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这个包是3.4版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ENmix。

数据预处理和质量控制Illumina公司HumanMethylation450和MethylationEPIC BeadChip

Bioconductor版本:3.4

Illumina公司甲基化BeadChip阵列测量具有内在的背景噪音水平降低甲基化测量。ENmix包提供了一个有效的数据预处理工具旨在减少背景噪音,提高对DNA甲基化的估计信号。一些有效的新方法整合在包:ENmix是一个基于模型的背景校正方法,可以显著提高准确性和重现性甲基化措施;RCP利用高空间相关性之间的DNA甲基化水平附近的I型和II探针对减少探测类型II型探测器偏差和提高数据质量的措施。ENmix包所使用的数据结构兼容其他相关R包,如minfi、西瓜和冠军,提供简单的集成ENmix-corrected为后续数据分析数据集。软件的目的是支持大规模数据分析,并提供了多处理器并行计算包装的一些常用但计算密集型数据预处理方法。除了ENmix包选择互补函数有效数据可视化(如数据分布策划)、质量控制(识别和过滤的低质量数据,样本,调查,和离群值,以及归责缺失值),inter-array正常化(3种不同分位数的标准化),识别探针的多峰分布由于SNPs和其他因素,和探索使用主成分回归分析的数据方差结构情节。这些提供一套灵活和透明工具ewa数据预处理的计算效率和用户友好的包。

作者:Zongli徐(cre, aut),梁妞妞(aut),江西乐平李[所有],杰克·泰勒(施)

维护人员:徐Zongli < xuz在niehs.nih.gov >

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PDF	R脚本	ENmix用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,DNAMethylation,DataImport,MethylationArray,微阵列,归一化,OneChannel,预处理,PrincipalComponent,质量控制,回归,软件,TwoChannel
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	minfi平行,doParallel,Biobase(> = 2.17.8),foreach
进口	质量,preprocessCore,西瓜,股东价值分析,geneplotter,嫁祸于grDevices图形,统计数据
链接
建议	minfiData(> = 0.4.1),RPMM,RUnit,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	ENmix_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	ENmix_1.10.0.zip
Mac OS X 10.9(小牛)	ENmix_1.10.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/enmix/tree/release - 3.4
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ENmix/
包下载报告	下载数据