##尝试http:// if https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite(" genome icalignments ")

此包适用于Bioconductor的3.4版本;有关稳定的最新发布版本，请参见GenomicAlignments．

基因组短序列的表达和操作

Bioconductor版本:3.4

为存储和操作短基因组对齐提供有效的容器(通常通过将短读取对齐到参考基因组获得)。这包括读取计数、计算覆盖率、结检测和处理比对的核苷酸含量。

作者:Hervé Pagès, Valerie Obenchain, Martin Morgan

维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http:// if https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite(" genome icalignments ")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“GenomicAlignments”)

PDF	R脚本	基因组校准包的介绍
PDF	R脚本	计数读取与summarizeOverlaps
PDF	R脚本	重叠编码
PDF	R脚本	研究排列的核苷酸
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		从BAM文件读取—第1部分
视频		从BAM文件读取—第2部分

细节

biocViews	对齐，报道，DataImport，遗传学，基础设施，RNASeq，单核苷酸多态性，测序，软件
版本	1.10.1
在Bioconductor公司	BioC 2.14 (R-3.1)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10)，方法，BiocGenerics(> = 0.15.3),S4Vectors(> = 0.9.40),IRanges(> = 2.5.36),GenomeInfoDb(> = 1.1.20),GenomicRanges(> = 1.25.6),SummarizedExperiment(> = 0.3.1),Biostrings(> = 2.37.1),Rsamtools(> = 1.21.4)
进口	方法，utils, stats，BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，GenomicRanges，Biostrings，Rsamtools，BiocParallel
链接	S4Vectors，IRanges
建议	ShortRead，rtracklayer，BSgenome，GenomicFeatures，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14，pasillaBamSubset，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，DESeq2，刨边机，RUnit，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	AllelicImbalance，ASpli，Basic4Cseq，BasicSTARRseq，嵌合体，exomePeak，GoogleGenomics，groHMM，吉他，HelloRanges，hiReadsProcessor，prebs，收回，RIPSeeker，rnaSeqMap，ShortRead，SplicingGraphs
进口我	高山，AneuFinder，BaalChIP，biovizBase，ChIPpeakAnno，ChIPQC，chromstaR，cn，contiBAIT，文案，CoverageView，CrispRVariants，customProDB，derfinder，DiffBind，easyRNASeq，FourCSeq，FunChIP，GenoGAM，genomation，GenomicFiles，ggbio，gmapR，GreyListChIP，GUIDEseq，Gviz，HTSeqGenie，检查，leeBamViews，MADSEQ，metagene，methylPipe，马赛克，图片，QuasR，Rcade，Repitools，RiboProfiling，RNAprobR，咆哮，Rqc，rtracklayer，SGSeq，similaRpeak，soGGi，SplicingGraphs，分裂，TarSeqQC，trackViewer，transcriptR
建议我	alpineData，BiocParallel，计，GenomeInfoDb，GenomicFeatures，GenomicRanges，IRanges，oneChannelGUI，parathyroidSE，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14，RnaSeqTutorial，Rsamtools，彩带
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	GenomicAlignments_1.10.1.tar.gz
Windows二进制	GenomicAlignments_1.10.1.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.9(小牛队)	GenomicAlignments_1.10.1.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/GenomicAlignments/tree/release-3.4
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GenomicAlignments/
软件包下载报告	下载数据