要安装这个包,开始R,然后输入:
##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("InPAS")
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
此包适用于Bioconductor的3.4版本;有关稳定的最新发布版本,请参见InPAS.
Bioconductor版本:3.4
选择性多聚腺苷酸化(APA)是发生在大多数人类基因中的重要转录后调控机制之一。InPAS有助于从RNAseq数据中发现新的APA位点。它利用cleanUpdTSeq对识别的APA位点进行微调。
作者:欧建宏,朴成美,Michael R. Green, Julie Zhu
维护者:Jianhong Ou < Jianhong。你在umassmed.edu>
引用(从R中,输入引用(“InPAS”)
):
要安装这个包,开始R,然后输入:
##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("InPAS")
超文本标记语言 | R脚本 | InPAS装饰图案 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | AlternativeSplicing,报道,DifferentialSplicing,GeneRegulation,RNASeq,测序,软件,转录 |
版本 | 1.6.0 |
在Bioconductor公司 | BioC 3.1 (R-3.2)(2年) |
许可证 | GPL (>= 2) |
取决于 | R(>= 3.1),方法,Biobase,GenomicRanges,GenomicFeatures,S4Vectors |
进口 | AnnotationDbi,BSgenome,cleanUpdTSeq,Gviz,seqinr,preprocessCore,IRanges,GenomeInfoDb,depmixS4,limma,BiocParallel |
链接 | |
建议 | RUnit,BiocGenerics,BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,rtracklayer,knitr |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。
包的来源 | InPAS_1.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | InPAS_1.6.0.zip |
Mac OS X 10.9(小牛队) | InPAS_1.6.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/InPAS/tree/release-3.4 |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/InPAS/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
支持»
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