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Bioconductor软件包
Bioconductor版本:Release (3.6)
| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| a4 | 托拜厄斯·维贝克，威廉·利滕伯格 | 自动Affymetrix阵列分析伞包 |
| a4Base | 托拜厄斯·维贝克，威廉·利滕伯格 | 自动Affymetrix阵列分析基础包 |
| a4Classif | 托拜厄斯·维贝克，威廉·利滕伯格 | 自动Affymetrix阵列分析分类包 |
| a4Core | 托拜厄斯·维贝克，威廉·利滕伯格 | 自动Affymetrix阵列分析核心包 |
| a4Preproc | 托拜厄斯·维贝克，威廉·利滕伯格 | 自动Affymetrix阵列分析预处理包 |
| a4Reporting | 托拜厄斯·维贝克，威廉·利滕伯格 | 自动Affymetrix阵列分析报告包 |
| ABAEnrichment | 施特菲·格罗特 | 人脑区基因表达富集 |
| ABarray | 永明安德鲁太阳 | 应用生物系统基因组调查(AB1700)基因表达数据的微阵列QA和统计数据分析。 |
| ABSSeq | Wentao杨 | ABSSeq:一种新的基于绝对表达差异建模的rna seq分析方法 |
| acde | 胡安-帕布鲁Acosta | 差异表达基因的人工成分检测 |
| aCGH | 季米特洛夫彼得 | 阵列比较基因组杂交数据的类和函数。 |
| ACME | 肖恩·戴维斯 | 计算微阵列富集(ACME)算法 |
| ADaCGH2 | 雷蒙Diaz-Uriarte | 利用并行计算和ff对象分析aCGH实验大数据 |
| adSplit | 克劳迪奥·Lottaz | 注解驱动的集群 |
| affxparser | Kasper丹尼尔·汉森 | Affymetrix文件解析SDK |
| affy | 拉斐尔·a·伊 | Affymetrix寡核苷酸阵列方法 |
| affycomp | 拉斐尔·a·伊 | 评估Affymetrix表达式度量的图形工具箱 |
| AffyCompatible | 马丁•摩根 | Affymetrix genchip软件兼容性 |
| affyContam | 诉凯利 | affymetrix cel文件数据的结构化损坏 |
| affycoretools | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 函数有用的那些做重复分析与Affymetrix基因芯片 |
| AffyExpress | Xuejun阿瑟·李 | Affymetrix质量评估和分析工具 |
| affyILM | 米里亚姆·克罗尔和法布里斯·伯格 | 背景减法的线性模型与朗缪尔等温线 |
| affyio | 本Bolstad | 解析Affymetrix数据文件的工具 |
| affylmGUI | 胡一芳，戈登·史密斯，基斯·萨特利 | 使用Affymetrix微阵列的limma包的GUI |
| affyPara | 马库斯Schmidberger | Affymetrix寡核苷酸阵列并行预处理方法 |
| affypdnn | Laurent Gautier | 为affy包探测依赖最近邻(PDNN) |
| affyPLM | 本Bolstad | 探头级模型的拟合方法 |
| affyQCReport | 克雷格Parman | affyBatch对象的QC报告生成 |
| AffyRNADegradation | 马里奥Fasold | 分析和纠正微阵列数据中由于RNA降解引起的探针位置偏差 |
| AGDEX | Cuilan lani高 | 差分表达式分析的一致性 |
| agilp | 本尼链 | 安捷伦表达式阵列处理包 |
| AgiMicroRna | 佩德罗Lopez-Romero | Agilent microRNA芯片的加工与差异表达分析 |
| 目标 | 埃里克·R Paquet | 目的:确定乳腺癌固有分子亚型的绝对归属 |
