##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("DEXSeq")

此包适用于Bioconductor的3.4版本;有关稳定的最新发布版本，请参见DEXSeq．

RNA-Seq中差异外显子使用的推论

Bioconductor版本:3.4

该软件包的重点是通过不同实验设计的样品之间的RNA-seq外显子计数来发现不同的外显子使用情况。它提供的功能允许用户基于使用负二项分布来估计生物复制和用于检验的广义线性模型之间的方差的模型进行必要的统计检验。该包还提供了结果的可视化和探索功能。

作者:Simon Anders 和Alejandro Reyes < Alejandro。雷耶斯在embl.de >

维护者:亚历杭德罗·雷耶斯<亚历杭德罗。雷耶斯在embl.de >

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("DEXSeq")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“DEXSeq”)

PDF	R脚本	分析RNA-seq数据，使用“DEXSeq”包进行差异外显子使用
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing，DifferentialExpression，DifferentialSplicing，GeneExpression，RNASeq，测序，软件，可视化
版本	1.20.2
Bioconductor自	BioC 2.9 (R-2.14)(5.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	BiocParallel，Biobase，SummarizedExperiment，IRanges(> = 2.5.17),GenomicRanges(> = 1.23.7),DESeq2(> = 1.9.11),AnnotationDbi，RColorBrewer，S4Vectors
进口	BiocGenerics，biomaRt，hwriter、方法、stringr，Rsamtools，statmod，geneplotter，genefilter
链接
建议	GenomicFeatures(> = 1.13.29),pasilla(> = 0.2.22),parathyroidSE，BiocStyle，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	ASpli
进口我
建议我	GenomicRanges，JctSeqData，oneChannelGUI，pasilla，subSeq
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	DEXSeq_1.20.2.tar.gz
Windows二进制	DEXSeq_1.20.2.zip
Mac OS X 10.9(小牛队)	DEXSeq_1.20.2.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/DEXSeq/tree/release-3.4
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DEXSeq/
包下载报告	下载数据