要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("paxtoolsr")

在大多数情况下,您根本不需要下载包归档文件。

paxtoolsr

这个包是3.4版本的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本,请参见paxtoolsr

PaxtoolsR:通过BioPAX和Pathway Commons从多个数据库访问路径

Bioconductor版本:3.4

该软件包提供了一组R函数,用于使用Paxtools和查询Pathway Commons (PC)分子相互作用数据库与BioPAX OWL文件进行交互,该数据库由Memorial Sloan-Kettering Cancer Center (MSKCC)的计算生物学中心托管。Pathway Commons数据库包括:BIND、BioGRID、CORUM、CTD、DIP、DrugBank、HPRD、HumanCyc、pristine、KEGG、MirTarBase、Panther、PhosphoSitePlus、Reactome、RECON、TRANSFAC。

作者:奥古斯丁·卢纳

维护者:Augustin Luna

引用(来自R,输入引用(“paxtoolsr”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("paxtoolsr")

文档

超文本标记语言 R脚本 使用PaxtoolsR
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GeneSetEnrichmentGraphAndNetworkKEGG网络NetworkEnrichment通路Reactome软件SystemsBiology
版本 1.8.0
在Bioconductor中 BioC 3.0 (R-3.1)(2.5年)
许可证 LGPL-3
取决于 R (>= 3.2),rJava(> = 0.9 4),XML
进口 httrigraphplyrrjsonR.utilsdata.table
链接
建议 testthatknitrBiocStylermarkdownRColorBrewerbiomaRt雌激素affyhgu95av2hgu95av2cdflimmaforeachdoSNOW、并行
SystemRequirements Java (>= 1.6)
增强了
URL https://github.com/BioPAX/paxtoolsr
这取决于我
进口我
建议我 RCy3
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

包的来源 paxtoolsr_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 paxtoolsr_1.8.0.zip
Mac OS X 10.9 (Mavericks) paxtoolsr_1.8.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/paxtoolsr/tree/release-3.4
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/paxtoolsr/
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