| ALDEx2 | 格雷格Gloor | 考虑样本变异的差异丰度分析 |
| AllelicImbalance | Jesper R Gadin | 研究等位基因特异性表达 |
| 高山 | 迈克尔的爱 | 高山 |
| 阿尔萨斯 | 罗恩Wehrens | 用于混合物自动化学探测的ALS |
| altcdfenvs | Laurent Gautier | 可选的CDF环境(又名探查集映射) |
| AMOUNTAIN | 李董 | 多层加权基因共表达网络的有源模块:一种持续优化方法 |
| amplican | 大船瓦伦 | 自动分析CRISPR实验。 |
| ampliQueso | 米甲Okoniewski | 扩增子富集板的分析 |
| AnalysisPageServer | 布拉德·弗里德曼 | 通过网络共享R的交互数据和图的框架 |
| anamiR | Ti-Tai王 | miRNA和mRNA表达数据的综合分析包 |
| Anaquin | 泰德黄 | 亮片的统计分析 |
| AneuFinder | 亚伦Taudt | 单细胞测序数据拷贝数变化分析 |
| 曾帮工 | 马天乐 | 复杂患者聚类的亲和网络融合 |
| annaffy | 科林·a·史密斯 | Affymetrix生物元数据的注释工具 |
| annmap | 克里斯Wirth | 基因组注释和可视化包，用于Affymetrix阵列和NGS分析。 |
| 注释 | Bioconductor包维护者 | 注释的微阵列 |
| AnnotationDbi | Bioconductor包维护者 | 注释数据库接口 |
| AnnotationFilter | Bioconductor维护者 | 过滤生物导体注释资源的设施 |
| AnnotationForge | Bioconductor包维护者 | 构建注释数据库包的代码 |
| AnnotationFuncs | 斯蒂芬·麦金农爱德华兹 | 注释翻译功能 |
| AnnotationHub | Bioconductor包维护者 | 客户端访问AnnotationHub资源 |
| AnnotationHubData | Bioconductor包维护者 | 将公共数据资源转换为Bioconductor数据结构 |
| annotationTools | 亚历山大·库恩 | 注释微阵列和执行跨物种基因表达分析使用平面文件数据库。 |
| annotatr | 雷蒙德·g·Cavalcante | 基因组区域到基因组注释的注释 |
| anota | Ola拉尔森 | 翻译活性分析(ANOTA)。 |
| anota2seq | Christian Oertlin, Julie Lorent | 一般适用的转录组范围内的翻译效率分析使用anota2seq |
| antiProfiles | 赫克托耳Corrada布拉沃 | 基因表达反谱的实现 |
| apComplex | 丹尼斯Scholtens | 利用AP-MS蛋白质数据估计蛋白质复合体的成员 |
| apeglm | Anqi朱 | GLM系数的近似后验估计 |
| aroma.light | 亨利克·本特松 | 仅使用基本R数据类型的微阵列数据的轻量级归一化和可视化方法 |
| ArrayExpress | ugi Sarkans | 在EBI访问ArrayExpress微阵列数据库并构建Bioconductor数据结构:ExpressionSet, AffyBatch, NChannelSet |
| ArrayExpressHTS | 安吉拉·冈卡尔维斯，安德鲁·吉洪诺夫 | ArrayExpress高通量测序处理流水线 |
| arrayMvout | 诉凯利 | 表达阵列QA的多元离群值检测 |
| arrayQuality | 艾格尼丝Paquet | 评估斑点阵列上的阵列质量 |
| arrayQualityMetrics | 迈克•史密斯 | 微阵列数据集的质量度量报告 |
| ArrayTools | 亚瑟•李 | geneChip分析包 |
| ArrayTV | 埃坦Halper-Stromberg | 阵列波校正的实现 |
