# #设置,包括= FALSE ------------------------------------------------ knitr: opts_chunk设置(echo = TRUE) knitr:美元:opts_knit设置(进步= FALSE) # #——美元消息= FALSE,警告= FALSE,包括= FALSE ------------------------- 库(TCGAbiolinks)库(SummarizedExperiment)图书馆(dplyr)图书馆(DT) # #——结果=‘隐藏’,eval = FALSE,呼应= TRUE,消息= FALSE,警告= FALSE——#加< - GDCquery_Maf(“胆固醇”,管道= "缪斯 ") ## ---- 回声= TRUE, eval = F,消息= FALSE,警告=FALSE -------------- ##只有前50使呈现更快#数据表(maf[1:20，]， #过滤器= 'top'， #选项=列表(scrollX =TRUE, keys =TRUE, pageLength = 5)， # rownames =FALSE) ## ----结果= '隐藏'，echo=TRUE, eval =F，消息=FALSE，警告=FALSE---- #查询.maf。hg19 <- GDCquery(project = "TCGA-CHOL"， # data. sh;category = "简单核苷酸变异"，# data。type = "简单体突变"，# access = "open"， # legacy =TRUE) ## ----echo =TRUE, message=FALSE, eval =F,warning =FALSE -------------- ##检查maf可用性#数据表(select(getResults(query.maf.hg19)，-contains("cases"))， # filter = 'top'， # options = list(scrollX =TRUE, keys =TRUE, pageLength = 10)， # rownames =FALSE) ## ----results = 'hide'， echo=TRUE, eval =F,message=FALSE, warning=FALSE---- # query.maf。hg19 <- GDCquery(project = "TCGA-CHOL"， # data. sh;category = "简单核苷酸变异"，# data。type = "简单体细胞突变"，# access = "open"， # file. "type = "bcgsc. ca_l . illuminahisisq_dnaseq .1.躯体。"加器”,#遗留= TRUE) # GDCdownload (query.maf.hg19) #加<——GDCprepare (query.maf.hg19) # #——呼应= TRUE,消息= FALSE, eval = F,警告= FALSE ------------- # # 只有第一个50,渲染速度# datatable(加[1:20,],#过滤器=“顶级”,#选项=列表(scrollX = TRUE,键= TRUE, pageLength = 5), # rownames = FALSE) # #——结果=“隐藏”,呼应= TRUE,消息= FALSE, eval = F,警告= FALSE, #库(maftools) #加< - GDCquery_Maf(“胆固醇”,管道=“缪斯”)% > %阅读。加(removeSilent = TRUE,使用= FALSE) # datatable (getSampleSummary(加),#过滤器=“顶级”,#选项=列表(scrollX = TRUE,键= TRUE, pageLength = 5), # rownames = FALSE) # plotmafSummary(加=加rmOutlier = TRUE, addStat =“中位数”,仪表板= TRUE) # #——回声= TRUE,消息= FALSE,警告= FALSE, eval = F ------------- # 于oncoplot =加= 10,removeNonMutated = TRUE) # titv = titv(加=加,情节= FALSE, useSyn = TRUE) # # # plotTiTv情节titv总结(res = titv)