrings,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 1.3.19) |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | ggtut |
进口我 | |
建议我 | AllelicImbalance,cheung2010,GGtools,motifbreakR,VariantFiltering |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。
包的来源 | SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608_0.99.10.tar.gz |
Windows二进制 | |
Mac OS X 10.6(雪豹) | |
Mac OS X 10.9(小牛队) | |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608/ |
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