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ToPASeq
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DOI:10.18129 / B9.bioc.ToPASeq
方案架构RNASeq通路分析数据
Bioconductor版本:版本(3.5)
实现七个方法架构RNASeq和微阵列数据通路分析:SPIA, DEGraph, TopologyGSA, TAPPA, PRS, PWEA和单一路径的可视化工具。
作者:伊凡娜Ihnatova,伊娃Budinska
维护人员:伊凡娜Ihnatova < Ihnatova在iba.muni.cz >
从内部引用(R,回车引用(“ToPASeq”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”) biocLite (“ToPASeq”)
文档
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browseVignettes (“ToPASeq”)
| R脚本 | R方案架构microaray和RNA-Seq数据的路径分析 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DifferentialExpression,GeneExpression,GraphAndNetwork,微阵列,NetworkEnrichment,通路,RNASeq,软件,可视化 |
| 版本 | 1.10.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.0 (r - 3.1)(3年) |
| 许可证 | AGPL-3 |
| 取决于 | 石墨(> = 1.16),gRbase,图,locfit,Rgraphviz |
| 进口 | R.utils、方法、Biobase平行,刨边机,DESeq2,SummarizedExperiment,RBGL,DESeq,字段,limma,TeachingDemos,KEGGgraph,qpgraph,限幅器,AnnotationDbi,doParallel |
| 链接 | Rcpp |
| 建议 | RUnit,BiocGenerics,gageData,DEGraph,plotrix,org.Hs.eg.db |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | ToPASeq_1.10.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ToPASeq |
| 包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/ToPASeq/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
