要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”)bioclite(“ GenomeInfodb”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。

GenomeInfodB

此软件包适用于生物导体的3.4版;对于稳定的最新版本,请参阅GenomeInfodB

操纵染色体和其他“ seqname”标识符的实用程序

生物导体版本:3.4

包含定义并允许在不同染色体序列命名约定(例如“ Chr1” Vers“ 1”)之间进行翻译的数据和函数,其中包括试图将序列名称放置在其自然而不是词典学顺序中的函数。

作者:Sonali Arora,Martin Morgan,Marc Carlson,H。Pagès

维护者:bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>

引用(从r内,输入引用(“ GenomeInfodB”)):

安装

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文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ GenomeInfodB”)

PDF R脚本 GenomeInfodB:GenomeInfodB简介
PDF R脚本 GenomeInfodB:将您的生物提交给GenomeInfodB
PDF 参考手册
文本 消息
视频 简单的任务基因组知行

细节

生物浏览 注解,,,,datarepresentation,,,,遗传学,,,,基因数,,,,软件
版本 1.10.3
在生物导体中 Bioc 2.14(R-3.1)(3年)
执照 艺术2.0
依靠 r(> = 3.1),方法,生物基因(> = 0.13.8),S4VECTORS(> = 0.9.25),iranges(> = 1.99.26)
进口 Stats,Stats4,Utils,rcurl
链接
建议 基因组机,,,,rsamtools,,,,基因组签名,,,,BSGENOME,,,,GenomicFeatures,,,,BSGENOME.SCEREVISIAE.UCSC.SACCER2,,,,bsgenome.celegans.ucsc.ce2,,,,bsgenome.hsapiens.ncbi.grch38,,,,txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene,,,,运行,,,,生物使用,,,,尼特
系统要求
增强
URL
取决于我 BSGENOME,,,,Bumphunter,,,,芯片,,,,法典,,,,CSAR,,,,基因组签名,,,,GenomicFeatures,,,,基因组机,,,,基因组菌,,,,GMAPR,,,,grohmm,,,,Helloranges,,,,htseqtools,,,,IDEOVIZ,,,,甲基分析,,,,rsamtools,,,,snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37,,,,Titancna,,,,变体,,,,xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38
进口我 等位基因平衡,,,,高山,,,,Aneufinder,,,,AnnotationHubdata,,,,Annotatr,,,,Baalchip,,,,舞会礼服,,,,BasicStarrseq,,,,Biovizbase,,,,Biseq,,,,BSGENOME,,,,BSSEQ,,,,卡斯珀,,,,cexor,,,,Chipenrich,,,,Chippeakanno,,,,Chipseeker,,,,Chromstar,,,,Cindex,,,,CN. -ops,,,,CNER,,,,cnpbayes,,,,Compepitools,,,,共识,,,,Conumee,,,,copywriter,,,,crisprvariants,,,,CSAW,,,,CustomProdb,,,,深布鲁尔,,,,德芬德,,,,derfinderplot,,,,Diffhic,,,,diffloop,,,,EasyRnaseq,,,,埃尔默,,,,Ensembldb,,,,ememblvep,,,,Epgenomix,,,,epivizrdata,,,,EPIVIZRSTANTALLONE,,,,外观复制,,,,Funchip,,,,GenBankr,,,,基因贡献,,,,Genogam,,,,基因组化,,,,基因组合,,,,Genomicfiles,,,,基因组间,,,,Genoset,,,,Genotypeeval,,,,GGBIO,,,,ggtools,,,,GoogleGenomics,,,,gqtlstats,,,,grasp2db,,,,Greylistchip,,,,Guideseq,,,,GVIZ,,,,Gwascat,,,,H5VC,,,,HITC,,,,htseqgenie,,,,inpas,,,,互动集,,,,IVAS,,,,Madseq,,,,metagene,,,,甲基库,,,,甲基管,,,,甲基菌,,,,Minfi,,,,最小值,,,,马赛克,,,,Motifbreakr,,,,突变模式,,,,myvariant,,,,狭窄,,,,NORMR,,,,pi,,,,podkat,,,,Prebs,,,,蛋白质组学杂志,,,,属属,,,,qpgraph,,,,QSEA,,,,,,,,R3CPET,,,,R3CSEQ,,,,Rarevariantvis,,,,稀有,,,,rcade,,,,RCAS,,,,RCGH,,,,叙事,,,,区域人,,,,地区报告,,,,repitools,,,,肋骨蛋白,,,,riboseqr,,,,怒吼,,,,rtracklayer,,,,片段,,,,Seqarray,,,,seqplots,,,,sgseq,,,,Shortread,,,,Snpchip,,,,Snphood,,,,snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37,,,,snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37,,,,snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch38,,,,soggi,,,,躯体签名,,,,剪接图,,,,碎片,,,,斯坦,,,,总结性特征,,,,tarseqqc,,,,TFBSTOOLS,,,,transcriptr,,,,TVTB,,,,香草,,,,变体滤波器,,,,变体工具,,,,xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38,,,,xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37,,,,xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp144.grch38,,,,yapsa
建议我 注释,,,,AnnotationHub,,,,实验室,,,,GQTLBASE,,,,QDNASEQ,,,,补偿
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

包源 genomeInfodB_1.10.3.tar.gz
Windows二进制 genomeInfodB_1.10.3.zip
Mac OS X 10.9(Mavericks) GenomeInfodB_1.10.3.tgz
颠覆源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/bioconductor-mirror/genomeinfodb/tree/release-3.4
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/genomeinfodb/
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