| ARRmNormalization | 让-菲利普•福丁 | Illumina甲基化数据的自适应稳健回归归一化 |
| 一只 | 张倩 | 祖先特定等位基因频率估计 |
| ASEB | Likun王 | 预测乙酰化赖氨酸位点 |
| ASGSCA | 海拉Romdhani | 基于广义结构方程模型的多snp与多性状关联研究 |
| ASpli | 给曼奇尼 | RNA-Seq可选剪接分析 |
| 资产 | 威廉-惠勒 | 一个基于子集的异质性状和子类型关联分析的R包 |
| 分配 | 沈莹，W.埃文·约翰逊，大卫·詹金斯，Mumtehena Rahman | 自适应签名选择与集成(ASSIGN) |
| ATACseqQC | Jianhong欧 | ATAC-seq质量控制 |
| AtlasRDF | 西蒙Jupp | 基因表达图谱查询和基因集富集包。 |
| 吸引 | 塞缪尔·齐默尔曼 | 寻找考夫曼吸引子景观驱动因子基因表达模块的方法 |
| AUCell | 莎拉Aibar | AUCell:分析单细胞RNA-seq数据中的“基因集”活性(例如识别具有特定基因特征的细胞) |
| BaalChIP | 伊内斯·德·圣地亚哥 | 癌症基因组中等位基因特异性转录因子结合的贝叶斯分析 |
| BAC | 拉斐尔Gottardo | 芯片实验的贝叶斯分析 |
| 培根 | 范Iterson | 利用经验零分布控制关联研究中的偏倚和膨胀 |
| 贝德 | Andreas Neudecker | RNA测序数据中差异表达的贝叶斯分析 |
| BadRegionFinder | 莎拉Sandmann | BadRegionFinder:一个R/Bioconductor包，用于识别覆盖不良的区域 |
| 袋 | 亚历杭德罗Quiroz-Zarate | 基因集选择的贝叶斯方法 |
| 舞会礼服 | 杰克傅 | 灵活的，异构体水平的差异表达分析 |
| bamsignals | 亚历山德罗Mammana | 从bam文件中提取读取计数信号 |
| banocc | 艾玛Schwager | 成分协方差的贝叶斯分析 |
| basecallQC | 托马斯•卡罗尔 | 使用Illumina基本调用和多路复用输入和输出文件 |
| BaseSpaceR | 贾里德·奥康奈尔 | 基于BaseSpace RESTful API的R SDK |
| Basic4Cseq | 卡罗琳沃尔特 | Basic4Cseq:一个R/Bioconductor包，用于分析4C-seq数据 |
| 基础知识 | 卡特琳娜a Vallejos | 单细胞测序数据的贝叶斯分析 |
| BasicSTARRseq | 安妮卡方式 | STARR-seq数据的基本峰值调用 |
| BatchQC | Solaiappan Manimaran | 批处理效果质量控制软件 |
| BayesKnockdown | 威廉乍得年轻 | 贝叶斯击倒:来自击倒数据的边的后验概率 |
| BayesPeak | 乔纳森·凯恩斯 | 芯片序列数据的贝叶斯分析 |
| baySeq | 托马斯·Hardcastle | 计数数据中差异表达模式的经验贝叶斯分析 |
| BBCAnalyzer | 莎拉Sandmann | BBCAnalyzer:一个R/Bioconductor包，用于可视化碱基计数 |
| BCRANK | 亚当Ameur | 从排序的DNA序列预测结合位点一致性 |
| beachmat | 亚伦Lun | 编译Bioconductor以处理每种矩阵类型 |
| beadarray | 马克·邓宁 | Illumina BeadArray数据的质量评估和底层分析 |
| beadarraySNP | 1月东 | Illumina SNP珠阵列的归一化和报告 |
| BeadDataPackR | 迈克•史密斯 | Illumina BeadArray数据的压缩 |
| 击败 | 凯末尔Akman | BS-Seq表观变化分析工具包 |
| BEclear | 马库斯·乌鸫 | 修正DNA甲基化数据中的批处理效应 |
| bgafun | 伊恩•华莱士 | 蛋白质家族中鉴定特异性残基的一种方法 |
