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DOI:10.18129 / B9.bioc.DOSE

疾病本体语义和富集分析

Bioconductor版本:版本(3.5)

这个包实现了蕾斯尼克提出的五个方法,分别Schlicker,江,林和王之间的语义相似性测量条款和基因产物。富集分析包括超几何模型和基因集富集分析也发现疾病的关联实现高通量生物数据。

作者:Guangchuang Yu (aut (cre),李亘王(施),弗拉季斯拉夫•Petyuk[所有],乔凡尼达尔奥廖(施)

维护人员:Guangchuang于< guangchuangyu gmail.com >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”) biocLite(“剂量”)

文档

HTML	R脚本	00剂量的介绍
HTML	R脚本	01剂量语义相似度分析
HTML	R脚本	02年疾病富集分析
HTML	R脚本	03疾病GSEA
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,GeneSetEnrichment,MultipleComparison,通路,软件,可视化
版本	3.2.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.1)
进口	AnnotationDbi,BiocParallel,DO.db,fgsea,ggplot2,GOSemSim(> = 2.0.0)、图形、grDevices网格,igraph、方法、qvalue,reshape2,S4Vectors,尺度、统计、stats4跑龙套
链接
建议	BiocStyle,clusterProfiler,knitr,org.Hs.eg.db,testthat,UpSetR
SystemRequirements
增强了
URL	https://guangchuangyu.github.io/DOSE
BugReports	https://github.com/GuangchuangYu/DOSE/issues
取决于我	clusterProfiler,网格,ReactomePA
进口我	bioCancer,ChIPseeker,debrowser,eegc,facopy,林肯,MoonlightR
建议我	GOSemSim
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	DOSE_3.2.0.tar.gz
Windows二进制	DOSE_3.2.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	DOSE_3.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DOSE
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DOSE/
包下载报告	下载数据