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DOI:10.18129 / B9.bioc.FourCSeq

包分析4 c测序数据

Bioconductor版本:版本(3.5)

FourCSeq R包致力于(多路)4 c测序数据的分析。包提供了一个管道检测特定的DNA元素之间的相互作用和识别微分条件之间的相互作用。R始于个人bam的统计分析每个样本作为输入文件。为了获得这些文件,包包含一个python脚本(extdata / python / demultiplex.py)分工库和修剪引物序列。与标准的校准软件所需的bam文件可以生成。

作者:费利克斯·a·克莱因EMBL海德堡

维护人员:费利克斯·a·克莱因< Felix。克莱恩在embl.de >

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browseVignettes (“FourCSeq”)

PDF	R脚本	FourCSeq
PDF		参考手册

细节

biocViews	预处理,测序,软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(3年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.0),GenomicRanges,ggplot2,DESeq2(> = 1.9.11),样条函数、方法迷幻药
进口	DESeq2,Biobase,Biostrings,GenomicRanges,SummarizedExperiment,Rsamtools,ggbio,reshape2,rtracklayer,食品及药物管理局,GenomicAlignments,gtools,矩阵
链接
建议	BiocStyle,knitr,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	FourCSeq_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	FourCSeq_1.10.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	FourCSeq_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FourCSeq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/FourCSeq/
包下载报告	下载数据