| BgeeDB | Julien Wollbrett, Julien Roux, Andrea Komljenovic, Frederic Bastian | Bgee数据库注释与基因表达数据检索 |
| BGmix | 亚历克斯·列文 | 差异基因表达的贝叶斯模型 |
| bgx | 欧内斯特Turro | 贝叶斯基因表达 |
| 六氯 | 丰富的野蛮 | 贝叶斯层次聚类 |
| BicARE | 皮埃尔Gestraud | 聚类分析与结果探索 |
| BiGGR | 阿南德·k·加瓦伊，汉内斯·赫特林 | 在R中使用代谢重建数据库进行基于约束的建模 |
| bigmelon | 泰勒j . Gorrie-Stone | 大型实验的Illumina甲基化阵列分析 |
| bigmemoryExtras | 彼得·m·哈 | 大内存包的扩展，增加了安全性、便利性和一个因子类 |
| bioassayR | 泰勒辅助工 | 小分子生物活性交叉靶点分析 |
| Biobase | Bioconductor包维护者 | Biobase: Bioconductor的基本功能 |
| biobroom | 约翰·d·斯托里和安德鲁·j·巴斯 | 将Bioconductor对象转换为整齐的数据帧 |
| bioCancer | 卡里姆Mezhoud | 交互式多组学癌症数据可视化与分析 |
| BiocCaseStudies | Bioconductor包维护者 | bi偶然研究:支持个案研究专论 |
| BiocCheck | Bioconductor包维护者 | Bioconductor-specific包检查 |
| BiocFileCache | Lori牧羊人 | 跨会话管理文件 |
| BiocGenerics | Bioconductor包维护者 | Bioconductor S4通用功能 |
| biocGraph | Florian Hahne | 生物信息学中的图表示例和用例 |
| BiocInstaller | Bioconductor包维护者 | 安装/更新Bioconductor、CRAN和github软件包 |
| BioCor | Lluis里维拉桑丘 | 功能相似 |
| BiocParallel | Bioconductor包维护者 | 用于并行评估的生物导体设施 |
| BiocSklearn | VJ凯里 | 通过Rstudio reticulate实现python sklearn的接口 |
| BiocStyle | Bioconductor包维护者 | 小插图和其他Bioconductor文档的标准样式 |
| biocViews | Bioconductor包维护者 | R包存储库的分类视图 |
| BiocWorkflowTools | 迈克•史密斯 | 帮助开发Bioconductor工作流包的工具 |
| bioDist | Bioconductor包维护者 | 不同距离的措施 |
| biomaRt | 迈克•史密斯 | 生物艺术数据库的接口(例如:ensemble, COSMIC, Wormbase和Gramene) |
| BioMedR | Min-feng朱 | 为化学物质、蛋白质、dna / rna及其相互作用生成各种分子表征 |
| biomformat | Paul j . McMurdie | BIOM文件格式的接口包 |
| BioMVCClass | 伊丽莎白·惠伦 | 使用生物基础的模型-视图-控制器(MVC)类 |
| biomvRCNS | 杨杜 | 多变量生物数据的拷贝数研究与分割 |
| 生命网络 | 马库斯> | 生物网络功能分析的例程 |
| BioQC | 张Jitao大卫 | 用基因集检测组织表达谱的异质性 |
| BioSeqClass | 李红 | 生物序列分类 |
| biosigner | Philippe Rinaudo, Etienne thevennot | 从组学数据中发现签名 |
| Biostrings | h .页面 | 生物串的有效操作 |
| biosvd | Anneleen Daemen, Matthew Brauer | 用于高通量数据处理、异常值检测、噪声去除和动态建模的软件包 |
