要安装这个包,开始R,然后输入:

##尝试http://if https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("DRIMSeq")

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

DRIMSeq

此包适用于Bioconductor的3.4版本;有关稳定的最新发布版本,请参见DRIMSeq

RNA-Seq中dirichlet -多项式模型的微分剪接和sQTL分析

Bioconductor版本:3.4

该包提供两个框架。一个用于不同条件之间的差异拼接分析,一个用于sQTL分析。两者都是基于基于dirichlet -多项式分布的基因组特征(即转录本、外显子或外显子箱)计数建模。该包还提供了数据和结果的可视化和探索功能。

作者:Malgorzata Nowicka

维护者:Malgorzata Nowicka

引用(从R中,输入引用(“DRIMSeq”)):

安装

要安装这个包,开始R,然后输入:

##尝试http://if https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("DRIMSeq")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“DRIMSeq”)

PDF R脚本 RNA-seq中带有DRIMSeq包的差异剪接和sQTL分析
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews AlternativeSplicingDifferentialExpressionDifferentialSplicingGeneExpression遗传学MultipleComparisonRNASeq单核苷酸多态性测序软件WorkflowStep
版本 1.2.0
在Bioconductor公司 BioC 3.3 (R-3.3)(1年)
许可证 GPL (>= 3)
取决于 R (>= 3.3.0)
进口 GenomicRangesIRangesS4VectorsBiocGenerics、方法、BiocParallel刨边机, utils, stats, grDevices,ggplot2reshape2
链接
建议 PasillaTranscriptExprGeuvadisTranscriptExpr、网格BiocStyleknitrtestthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源 DRIMSeq_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 DRIMSeq_1.2.0.zip
Mac OS X 10.9(小牛队) DRIMSeq_1.2.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/DRIMSeq/tree/release-3.4
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/DRIMSeq/
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