# #——回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(knitr)美元opts_chunk组(消息= FALSE,警告= FALSE, fig.height = 2, fig.width = 3, fig.show = "持有")# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(openCyto)库(ggcyto) gs < - load_gs(系统。文件(“extdata / gs_bcell_auto”、包=“flowWorkspaceData”)) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - fr < - getData (gs[[2]],“生活”)chnl < - CD3“g < - openCyto:::。mindensity (fr、通道= chnl) autoplot (fr, chnl) + geom_gate (g) autoplot (fr, chnl SSC-A) + geom_gate (g) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - fr < - getData (gs[[1]],“边界”)chnl < -“FSC-A”g < - openCyto:::。mindensity (fr、通道= chnl) mylimits < - ggcyto_par_set(限制=“仪器”)p < - autoplot (fr, chnl) + mylimits p + geom_gate (g) autoplot (fr, chnl SSC-A) + geom_gate (g) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - g < - openCyto:::。mindensity (fr,渠道= chnl gate_range = c (7 e4, 1 e5),调整= 1.5)p + geom_gate (g) autoplot (fr, chnl SSC-A) + geom_gate (g) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - g < - openCyto:::。mindensity (fr,渠道= chnl min = 7 e4, max = 1 e5) p + geom_gate (g) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - fr < - getData (gs[[1]],“淋巴”)chnl < -“活”g < - openCyto:::。后挡板(fr,渠道= chnl tol = 0.05) p < - autoplot (fr, chnl) + mylimits p + geom_gate (g) autoplot (fr, chnl SSC-A) + geom_gate (g) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - g < - openCyto:::。quantileGate (fr,渠道= chnl,聚合氯化铝= 0.99)p < - autoplot (fr, chnl) + mylimits p + geom_gate (g) autoplot (fr, chnl SSC-A) + geom_gate (g) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - fr < - getData (gs[[1]],“根”)chnl < - c (“FSC-A”、“SSC-A”) g < - openCyto:::。边界(fr,渠道= chnl min = c (0, 0), max = c (2.5 e5, 2.5 e5)) p < - autoplot (fr, x = chnl [1], y = chnl [2]) p + geom_gate (g) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - fr < - read.FCS(执行(“extdata / CytoTrol_CytoTrol_1。fcs”,包= " flowWorkspaceData ")) chnl < - c (“FSC-A”、“FSC-H”) g < - openCyto:::。singletGate (fr、通道= chnl) p < - autoplot (fr, x = chnl [1], y = chnl [2]) p + geom_gate (g) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - fr < - getData (gs [[1]],“nonDebris”) chnl < - c (“FSC-A”、“SSC-A”) g < - openCyto::: .flowClust。2 d (fr,渠道= chnl K = 2,目标= c (1 e5、5 e4)分位数= 0.95)p < - autoplot (fr, x = chnl [1], y = chnl [2]) + mylimits p + geom_gate (g) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - fr < - getData (gs [[1]],“CD19andCD20”) chnl < - c (“CD38”、“CD24”) g < - openCyto::: .flowClust。2 d (fr,渠道= chnl K = 6,过渡= TRUE,目标= c (3.5 e3, 3.5 e3)分位数= 0.95,翻译= 0.15,pp_res = NULL) p < - autoplot (fr, x = chnl [1], y = chnl [2]) + mylimits p + geom_gate (g) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gs < load_gs(系统。文件(“extdata / gs_DC_auto”、包=“flowWorkspaceData”)) fr < - getData (gs [[2]],“HLADR +”) chnl < - c (“CD11c”、“CD123”) p < - autoplot (fr, chnl [1], chnl [2]) g < - openCyto::: .quadGate。tmix (fr,渠道= chnl K = 3, usePrior =“不”)p + geom_gate (g)