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DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPpeakAnno

从ChIP-seq、ChIP-chip实验或任何实验中识别的峰的批量注释导致大量的染色体范围

Bioconductor版本:Release (3.5)

该软件包包括检索峰周围序列的功能，获得丰富的基因本体(GO)术语，找到最近的基因，外显子，miRNA或自定义特征，如最保守的元素和其他转录因子结合位点由用户提供。从2.0.5开始，添加了新的功能，用于查找具有总结统计的双向启动子的峰值(peaksNearBDP)，用于汇总峰值中motif的出现情况(summarizePatternInPeaks)，以及用于向注释的峰值或充实的go添加其他id (addGeneIDs)。这个包利用了biomaRt, IRanges, Biostrings, BSgenome, GO.db, multtest和stat包。

作者:朱丽华朱丽华，欧建宏，余军，Herve Pages, Claude Gazin, Nathan Lawson, Ryan Thompson, Simon Lin, David Lapointe和Michael Green

维护者:朱丽华朱莉<朱莉。欧建宏<建宏。你在umassmed。edu>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

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文档

超文本标记语言	R脚本	ChIPpeakAnno注释管道
超文本标记语言	R脚本	ChIPpeakAnno常见问题
超文本标记语言	R脚本	ChIPpeakAnno快速入门
超文本标记语言	R脚本	ChIPpeakAnno装饰图案
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细节

biocViews	注释，ChIPSeq，ChIPchip，软件
版本	3.10.2
在Bioconductor	BioC 2.5 (R-2.10)(8年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R(>= 3.2)，方法，网格，IRanges(> = 2.5.27),Biostrings，GenomicRanges(> = 1.23.16),S4Vectors(> = 0.9.25),维恩图
进口	BiocGenerics(> = 0.1.0),GO.db，biomaRt，BSgenome，GenomicFeatures，GenomeInfoDb，matrixStats，AnnotationDbi，limma，乘，RBGL，图，BiocInstaller统计数据,地区，DBI，ensembldb，Biobase，seqinr，印尼盾，GenomicAlignments，DelayedArray，SummarizedExperiment，Rsamtools
链接
建议	reactome.db，BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，org.Ce.eg.db，org.Hs.eg.db，BSgenome.Celegans.UCSC.ce10，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7，EnsDb.Hsapiens.v75，EnsDb.Hsapiens.v79，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，gplots，BiocStyle，rtracklayer，knitr，rmarkdown，BiocStyle，testthat，trackViewer，motifStack，OrganismDbi
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	REDseq
进口我	ATACseqQC，DChIPRep，FunciSNP，GUIDEseq，REDseq
建议我	oneChannelGUI，R3CPET，RIPSeeker
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	ChIPpeakAnno_3.10.2.tar.gz
Windows二进制	ChIPpeakAnno_3.10.2.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ChIPpeakAnno_3.10.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPpeakAnno
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ChIPpeakAnno/
软件包下载报告	下载数据