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DOI:10.18129 / B9.bioc.Pigengene

从基因表达数据推断生物签名

Bioconductor版本:版本(3.5)

Pigengene包提供了一个有效的方式来推断生物签名从基因表达谱。签名是独立于底层平台,例如,可以微阵列或RNA Seq数据输入。它甚至可以推断出签名使用数据从一个平台,并评估他们。Pigengene识别模块(集群)的高度使用coexpression coexpressed基因网络分析,总结了每个模块的生物信息在一个eigengene,学习贝叶斯网络概率模型的模块之间的依赖关系,并构建了一个基于决策树eigengenes的表达。

作者:Habil Zare,阿米尔Foroushani Rupesh Agrahari

维护人员:Habil Zare < Zare txstate.edu >

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PDF	R脚本	使用eigengenes Pigengene:计算和
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细节

biocViews	BiomedicalInformatics,分类,聚类,DecisionTree,DimensionReduction,GeneExpression,GraphAndNetwork,微阵列,网络,NetworkInference,归一化,PrincipalComponent,RNASeq,软件,SystemsBiology,转录组
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(1年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.3.0),图
进口	bnlearn,网,质量,matrixStats,partykit,Rgraphviz,WGCNA,GO.db,嫁祸于,preprocessCoregrDevices图形,统计,跑龙套,平行,pheatmap(> = 1.0.8)
链接
建议	org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,biomaRt,knitr,BiocStyle,AnnotationDbi,能源
SystemRequirements
增强了
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	Pigengene_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	Pigengene_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	Pigengene_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Pigengene
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Pigengene/
包下载报告	下载数据