### R代码从vignette源的TIN。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:锡。Rnw: 60 - 61 ################################################### 库(锡 ) ################################################### ### 代码块2号:锡。Rnw: 66 - 69 ################################################### 数据(splicingFactors)数据(geneSets)数据(geneAnnotation ) ################################################### ### 代码块3号:锡。Rnw: 82 - 84 ################################################### 数据(sampleSetFirmaScores)数据(sampleSetGeneSummaries ) ################################################### ### 代码块数量4:锡。Rnw: 92 - 93 ################################################### fs < - firmaAnalysis (useToyData = TRUE ) ################################################### ### 代码块5号:锡。Rnw: 104 - 105 ################################################### gs < - readGeneSummaries (useToyData = TRUE ) ################################################### ### 代码块6号:锡。Rnw: 114 - 115 ################################################### 交易< aberrantExonUsage (1.0, sampleSetFirmaScores ) ################################################### ### 代码块7号:锡。Rnw: 131 - 132 ################################################### aberrantExonsPerms < - probesetPermutations (sampleSetFirmaScores分位数 ) ################################################### ### 代码块8号:锡。Rnw: 139 - 140 ################################################### corr < -相关性(splicingFactors sampleSetGeneSummaries,交易 ) ################################################### ### 代码块9号:锡。Rnw: 145 - 147 ################################################### gsc < geneSetCorrelation (geneSets、geneAnnotation sampleSetGeneSummaries,交易,100 ) ################################################### ### 代码块10号:锡。Rnw: 157 - 159 ################################################### clusterPlot (sampleSetGeneSummaries、交易、“欧几里得”、“完整”、“TIN-cluster.pdf ") ################################################### ### 代码块11号:锡。Rnw: 164 - 165 ################################################### 散点图(“TIN-scatter.pdf”,真的,aberrantExons aberrantExonsPerms ) ################################################### ### 代码块12号:锡。Rnw: 171 - 173 ################################################### correlationPlot(“TIN-correlation.pdf”交易,sampleSetGeneSummaries splicingFactors, 1000年,1000年 ) ################################################### ### 代码块13号:锡。Rnw: 180 - 182 ################################################### posNegCorrPlot(“TIN-posNegCorrPlot.pdf”交易,sampleSetGeneSummaries splicingFactors, 1000年,1000年)