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此包适用于Bioconductor 3.4版;有关稳定的最新发布版本，请参见CINdex．

染色体不稳定性指数

Bioconductor版本:3.4

CINdex包涉及高通量基因组分析的重要领域。它允许自动处理和分析由Affymetrix SNP 6.0阵列或类似的高通量技术生成的实验DNA拷贝数数据。它计算染色体不稳定性(CIN)指数，允许定量地描述全基因组DNA拷贝数改变作为染色体不稳定性的衡量标准。该软件包不仅计算整体基因组的不稳定性，而且在染色体和细胞带水平上分别计算拷贝数增加和损失的不稳定性。

作者:宋磊，Krithika Bhuvaneshwar，王岳，冯元健，shiie - ming, Subha Madhavan, Yuriy Gusev

维护者:Yuriy Gusev

安装

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文档

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PDF	R脚本	CINdex教程
PDF	R脚本	为CINdex准备输入数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，遗传学，GenomicVariation，微阵列，测序，软件，aCGH
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(1年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.3)，GenomicRanges
进口	bitops，gplotsgrDevices,耶鲁大学管理学院，dplyr，gridExtra，png，stringr，S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb，图形，统计，效用
链接
建议	knitr，testthat，ReactomePA，RUnit，BiocGenerics，AnnotationHub，rtracklayer，pd.genomewidesnp.6，org.Hs.eg.db，biovizBase，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene、方法、Biostrings，Homo.sapiens
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	CINdex_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	CINdex_1.2.0.zip
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	CINdex_1.2.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/CINdex/tree/release-3.4
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CINdex/
软件包下载报告	下载数据