| biotmle | 尼玛赫亚兹 | 有节制统计的生物标记物发现的目标学习 |
| biovizBase | 迈克尔•劳伦斯 | 用于基因组数据可视化的基本图形实用程序。 |
| BiRewire | 安德里亚·米兰球迷 | 二部图(或二元事件矩阵)、无向和有向符号图保持度分布(或边际总数)的随机化高性能例程 |
| birta | Benedikt Zacher, Holger Froehlich | 转录活性调控的贝叶斯推理 |
| birte | Holger Froehlich | 表达调控影响的贝叶斯推断 |
| BiSeq | 卡佳Hebestreit | 处理和分析亚硫酸氢盐测序数据 |
| BitSeq | Antti Honkela, Panagiotis Papastamoulis | RNA-seq数据的转录表达推理和差异表达分析 |
| blima | Vojtěch Kulvait | 用于Illumina微阵列在探测器(珠)级上的预处理和分析的工具 |
| BLMA | 锡阮 | BLMA:一个用于双层元分析的包 |
| bnbc | 腌鱼Fletez-Brant | Hi-C数据的带向归一化和批量校正 |
| BPRMeth | Chantriolnt-Andreas Kapourani | 建模高阶甲基化剖面 |
| 大脑 | 彼得亚雷Dittwald | 同位素分布计算的干扰递归算法 |
| BrainStars | Itoshi NIKAIDO | 查询来自BrainStars (B*)的基因表达数据和图 |
| 分歧点 | 贝丝信号 | 内含子剪接分支点的预测 |
| 桥 | 拉斐尔Gottardo | 差异基因表达的贝叶斯鲁棒推理 |
| BridgeDbR | 大多Willighagen | 在R中使用BridgeDb标识符映射框架的代码 |
| BrowserViz | 保罗·香农 | BrowserViz:使用websockets和JSON的交互式R/浏览器图形 |
| BrowserVizDemo | 保罗·香农 | 如何子类化BrowserViz |
| BSgenome | h .页面 | 高效表示全基因组及其snp的软件基础设施 |
| bsseq | Kasper丹尼尔·汉森 | 分析、管理和存储亚硫酸氢盐测序数据 |
| BubbleTree | 陶德·克里塞，朱伟 | 利用下一代测序数据阐明体细胞嵌合体中的肿瘤非整倍性和克隆性的直观可视化 |
| BufferedMatrix | 本Bolstad | 保存在临时文件中的矩阵数据存储对象 |
| BufferedMatrixMethods | 本Bolstad | 利用BufferedMatrix对象的微阵列数据相关方法 |
| BUMHMM | Alina Selega | 从结构探测实验数据计算修改概率的计算管道 |
| bumphunter | 拉斐尔·a·伊 | 撞猎人 |
| 公共汽车 | 远华刘 | 基因网络的重建 |
| 咖啡馆 | 桑德博伦 | 表达式数据中的染色体畸变查找器 |
| 篮球选手 | Vanja Haberle, Charles Plessy | 对CAGE (Cap Analysis of Gene Expression)测序数据进行分析，以精确定位转录起始位点和启动子组挖掘 |
| CALIB | 回族赵 | 从微阵列数据估计绝对表达水平的校准模型 |
| 相机 | 史蒂芬诺依曼 | 质谱数据注释相关方法的收集 |
| 癌症 | 卡里姆Mezhoud | MSKCC癌症基因组学数据访问和建模的图形用户界面。 |
| cancerclass | 丹尼尔Kosztyla | 从高维分子数据开发和验证诊断测试 |
| CancerInSilico | Thomas D. Sherman, Elana J. Fertig | 用于肿瘤进展计算建模的R接口 |
| CancerMutationAnalysis | Simina m·博卡 | 癌症突变分析 |
| CancerSubtypes | Taosheng徐 | 基于多基因组数据集的癌症亚型识别、验证和可视化 |
