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Lumi

此软件包适用于生物导体的3.4版;对于稳定的最新版本,请参阅Lumi

Beadarray的光明甲基化和表达微阵列的特定方法

生物导体版本:3.4

Lumi软件包为Illumina微阵列数据分析提供了集成解决方案。它包括Illumina beadstudio(Genomestudio)数据输入,质量控制,Beadarray特异性方差稳定,归一化和基因注释在探针水平上的功能。它还包括处理Illumina甲基化微阵列的功能,尤其是Illumina Infinium甲基化微阵列。

作者:Pan Du,Richard Bourgon,Gang Feng,Simon Lin

维护者:pan du ,lei huang ,gang feng feng

引用(从r内,输入引用(“ Lumi”)):

安装

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文档

PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 DNAMETHYLATY,,,,微阵列,,,,Onechannel,,,,预处理,,,,QualityControl,,,,软件,,,,两通道
版本 2.26.4
在生物导体中 Bioc 2.0(R-2.5)(10年)
执照 LGPL(> = 2)
要看 r(> = 2.10),生物酶(> = 2.5.5)
进口 副词(> = 1.23.4),甲基菌(> = 2.3.2),GenomicFeatures,,,,基因组机,,,,注释,,,,格子,,,,MGCV(> = 1.4-0),nleqslv,,,,克恩斯门茶,,,,预处理,,,,rsqlite,,,,DBI,,,,AnnotationDbi,,,,大量的,图形,统计,统计4,方法
链接
建议 Beadarray,,,,林玛,,,,VSN,,,,Lumibarnes,,,,Lumihumanall.db,,,,Lumhumanidmapping,,,,GeneFilter,,,,rcolorbrewer
系统要求
增强
URL
取决于我 arraymvout,,,,ffpeexampledata,,,,Icheck,,,,Lumibarnes,,,,Lumhumanidmapping,,,,LumimouseIdMapping,,,,LumiratidMapping,,,,maqcsubset,,,,maqcsubsetilm,,,,mvoutdata,,,,西瓜
进口我 阿纳米尔,,,,FFPE,,,,甲基分析,,,,米尼卡
建议我 Beadarray,,,,Blima,,,,哈曼,,,,甲基菌,,,,蒂格
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

包源 lumi_2.26.4.tar.gz
Windows二进制 lumi_2.26.4.4 zip
Mac OS X 10.9(Mavericks) lumi_2.26.4.tgz
颠覆源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/bioconductor-mirror/lumi/tree/release-3.4
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/lumi/
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