要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("paxtoolsr")
在大多数情况下,您根本不需要下载包归档文件。
这个包是3.4版本的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本,请参见paxtoolsr.
Bioconductor版本:3.4
该软件包提供了一组R函数,用于使用Paxtools和查询Pathway Commons (PC)分子相互作用数据库与BioPAX OWL文件进行交互,该数据库由Memorial Sloan-Kettering Cancer Center (MSKCC)的计算生物学中心托管。Pathway Commons数据库包括:BIND、BioGRID、CORUM、CTD、DIP、DrugBank、HPRD、HumanCyc、pristine、KEGG、MirTarBase、Panther、PhosphoSitePlus、Reactome、RECON、TRANSFAC。
作者:奥古斯丁·卢纳
维护者:Augustin Luna
引用(来自R,输入引用(“paxtoolsr”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("paxtoolsr")
超文本标记语言 | R脚本 | 使用PaxtoolsR |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | GeneSetEnrichment,GraphAndNetwork,KEGG,网络,NetworkEnrichment,通路,Reactome,软件,SystemsBiology |
版本 | 1.8.0 |
在Bioconductor中 | BioC 3.0 (R-3.1)(2.5年) |
许可证 | LGPL-3 |
取决于 | R (>= 3.2),rJava(> = 0.9 4),XML |
进口 | httr,igraph,plyr,rjson,R.utils,data.table |
链接 | |
建议 | testthat,knitr,BiocStyle,rmarkdown,RColorBrewer,biomaRt,雌激素,affy,hgu95av2,hgu95av2cdf,limma,foreach,doSNOW、并行 |
SystemRequirements | Java (>= 1.6) |
增强了 | |
URL | https://github.com/BioPAX/paxtoolsr |
这取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | RCy3 |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。
包的来源 | paxtoolsr_1.8.0.tar.gz |
Windows二进制 | paxtoolsr_1.8.0.zip |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | paxtoolsr_1.8.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/paxtoolsr/tree/release-3.4 |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/paxtoolsr/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
支持»
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