要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("cellHTS2")

在大多数情况下,您根本不需要下载包归档文件。

cellHTS2

这个包是3.4版本的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本,请参见cellHTS2

基于细胞筛选的分析——修订后的cellHTS

Bioconductor版本:3.4

该试剂盒提供了在微滴板格式(包括但不限于384孔板)中进行高通量分析的工具。功能包括数据导入和管理、规范化、质量评估、复制汇总和统计评分。生成一个网页,提供数据和分析结果的详细图形概述。在我们的工作中,我们已经将该包应用于苍蝇和人类细胞的RNAi筛选,以及酵母文库的筛选。参见cellHTS2的简要介绍。

作者:Ligia Bras, Wolfgang Huber , Michael Boutros , Gregoire Pau at embl.de>, Florian Hahne < Florian .de>。Hahne在novarti.com >

维护者:约瑟夫·巴里<约瑟夫。巴瑞在宝莱坞

引用(来自R,输入引用(“cellHTS2”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("cellHTS2")

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,启动R并输入:

browseVignettes(“cellHTS2”)

PDF R脚本 主要插图(完整版):基于细胞的屏幕的端到端分析
PDF R脚本 主要插图:基于细胞的屏幕的端到端分析
PDF R脚本 补充:增强-抑制筛选
PDF R脚本 补充:多通道检测
PDF 参考手册

细节

biocViews CellBasedAssays预处理软件可视化
版本 2.38.0
在Bioconductor中 BioC 2.1 (R-2.6)(9.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 2.10),RColorBrewerBiobase、方法、genefiltersplotsvsnhwriterlocfit、网格
进口 普拉达GSEABase类别, stats4
链接
建议 ggplot2
SystemRequirements
增强了
URL http://www.dkfz.de/signalinghttp://www.ebi.ac.uk/huber
这取决于我 coRNAiimageHTSstaRank
进口我 gespeRHTSanalyzeRRNAinteract
建议我 bioassayR普拉达
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

包的来源 cellHTS2_2.38.0.tar.gz
Windows二进制 cellHTS2_2.38.0.zip
Mac OS X 10.9 (Mavericks) cellHTS2_2.38.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/cellHTS2/tree/release-3.4
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/cellHTS2/
软件包下载报告 下载数据

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