| 萤石 | 凯特琳麦克休 | 进行染色体祖先差异(CAnD)分析 |
| caOmicsV | 亨利张 | 多维癌症基因组数据可视化 |
| 红衣主教 | 凯莉Bemis a . | 用于统计分析的质谱成像工具箱 |
| 卡斯珀 | 大卫Rossell | 基于成对端读的可选拼接的表征 |
| 催化剂 | 海伦娜·露西亚Crowell | 细胞术数据分析工具 |
| 类别 | Bioconductor包维护者 | 类别分析 |
| categoryCompare | 罗伯特·m·飞行 | 使用特征注释的高通量实验的元分析 |
| CausalR | 格林·布拉德利，史蒂文·巴雷特 | 因果网络分析方法 |
| cbaf | 阿尔曼Shahrisa | cbioportal.org的多个自动化功能 |
| ccmap | 亚历克斯·皮克林 | 组合连接映射 |
| CCPROMISE | 学苑曹 | 两种形式高维遗传数据的典型相关PROMISE分析 |
| ccrepe | 艾玛·施威格，克雷格·贝尔斯基，乔治·温加特 | ccrepe_and_nc.score |
| cellbaseR | 穆罕默德OE阿卜杜拉 | 通过高性能Cellbase web查询注释数据 |
| cellGrowth | 朱利安Gagneur | 拟合细胞种群生长模型 |
| cellHTS2 | 约瑟夫·巴里 | 细胞筛选的分析- cellHTS的修订版 |
| cellity | Tomislav Ilicic | 单细胞rna序列数据的质量控制 |
| CellMapper | 布拉德那里提取 | 预测在特定细胞类型中选择性表达的基因 |
| CellNOptR | T.Cokelaer | 利用先验知识网络和摄动数据训练信号网络布尔逻辑模型。 |
| cellscape | 玛雅史密斯 | 探讨单单元树上下文中的单单元拷贝数配置文件 |
| cellTree | 大卫duVerle | 单细胞RNA-seq数据的层次树结构推理和可视化 |
| CEMiTool | 举行Nakaya | 共表达式模块识别工具 |
| CexoR | 佩德罗情歌 | 在ChIP-exo复制中发现高分辨率蛋白质- dna相互作用的R包 |
| CFAssay | 赫伯特Braselmann | 菌落形成测定的统计分析 |
| CGEN | 威廉-惠勒 | 遗传流行病学病例对照研究分析R包 |
| CGHbase | 马克·范德维尔 | CGHbase:用于arrayCGH数据分析的基函数和类。 |
| CGHcall | 马克·范德维尔 | 调用阵列CGH肿瘤剖面的畸变。 |
| cghMCR | j .张 | 找出显示共同增益/损失的染色体区域 |
| CGHnormaliter | 巴特·p·范·豪特 | 具有不平衡像差的阵列CGH数据的归一化。 |
| CGHregions | 会发生Vosse | 信息损失最小的阵列CGH数据降维方法。 |
| 冠军 | 元田 | 芯片分析甲基化管道Illumina HumanMethylation450和EPIC |
| 魅力 | 彼得村上 | CHARM微阵列DNA甲基化数据分析 |
| ChemmineOB | 托马斯Girke | R接口到OpenBabel功能的子集 |
| ChemmineR | 托马斯Girke | R .化学信息学工具包 |
| 芝加哥 | 米哈伊尔·Spivakov | 芝加哥:基因组组织的捕获Hi-C分析 |
| 嵌合体 | 拉斐尔一Calogero | 用于聚变产物二次分析的软件包 |
| chimeraviz | Stian Lagstad | 基因融合的可视化工具 |
| ChIPanalyser | 帕特里克·c。马丁 | 芯片分析仪:预测转录因子结合位点 |
| ChIPComp | 李陈 | 多个ChIP-seq数据集的定量比较 |
| chipenrich | 雷蒙德·g·Cavalcante | ChIP-seq峰值数据的基因集富集 |
| ChIPexoQual | 雷内·韦尔奇 | ChIPexoQual |
