要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“dada2”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

dada2

DOI:10.18129 / B9.bioc.dada2

从扩增子测序数据准确、高分辨率的样本推断

Bioconductor版本:Release (3.5)

dada2包从扩增子数据中推断出精确的序列变体(sv),取代了更粗糙和不准确的OTU聚类方法。dada2管道将解复用的fastq文件作为输入,并在去除替换和嵌合体误差后输出序列变体及其样本丰度。分类法分类可通过RDP朴素贝叶斯分类器的本机实现实现。

作者:Benjamin Callahan < Benjamin .j。Callahan在gmail.com>,Paul McMurdie, Susan Holmes

维护者:Benjamin Callahan < Benjamin .j。Callahan在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“dada2”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“dada2”)

文档

超文本标记语言 R脚本 dada2简介
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 分类宏基因组微生物组测序软件
版本 1.4.0
在Bioconductor BioC 3.3 (R-3.3)(1.5年)
许可证 LGPL-3
取决于 R (>= 3.2.0),Rcpp(>= 0.11.2),方法(>= 3.2.0)
进口 Biostrings(> = 2.32.1),ggplot2(> =魅惑,data.table(> = 1.9.4),reshape2(> = 1.4.1),ShortRead(> = 1.24.0),RcppParallel(>= 4.3.0),平行(>= 3.2.0)
链接 RcppRcppParallel
建议 BiocStyleknitrrmarkdown
SystemRequirements GNU使
增强了
URL http://benjjneb.github.io/dada2/
BugReports https://github.com/benjjneb/dada2/issues
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包 dada2_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 dada2_1.4.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) dada2_1.4.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dada2
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/dada2/
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