要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“dada2”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
Bioconductor版本:Release (3.5)
dada2包从扩增子数据中推断出精确的序列变体(sv),取代了更粗糙和不准确的OTU聚类方法。dada2管道将解复用的fastq文件作为输入,并在去除替换和嵌合体误差后输出序列变体及其样本丰度。分类法分类可通过RDP朴素贝叶斯分类器的本机实现实现。
作者:Benjamin Callahan < Benjamin .j。Callahan在gmail.com>,Paul McMurdie, Susan Holmes
维护者:Benjamin Callahan < Benjamin .j。Callahan在gmail.com>
引文(从R内,输入引用(“dada2”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“dada2”)
超文本标记语言 | R脚本 | dada2简介 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 分类,宏基因组,微生物组,测序,软件 |
版本 | 1.4.0 |
在Bioconductor | BioC 3.3 (R-3.3)(1.5年) |
许可证 | LGPL-3 |
取决于 | R (>= 3.2.0),Rcpp(>= 0.11.2),方法(>= 3.2.0) |
进口 | Biostrings(> = 2.32.1),ggplot2(> =魅惑,data.table(> = 1.9.4),reshape2(> = 1.4.1),ShortRead(> = 1.24.0),RcppParallel(>= 4.3.0),平行(>= 3.2.0) |
链接 | Rcpp,RcppParallel |
建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown |
SystemRequirements | GNU使 |
增强了 | |
URL | http://benjjneb.github.io/dada2/ |
BugReports | https://github.com/benjjneb/dada2/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。
源包 | dada2_1.4.0.tar.gz |
Windows二进制 | dada2_1.4.0.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | dada2_1.4.0.tgz |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dada2 |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/dada2/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
支持»
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