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Rariant
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DOI:10.18129 / B9.bioc.Rariant
识别和评估单核苷酸变异通过绝不会报道另类基地调用频率的变化
Bioconductor版本:版本(3.5)
Rariant的包装标识单核苷酸变异从测序数据基于二项分布的差异之间的错配率匹配样本。
作者:朱利安格林贝恩德•西蒙•安德斯·克劳斯
维护人员:朱利安格林< jg-bioc gmx.com >
从内部引用(R,回车引用(“Rariant”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”) biocLite (“Rariant”)
文档
| HTML | R脚本 | Rariant |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | GenomicVariation,测序,软件,SomaticMutation,StatisticalMethod,VariantDetection,可视化 |
| 版本 | 1.12.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.14 (r - 3.1)(3.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (> = 3.0.2),GenomicRanges,VariantAnnotation |
| 进口 | 方法,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,ggbio,ggplot2,exomeCopy,SomaticSignatures,Rsamtools,闪亮的,VGAM,dplyr,reshape2 |
| 链接 | |
| 建议 | h5vcData,testthat,knitr,optparse,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/juliangehring/Rariant |
| BugReports | https://support.bioconductor.org |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | Rariant_1.12.0.tar.gz |
| Windows二进制 | Rariant_1.12.0.zip |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | Rariant_1.12.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rariant |
| 包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/Rariant/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