| ChIPpeakAnno | 朱丽华朱莉，欧建宏 | 从ChIP-seq, ChIP-chip实验或任何实验中识别的峰的批量注释导致了大量的染色体范围 |
| ChIPQC | 汤姆·卡罗，罗里·斯塔克 | ChIPseq数据的质量度量 |
| ChIPseeker | Guangchuang余 | 用于芯片峰值注释、比较和可视化的ChIPseeker |
| chipseq | Bioconductor包维护者 | chipseq:用于分析chipseq数据的包 |
| ChIPseqR | 彼得汉保格 | 在高通量测序数据中识别蛋白质结合位点 |
| ChIPsim | 彼得汉保格 | ChIP-seq实验模拟 |
| ChIPXpress | 乔治·吴 | 利用公开的基因表达谱，从ChIP-seq和ChIP-chip数据中增强转录因子靶基因识别 |
| 筷子 | Hin-Tak梁 | 苏格兰民族党。matrix和X.snp.matrix类 |
| chroGPS | 奥斯卡雷纳 | 可视化的表观基因组 |
| chromDraw | Jan Janecka | chromDraw是一个R包，用于绘制线性和圆形的核型方案。 |
| ChromHeatMap | 蒂姆·f·雷纳 | 基因组坐标绘制热图 |
| chromPlot | 凯伦y Orostica | 基因组数据的全球可视化工具 |
| chromstaR | 亚伦Taudt | ChIP-Seq数据的组合和差分染色质状态分析 |
| chromswitch | 《杰莎 | 从表观基因组数据中检测染色质状态开关的R包 |
| chromVAR | 艾丽西亚Schep | 不同区域的染色质变化 |
| CHRONOS | 帕诺斯Balomenos | CHRONOS:一种用于microrna介导的子通路富集分析的时变方法 |
| CINdex | 看门人尤里卡 | 染色体不稳定指数 |
| cisPath | Likun王 | 蛋白质-蛋白质相互作用网络的可视化和管理。 |
| ClassifyR | 达里奥Strbenac | 一个两类分类问题的框架，应用于微分可变性和微分分布检验 |
| cleanUpdTSeq | 莎拉·谢泼德;Jianhong欧;利华国际朱莉朱 | 该软件包将假定的多聚腺苷酸化位点分为真或假/内部寡核苷酸引物 |
| 切肉刀 | 塞巴斯蒂安·吉布 | 多肽序列的裂解 |
| clippda | Stephen Nyangoma | 一个用于临床蛋白质组分析数据分析的软件包 |
| 限幅器 | 保罗•马提尼 | 利用路径拓扑的基因集分析 |
| Clomial | Habil Zare | 推断肿瘤的克隆组成 |
| 单克隆 | Irina Ostrovnaya | 单克隆测试 |
| clonotypeR | 查尔斯·普莱西 | T细胞抗原受体序列高通量分析 |
| 凯 | 诺亚·霍夫曼 | 根据局部相似阈值进行分类 |
| clstutils | 诺亚·霍夫曼 | 用于执行分类分配的工具。 |
| clustComp | 奥罗拉多浪迪警官 | 聚类比较包 |
| clusterExperiment | 伊丽莎白Purdom | 比较单细胞测序的聚类 |
| ClusterJudge | Adrian Pasculescu | 互信息聚类方法的质量判断 |
| clusterProfiler | Guangchuang余 | 基因和基因簇功能图谱的统计分析和可视化 |
| clusterSeq | 托马斯·Hardcastle | 通过识别共表达模式聚类高通量测序数据 |
| ClusterSignificance | 杰森T、 | clustersignificant包提供了一些工具，用于评估降维数据表示中的类集群是否具有与排列数据不同的分离 |
| clusterStab | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 计算微阵列数据的集群稳定性评分 |
| CMA | Christoph Bernau | 基于微阵列的综合分类 |
| cn.farms | Andreas Mitterecker | cn。用于拷贝数估计的因子分析 |
