要安装这个包,开始R,然后输入:

##尝试http://if https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608")

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608

此包适用于Bioconductor的3.2版本;有关稳定的最新发布版本,请参见SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608

智人的SNP位点(dbSNP Build 137)

Bioconductor版本:3.2

从NCBI dbSNP Build 137中提取的智人SNP位点和等位基因。用于此包的源数据文件由NCBI于2012年6月7-8日创建,包含映射到参考基因组GRCh37.p5的snp。警告:注意,GRCh37。p5基因组是一个补丁版本的GRCh37,但补丁不会改变染色体1-22,X, Y, MT。GRCh37本身与来自UCSC的hg19基因组*相同,除了*的线粒体染色体。因此,该包中的snp可以被“注入”到bsgome . hsapiens . ucsc中。hg19,它们将降落在正确的位置,但这一注入将排除chrM(即不会按该顺序注入任何东西)。

作者:Herve Pages

维护人员:H. Pages

引用(从R中,输入引用(“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608”)):

安装

要安装这个包,开始R,然后输入:

##尝试http://if https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608")

文档

PDF 参考手册

细节

biocViews AnnotationData遗传学Homo_sapiens
版本 0.99.10
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 2.10),IRangesGenomicRangesBSgenome(> = 1.25.6)
进口 方法,跑龙套,IRangesGenomicRangesBSgenome
链接
建议 BiostringsBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 1.3.19)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我 ggtut
进口我
建议我 AllelicImbalancecheung2010GGtoolsmotifbreakRVariantFiltering

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源 SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608_0.99.10.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.6(雪豹)
Mac OS X 10.9(小牛队)
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608/
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