##尝试http：//如果不支持https：// url不支持源（“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”）bioclite（“ deepsnv”）

此软件包适用于生物导体的3.4版；对于稳定的最新版本，请参阅Deepsnv。

在深度测序数据中检测亚克隆SNV。

生物导体版本：3.4

该软件包提供了用于检测超深（> = 100倍覆盖）测序实验中亚克隆突变的定量变体呼叫者。DeepSNV算法用于与同一基因座的控制实验的比较设置，并使用β-二元模型和似然比测试来区分测序误差和亚克隆SNV。Shearwater算法根据beta-binomial模型计算贝叶斯分类器，用于使用多个样本的变体模型，用于精确估计模型参数，例如局部错误率和分散和先验知识，例如从变异数据库（例如宇宙）。

作者：Niko Beerenwinkel [THS]，David Jones [CTB]，Inigo Martincorena [CTB]，Moritz Gerstung [AUT，CRE]

维护者：sanger.ac.uk> Moritz gerstung

安装

要安装此软件包，请启动R并输入：

##尝试http：//如果不支持https：// url不支持源（“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”）bioclite（“ deepsnv”）

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ DeepSNV”）

PDF	R脚本	用于检测深度测序实验中低频变体的R包装
PDF	R脚本	亚克隆变体呼叫带有多个样本的呼叫，并使用剪切水的先验知识
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DataImport，，，，遗传因素，，，，遗传学，，，，SNP，，，，测序，，，，软件
版本	1.20.0
在生物导体中	Bioc 2.10（R-2.15）（5年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 2.13.0），方法，图形，并行，Rhtslib，，，，iranges，，，，基因组机，，，，总结性特征，，，，生物弦，，，，VGAM，，，，变体（> = 1.13.44）
进口	Rhtslib
链接	Rhtslib
建议	rcolorbrewer，，，，尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL	http://github.com/mg14/deepsnv
取决于我
进口我
建议我	Genomicfiles
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

包源	DeepSNV_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	deepSNV_1.20.0.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.9（Mavericks）	DeepSNV_1.20.0.TGZ
颠覆源	（用户名/密码：ReadOnly）
git源	https://github.com/bioconductor-mirror/deepsnv/tree/release-3.4
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/deepsnv/
软件包下载报告	下载统计