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此包适用于Bioconductor 3.4版;有关稳定的最新发布版本，请参见ShortRead．

FASTQ输入和操作

Bioconductor版本:3.4

这个包实现了FASTQ文件的采样、迭代和输入。该包包含过滤和修改读取以及生成质量评估报告的功能。数据被表示为dnastringset派生的对象，并且很容易为各种目的进行操作。这个包还包含了对早期单端、无捕获对齐格式的遗留支持。

作者:马丁·摩根，迈克尔·劳伦斯，西蒙·安德斯

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

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文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ShortRead”)

PDF	R脚本	ShortRead简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，质量控制，测序，软件
版本	1.32.1
在Bioconductor	BioC 2.3 (R-2.8)(8.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	BiocGenerics(> = 0.11.3),BiocParallel，Biostrings(> = 2.37.1),Rsamtools(> = 1.21.4),GenomicAlignments(> = 1.5.4)
进口	Biobase，S4Vectors(> =是0.7.1),IRanges(> = 2.3.7),GenomeInfoDb(> = 1.1.19),GenomicRanges(> = 1.21.6),hwriter、方法、zlibbioc，晶格，latticeExtra
链接	S4Vectors，IRanges，XVector，Biostrings
建议	BiocStyle，RUnit，biomaRt，GenomicFeatures，yeastNagalakshmi
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	chipseq，EatonEtAlChIPseq，EDASeq，girafe，HTSeqGenie，诊断，OTUbase，Rqc，rSFFreader，segmentSeq，systemPipeR
进口我	ArrayExpressHTS，击败，chipseq，ChIPseqR，ChIPsim，dada2，easyRNASeq，哥特，电离，metagenomeFeatures，QuasR，R453Plus1Toolbox，RSVSim
建议我	BiocParallel，CSAR，DBChIP，GenomicAlignments，Genominator，HiCDataLymphoblast，图片，平，Repitools，RnaSeqTutorial，Rsamtools，S4Vectors，yeastRNASeq
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	ShortRead_1.32.1.tar.gz
Windows二进制	ShortRead_1.32.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	ShortRead_1.32.1.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/ShortRead/tree/release-3.4
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ShortRead/
软件包下载报告	下载数据