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DOI:10.18129 / B9.bioc.VariantFiltering

编码和非编码遗传变异的筛选

Bioconductor版本:Release (3.5)

使用不同的标准筛选遗传变异，如遗传模型，氨基酸变化后果，人类群体中的小等位基因频率，剪接位点强度，保守性等。

作者:Robert Castelo [aut, cre]， Dei Martinez Elurbe [ctb]， Pau Puigdevall [ctb]

维护者:Robert Castelo < Robert。Castelo在upf.edu>

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PDF	R脚本	变异过滤:过滤编码和非编码遗传变异
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，遗传学，HighThroughputSequencing，Homo_sapiens，单核苷酸多态性，测序，软件
版本	1.12.2
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.0.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.13.8),VariantAnnotation(> = 1.13.29)
进口	跑龙套,DBI，RSQLite(> = 1.0.0),Biobase，S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges(> = 2.3.23),RBGL，图，AnnotationDbi，BiocParallel，Biostrings(> = 2.33.11),GenomeInfoDb(> = 1.3.6),GenomicRanges(> = 1.19.13),SummarizedExperiment，GenomicFeatures，Rsamtools(> = 1.17.8),BSgenome，Gviz，闪亮的，GenomicScores
链接	S4Vectors，IRanges，XVector，Biostrings
建议	RUnit，BiocStyle，org.Hs.eg.db，BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5，phastCons100way.UCSC.hg19，PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131，SIFT.Hsapiens.dbSNP137
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/rcastelo/VariantFiltering
BugReports	https://github.com/rcastelo/VariantFiltering/issues
全靠我	MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5，MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.GRCh38，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.hs37d5，MafDb.ExAC.r0.3.1.snvs.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.hs37d5，MafDb.gnomAD.r2.0.1.hs37d5，MafDb.gnomADex.r2.0.1.hs37d5
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	VariantFiltering_1.12.2.tar.gz
Windows二进制	VariantFiltering_1.12.2.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	VariantFiltering_1.12.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VariantFiltering
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/VariantFiltering/
软件包下载报告	下载数据