##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("ChIPpeakAnno")

这个包是3.4版本的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见ChIPpeakAnno。

对从ChIP-seq、ChIP-chip实验或任何实验中鉴定的峰进行批量注释，得到大量的染色体范围

Bioconductor版本:3.4

该软件包包括检索峰值周围的序列，获得丰富的基因本体(GO)术语，找到最近的基因，外显子，miRNA或自定义特征，如最保守的元件和用户提供的其他转录因子结合位点。从2.0.5开始，添加了新的功能，用于查找具有汇总统计信息的双向启动子的峰(peaksNearBDP)，用于汇总峰中motif的出现情况(summarizePatternInPeaks)，以及向注释的峰或富集的go添加其他id (addGeneIDs)。该软件包利用了biomaRt、IRanges、Biostrings、BSgenome、GO.db、multtest和stat软件包。

作者:朱丽华、朱莉、欧建宏、于军、Herve Pages、Claude Gazin、Nathan Lawson、Ryan Thompson、Simon Lin、David Lapointe、Michael Green

维护者:朱丽华朱莉<朱莉。朱建宏;umassmed.edu>;请登录umassmed.edu b>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

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文档

超文本标记语言	R脚本	ChIPpeakAnno注释管道
超文本标记语言	R脚本	ChIPpeakAnno快速入门
超文本标记语言	R脚本	ChIPpeakAnno装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,ChIPSeq,ChIPchip,软件
版本	3.8.9
在Bioconductor中	BioC 2.5 (R-2.10)(7.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.2)， methods, grid，IRanges(> = 2.5.27),Biostrings,GenomicRanges(> = 1.23.16),S4Vectors(> = 0.9.25),维恩图
进口	BiocGenerics(> = 0.1.0),GO.db,biomaRt,BSgenome,GenomicFeatures,GenomeInfoDb,matrixStats,AnnotationDbi,limma,乘,RBGL,图,BiocInstaller统计数据,地区,DBI,ensembldb,Biobase,seqinr,印尼盾,GenomicAlignments,SummarizedExperiment,Rsamtools
链接
建议	reactome.db,BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,org.Ce.eg.db,org.Hs.eg.db,BSgenome.Celegans.UCSC.ce10,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7,EnsDb.Hsapiens.v75,EnsDb.Hsapiens.v79,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,gplots,BiocStyle,rtracklayer,knitr,testthat,trackViewer,motifStack,OrganismDbi
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我	REDseq
进口我	DChIPRep,FunciSNP,GUIDEseq,REDseq
建议我	oneChannelGUI,R3CPET,RIPSeeker
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

包的来源	ChIPpeakAnno_3.8.9.tar.gz
Windows二进制	ChIPpeakAnno_3.8.9.zip
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	ChIPpeakAnno_3.8.9.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/ChIPpeakAnno/tree/release-3.4
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ChIPpeakAnno/
软件包下载报告	下载数据