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DOI:10.18129 / B9.bioc.meshes

MeSH富集与语义分析

Bioconductor版本:Release (3.5)

MeSH(医学主题标题)是NLM控制词汇，用于为MEDLINE/PubMed手动索引文章。通过gendoo、gene2pubmed和RBBH三种方法将MeSH词与Entrez Gene ID关联。这种关联是丰富和语义分析的基础。Meshes支持基因列表或整个表达谱的富集分析(过度表达和基因集富集分析)。MeSH术语的语义比较为计算基因和基因组之间的相似性提供了定量的方法。网格实现了Resnik、Schlicker、Jiang、Lin和Wang分别提出的五种方法，支持70多个物种。

作者:于光创[aut, cree]

维护者:Guangchuang Yu

安装

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文档

超文本标记语言	R脚本	网格的介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，聚类，MultipleComparison，软件
版本	1.2.0
在Bioconductor中	BioC 3.4 (R-3.3)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.3.1)，剂量(> = 2.11.7)
进口	AnnotationDbi，GOSemSim(> = 1.99.3),MeSH.db、方法、rvcheck
链接
建议	BiocStyle，knitr，MeSH.Cel.eg.db，MeSH.Hsa.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL	https://guangchuangyu.github.io/meshes
BugReports	https://github.com/GuangchuangYu/meshes/issues
这取决于我
进口我
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包档案

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源包	meshes_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	meshes_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	meshes_1.2.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/meshes
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/meshes/
软件包下载报告	下载数据