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此软件包适用于生物导体的3.4版；对于稳定的最新版本，请参阅SSCU。

选定密码子使用的强度

生物导体版本：3.4

该包装可以计算细菌物种中密码子使用中选择性长度的索引。（1）包装可以根据Paul Sharp的方法计算所选密码子使用偏置（SSCU，也称为S_INDEX）的强度。该方法考虑了背景突变率，仅专注于所有细菌物种中具有普遍翻译优势的四对密码子。因此，SSCU指数在不同物种之间是可比的。（2）可以从Akashi的测试中推断出翻译精度的选择。测试将所有密码子分为四个类别，其特征是保守/可变氨基酸和最佳/非最佳密码子。（3）可以通过op_highly函数来计算最佳密码子列表（选定密码子）（使用与所有基因相比，使用高度表达的基因来识别在高度表达基因中使用的最佳密码子）或OP_CORRE_CODONW/op_corre_ncprime函数（通过校正方法（通过校正方法）由Hershberg＆Petrov开发）。用户将有一个最佳密码子列表以进行进一步分析，例如对Akashi测试的输入。（4）可以通过Optimal_Codon_Statistics和Genomic_GC3函数来计算详细的密码子使用信息，例如RSCU值，高度/所有基因集中的最佳密码子的数量以及基因组GC3值。 (5) Furthermore, we added one test function proportion_index in the package. The function focus on the proportion of optimal codon against its corresponding non-optimal codons for the the four and six codon boxes.

作者：Yu Sun

维护者：yu sun

安装

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文档

PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	基因表达，，，，遗传学，，，，软件，，，，全媒体
版本	2.2.0
在生物导体中	Bioc 3.3（R-3.3）（1年）
执照	GPL（> = 2）
要看	R（> = 3.3）
进口	生物弦（> = 2.36.4），seqinr（> = 3.1-3），生物基因（> = 0.16.1）
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
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构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

包源	sscu_2.2.0.tar.gz
Windows二进制	sscu_2.2.0.zip
Mac OS X 10.9（Mavericks）	sscu_2.2.0.tgz
颠覆源	（用户名/密码：ReadOnly）
git源	https://github.com/bioconductor-mirror/sscu/tree/release-3.4
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/sscu/
软件包下载报告	下载统计