### R代码来自vignette源代码的Codelink_Introduction。Rnw“# # #编码:utf - 8 ################################################### ### 代码块1号:Codelink_Introduction。Rnw: 20-26 ################################################### 库(codelink)库(knitr) opts_chunk美元设置(图。align = 'center'， concordance=TRUE,width=50，图。show="hold"， tidy = TRUE, comment =" "， highlight = FALSE, prompt = TRUE)Mar = function(before, options, envir) {if (before) par(Mar = rep(0,4)) #无边框。}) ################################################### ### 代码块2号:Codelink_Introduction。Rnw: 90 - 96 (eval = FALSE ) ################################################### ## # 没有运行# # #库(codelink) # # # CodelinkSet对象读取数据:# # f = list.files(模式=“三种”)# # codset = readCodelinkSet(文件名= f) # # #不会运行 # ################################################### ### 代码块3号:Codelink_Introduction。Rnw: 101 - 105 (eval = FALSE ) ################################################### ## # 没有运行# # # pdata = read.AnnotatedDataFrame (targets.txt) # # codset = readCodelinkSet(文件名= pdata $文件名,phenoData = pdata) # # #不会运行 # ################################################### ### 代码块数量4:Codelink_Introduction。Rnw: 108 - 111 ################################################### # 样本数据集。数据(codset) codset ################################################### ### 代码块5号:Codelink_Introduction。Rnw: 116 - 120 ################################################### 数据(codelink.example)打印((codelink.example)) tmp = Codelink2CodelinkSet codelink.example tmp ################################################### ### 代码块6号:Codelink_Introduction。Rnw: 130 - 133 ################################################### w = createWeights (codset) # #注:在本文的后面我们将会提供一个适当的替代函数:assayDataElement (codset“重量”)= w ################################################### ### 代码块7号:Codelink_Introduction。Rnw: 139 - 157 ################################################### # 得到的信号强度。alias: getInt() head(exprs(codset)) #获取背景强度。head(getBkg(codset)) #获取信噪比值。 head(getSNR(codset)) # get flags. head(getFlag(codset)) # get weights. head(getWeight(codset)) # get phenoData: head(pData(codset)) ################################################### ### code chunk number 8: Codelink_Introduction.Rnw:164-165 ################################################### codset = codCorrect(codset, method = "half", offset = 0) ################################################### ### code chunk number 9: Codelink_Introduction.Rnw:173-174 ################################################### codset = codNormalize(codset, method = "quantile") ################################################### ### code chunk number 10: Codelink_Introduction.Rnw:179-182 (eval = FALSE) ################################################### ## # NOT RUN ## codset = codNormalize(codset, method = "loess", weights=getWeight(codset), loess.method="fast") ## # NOT RUN ################################################### ### code chunk number 11: Codelink_Introduction.Rnw:190-192 ################################################### codPlot(codset) # by default MA plot. codPlot(codset, what="density") ################################################### ### code chunk number 12: Codelink_Introduction.Rnw:198-199 ################################################### codPlot(codset, what="image") ################################################### ### code chunk number 13: Codelink_Introduction.Rnw:207-210 ################################################### fit = lmFit(codset, design=c(1,1,2,2), weights=getWeight(codset)) fit2 = eBayes(fit) topTable(fit2) ################################################### ### code chunk number 14: Codelink_Introduction.Rnw:215-216 ################################################### citation(package="codelink") ################################################### ### code chunk number 15: Codelink_Introduction.Rnw:221-222 ################################################### sessionInfo()