要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持source(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“methylumi”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
此包适用于Bioconductor 3.4版;有关稳定的最新发布版本,请参见methylumi.
Bioconductor版本:3.4
这个包提供了保存和操作Illumina甲基化数据的类。基于eSet,它可以包含MIAME信息、样本信息、特征信息以及多个数据矩阵。作为一个“智能”导入函数,methylumiR可以读取Illumina文本文件并创建MethyLumiSet。methylumIDAT可以直接从HumanMethylation27和HumanMethylation450微阵列读取原始IDAT文件。还包括GoldenGate, Infinium和Infinium HD阵列的归一化,背景校正和质量控制功能。
作者:Sean Davis, Pan Du, Sven Bilke, Tim Triche, Jr, Moiz Bootwalla
维护者:Sean Davis
引文(从R内,输入引用(“methylumi”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持source(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“methylumi”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“methylumi”)
R脚本 | methylumi包的介绍 | |
R脚本 | 使用methylumi与Illumina 450k阵列合作 | |
参考手册 | ||
文本 | 自述 |
biocViews | CpGIsland,DNAMethylation,预处理,质量控制,软件,TwoChannel |
版本 | 2.20.0 |
在Bioconductor | BioC 2.5 (R-2.10)(7.5年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | Biobase,方法,R (>= 2.13),尺度,reshape2,ggplot2,matrixStats,FDb.InfiniumMethylation.hg19(> = 2.2.0),minfi |
进口 | BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,SummarizedExperiment,Biobase、图形、晶格,注释,genefilter,AnnotationDbi,minfistats4,illuminaio |
链接 | |
建议 | 光民,晶格,limma,xtable,SQN,质量,matrixStats平行,rtracklayer,Biostrings,methyAnalysis,TCGAMethylation450k,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,FDb.InfiniumMethylation.hg18(> = 2.2.0),Homo.sapiens,knitr |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
BugReports | https://github.com/seandavi/methylumi/issues/new |
全靠我 | bigmelon,RnBeads,skewr,西瓜 |
进口我 | ffpe,光民,methyAnalysis,missMethyl |
建议我 | IlluminaHumanMethylation450k.db,MultiDataSet |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | methylumi_2.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | methylumi_2.20.0.zip |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | methylumi_2.20.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/methylumi/tree/release-3.4 |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/methylumi/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
支持»
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