基因。E

的基因。E包提供了在R和之间传输矩阵、树图和注释的能力GENE-E．提供了两种方法:

• 从。从GENE-E中获取当前选择。
• 出现。向GENE-E发送一个矩阵和注释。

示例使用

举例说明基因。E使用时，我们使用Golub等人的急性白血病数据集golubEsets包中。首先，加载基因。E而且golubEsets包:

库(GENE.E)库(golubEsets)

接下来，确保GENE-E正在运行，然后发出以下命令来加载数据并将数据发送到GENE-E:

data(Golub_Merge) to.gene (exprs(Golub_Merge)， fData(Golub_Merge)，显示。colnames=F, pData(Golub_Merge)[，c('Gender'， 'ALL.AML')]， column.hclust=hclust(dist(t(exprs(Golub_Merge)))))

##警告in is(h5id， "H5IdComponent"):重新启动中断的承诺计算

在GENE-E中(见下面的视频)，拖动虚线来切割样本树状图。接下来，单击一个树状图分支以选择该分支中的样本。

最后，将GENE-E中选中的数据返回到我们的R会话中:

Sys.sleep(5) select <- from.gene ()