### R代码来自小插图来源的hcclip。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:chunk1 ################################################### 库(HCsnip)数据(BullingerLeukemia)名称(BullingerLeukemia ) ################################################### ### 代码块2号:chunk2 ################################################### 库(HCsnip)数据(TcgaGBM)名称(TcgaGBM ) ################################################### ### 代码块3号:chunk3 ################################################### 数据(BullingerLeukemia)附加(BullingerLeukemia) cl < - HCsnipper (em, 1:30, minclus = 5) cl < - cl美元分区(cl $ id) # #检查返回分区大小表(适用(cl 1函数(独特(x (x)长度 )))) ################################################### ### 代码块4号:chunk4 ################################################### < -应用(cl 1函数(x)测量(理想配偶= x,说= 1 -软木(em, 1:30 ]))) ################################################### ### 代码块5号:chunk5 ################################################### b < -应用(cl 1函数(x) surv_measure (x,测量员时间(1:30),状态(1:30 ])) ################################################### ### 代码块6号:chunk6 ################################################### 结果< - perm_test (cl,测量员时间(1:30),状态(1:30)score1 =, score2 = b, nperm = 10 ) ################################################### ### 代码块7号:chunk7 ################################################### 数据(TcgaGBM) em < - TcgaGBM em药物< - TcgaGBM药物美元gr < -代表(1,ncol (em)) gr(药物= =“Temodar”)< - 2 H < EnvioPlot (X = em,理想配偶= gr,名字= c(“阿瓦斯丁”、“Temodar”),坳= c(“蓝”、“红 ")) ################################################### ### 代码块8号:chunk8 ################################################### 数据(BullingerLeukemia)附加(BullingerLeukemia)标准(mfrow = c(1、2)pred < cluster_pred (X = em,一60,分区=美元最好的结果,测量员时间=生存。时间[1:30]，状态=状态[1:30]，te。指数= 31:60,te.surv.time = surv。时间[31:60],te。Status = Status [31:60]， plot。它= TRUE) H < - EnvioPlot (X = em, 31:60,理想配偶= pred[["圣"]][2 ]) ################################################### ### 代码块9号:chunk9 ################################################### cl < - HCsnipper (em [1], minclus = 4) cl < - cl分区(cl $ id]美元pred < cluster_pred (X = em,一60,分区= cl[6],测量员时间=生存。时间[1:40]，状态=状态[1:40]，te。index = 41:60) Err <- RSF_eval(cl[1, ], surv.time[1:40], status[1:40], pred, surv.time[41:60], status[41:60]) ################################################### ### code chunk number 10: chunk10 (eval = FALSE) ################################################### ## data(TcgaGBM) ## attach(TcgaGBM) ## id1 <- which(drugs == "Avastin") ## id2 <- which(drugs == "Temodar") ## twoHC <- TwoHC_assign(X = em[ ,c(id1[1:30], id2[1:30])], index1 = 1:30, ## index2 = 31:60, new.X = em[, c(id1[31:60], id2[31:60])], ## minclus = 4, surv.time = surv.time[c(id1[1:30], id2[1:30])], ## status = status[c(id1[1:30], id2[1:30])]) ################################################### ### code chunk number 11: chunk11 (eval = FALSE) ################################################### ## result <- TwoHC_perm(twoHC, nperm = 100)