##尝试http：//如果不支持https：// urls（“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”）bioclite（“ tcgabiolinks”）

doi：10.18129/b9.bioc.tcgabiolinks

TCGABIOLINKS：与GDC数据进行集成分析的R/bioconductor软件包

生物导体版本：版本（3.5）

TCGABIOLINKS的目的是：i）促进GDC开放访问数据检索，ii）使用适当的预处理策略准备数据，ii）提供了进行不同的标准分析和iv的方法，以轻松复制早期的研究结果。更详细地说，该软件包提供了多种分析方法（例如，差异表达分析，鉴定差异甲基化区域）和可视化方法（例如生存图，火山图，Starburst图），以便轻松地开发完整的分析管道。

作者：Antonio Colaprico，Tiago Chedraoui Silva，Catharina Olsen，Luciano Garofano，Davide Garolini，Claudia Cava，Thais Sabedot，Tathiane Malta，Stefano M. Pagnotta，Isabella Castiglioni，Micherele Ceccarelli，Micherele ceccarellica nyhrusa nyhrushrushruspi，

维护者：ulb.ac.be>的Antonio Colaprico

安装

要安装此软件包，请启动R并输入：

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文档

html	R脚本	1.简介
html	R脚本	2.搜索GDC数据库
html	R脚本	3.下载和准备文件以进行分析
html	R脚本	4.临床数据
html	R脚本	5.突变数据
html	R脚本	使用TCGABIOLINKS软件包
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DNAMETHYLATY，，，，差异性，，，，差甲基化，，，，基因表达，，，，结肠管制，，，，甲基化array，，，，网络，，，，途径，，，，测序，，，，软件，，，，生存
版本	2.5.9
在生物导体中	Bioc 3.2（R-3.2）（2年）
执照	GPL（> = 3）
要看	R（> = 3.2）
进口	下载器（> = 0.4），幸存者，grdevices，栅格，图形，蒂布尔， 网格，基因组机，，，，XML（> = 3.98.0），Data.Table，，，，EDASEQ（> = 2.0.0），EDGER（> = 3.0.0），jsonlite（> = 1.0.0），plyr，，，，尼特， 方法，Biomart，，，，GGPLOT2，，，，ggthemes，，，，生存，，，，Stringr（> = 1.0.0），iranges，，，，秤，，，，rvest（> = 0.3.0），统计，utils，selectr，，，，S4VECTORS，，，，复杂的图像（> = 1.10.2），r.utils，，，，总结性特征（> = 1.4.0），GeneFilter，，，，共识ClusterPlus，，，，readr，，，，rcolorbrewer，，，，多帕尔，，，，dplyr，，，，GenomeInfodB，，，，GenomicFeatures，并行，工具，XML2，，，，httr（> = 1.2.1），MATLAB，，，，循环，，，，Ggrepel（> = 0.6.3）
链接
建议	PNG，，，，生物使用，，，，rmarkDown，，，，DevTools，，，，maftools，，，，帕马森，，，，C3net，，，，模丝，，，，dnet，，，，生物酶，，，，副词，，，，测试，，，，林玛，，，，PathView，，，，clusterProfiler，，，，Igraph，，，，Suprahex
系统要求
增强
URL	https://github.com/bioinformaticsfmrp/tcgabiolinks
BugReports	https://github.com/bioinformaticsfmrp/tcgabiolinks/issues
取决于我
进口我	MOONLIGHTR，，，，蜘蛛网，，，，tcgabiolinksgui
建议我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	tcgabiolinks_2.5.9.9.tar.gz
Windows二进制	tcgabiolinks_2.5.9.9.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	tcgabiolinks_2.5.9.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tcgabiolinks
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/tcgabiolinks/
软件包下载报告	下载统计