### R代码来自Vignette Source'Ramigo.rnw'############################################################# ###代码块数字1：设置########################################60）################################ ###代码块编号2：loadpackages ################################################################################ ###代码块数字3：getamigotreepng ############################################################，“ go：0043229”，“ go：0050789”）颜色<-c（“ lightblue”，“红色”，“黄色”，“绿色”，“绿色”，“ pink”）pngres <-getamigotree（goids = goids = goids = goids，color = color = color = color = color，文件名=“示例”，pictype =“ png”，saveresult = true）############################################################### ###代码块编号4：getamigotreesvg（eval = false）###########################################################，color = color，filename =“示例”，pictype =“ svg”，saveresult = true）############################################################## ###代码块数字5：getamigotreedot ############################################################，pictype =“ dot”，saveresult = true）tt < - readamigodot（object = dotres）##读取文件也将起作用！## tt < - readamigodot（filename =“ example.dot”）show（tt）############################################################### ###代码块数字6：######################################################### leavesTT <- leaves(tt) leavesTT[,c("node","GO_ID","description")] ################################################### ### code chunk number 7: adjM2gml (eval = FALSE) ################################################### ## gg <- adjM2gml(adjMatrix(tt),relations(tt)$color,annot(tt)$fillcolor,annot(tt)$GO_ID,annot(tt)$description,"example") ################################################### ### code chunk number 8: c5gomapping ################################################### data(c5.go.mapping) head(c5.go.mapping) ################################################### ### code chunk number 9: gseaexec (eval = FALSE) ################################################### ## ## paths to gsea jar and gmt file ## exe.path <- exe.path.string ## gmt.path <- gmt.path.string ## ## gsea.collapse <- "false" ## ## number of permutations ## nperm <- 10000 ## gsea.seed <- 54321 ## gsea.out <- "out-folder" ## ## ## build GSEA command ## gsea.report <- "report-file" ## rnk.path <- "rank-file" ## gsea.cmd <- sprintf("java -Xmx4g -cp %s xtools.gsea.GseaPreranked -gmx %s -collapse %s -nperm %i -rnk %s -scoring_scheme weighted -rpt_label %s -include_only_symbols true -make_sets true -plot_top_x 75 -rnd_seed %i -set_max 500 -set_min 15 -zip_report true -out %s -gui false", exe.path, gmt.path, gsea.collapse, nperm, rnk.path, gsea.report, gsea.seed, gsea.out) ## ## ## execute command on the system ## system(gsea.cmd) ################################################### ### code chunk number 10: readgseaxls (eval = FALSE) ################################################### ## resn <- "xxx" ## number generated by GSEA that you can get with grep(), strsplit() and dir() ## tt <- rbind(read.table(sprintf("%s/%s/gsea_report_for_na_pos_%s.xls", gsea.out, gsea.report,resn), stringsAsFactors=FALSE, sep="\t", header=TRUE), read.table(sprintf("%s/%s/gsea_report_for_na_neg_%s.xls", gsea.out, gsea.report, restn), stringsAsFactors=FALSE, sep="\t", header=TRUE)) ################################################### ### code chunk number 11: strapplyexample ################################################### strapply(c("node25 -> node30"), "node([\\d]+) -> node([\\d]+)", c, backref = -2) ################################################### ### code chunk number 12: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())