| cn.mops | 京特·Klambauer | cn.mops- Mixture of Poissons for CNV detection in NGS data |
| CNAnorm | 斯特凡诺拜里 | 癌症样本拷贝数畸变的归一化方法 |
| cn | 通用电气谭 | CNE检测与可视化 |
| CNORdt | 答:业务 | 添加到CellNOptR:离散时间处理 |
| CNORfeeder | F.Eduati | 集成CellNOptR以添加缺失的链接 |
| CNORfuzzy | t . Cokelaer | 添加到CellNOptR:模糊逻辑 |
| CNORode | 大卫戴安娜 | ODE附加到CellNOptR |
| CNPBayes | 雅各布·凯里 | 复制数多态性的贝叶斯混合模型 |
| CNTools | j .张 | 通过样本矩阵将段数据转换为区域，以便进行其他高级计算分析。 |
| cnvGSA | 约瑟夫·卢戈 | (罕见)拷贝数变异的基因集分析 |
| CNVPanelizer | 托马斯•沃尔夫 | 靶向测序应用中可靠的CNV检测 |
| CNVrd2 | 黄平君Tan阮 | CNVrd2:一种基于读取深度的方法，用于从下一代测序数据中检测复杂共同拷贝数变异和基因型。 |
| CNVtools | 克里斯·巴恩斯 | 测试与CNV数据的遗传关联的软件包 |
| cobindR | 曼Benary | 寻找转录因子结合位点的共现基序 |
| CoCiteStats | Bioconductor包维护者 | 基于共引的不同测试统计。 |
| codelink | 迭戈Diez | 编码链微阵列数据的操作 |
| 食典委 | 江刘宇超(音) | 全外显子组测序的归一化和拷贝数变异检测方法 |
| coexnet | 胡安大卫Henao | coexnet:一个从微阵列数据构建共表达网络的R包 |
| CoGAPS | 伊莱娜·j·多数时候 | 模式集中的协调基因活动 |
| cogena | Zhilong贾 | 共表达基因集富集分析 |
| coGPS | 迎迎魏 | 癌症异常基因图谱集 |
| COHCAP | 查尔斯·沃登 | 用于Illumina甲基化阵列和靶向BS-Seq数据的CpG岛分析管道 |
| 彗星 | Tiphaine马丁 | 区域性表观基因组全关联扫描(EWAS)结果和DNA共甲基化模式的可视化 |
| 指南针 | 格雷格Finak | 单细胞的组合多功能分析 |
| compcodeR | 夏洛特Soneson | RNAseq数据仿真、差分表达式分析及差分表达式方法性能比较 |
| compEpiTools | 卡马尔•基 | 计算表观基因组学的工具 |
| CompGO | 阿什利·j·Waardenberg | 一个用于。bed文件注释的R管道，比较基因集和数据可视化之间的GO术语富集 |
| ComplexHeatmap | Zuguang顾 | 使复杂的热图 |
| 承认 | 戴安娜低 | 细胞的荧光信号排序 |
| ConsensusClusterPlus | 马特·威尔克森 | ConsensusClusterPlus |
| consensusOV | 本杰明Haibe-Kains | 基于基因表达的高级别浆液性卵巢癌亚型分类 |
| consensusSeekeR | 阿斯特丽德Deschenes | 利用基因组位置和基因组范围检测一组经验中的共识区域 |
| contiBAIT | 基兰奥尼尔 | 利用Strand-Seq数据改进早期构建基因组组装 |
| conumee | Volker Hovestadt | 利用Illumina DNA甲基化阵列增强拷贝数变异分析 |
| 转换 | 杨怡华(Jean) | 转换微阵列数据对象 |
| 国王杯 | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 功能执行癌症异常值概况分析。 |
| copynumber | Gro流行病学 | 用惩罚最小二乘回归分割单航迹和多航迹拷贝数数据。 |
| 文案 | 托马斯Kuilman | 使用脱靶读取从目标测序中复制编号信息 |
| CoRegNet | 雷米总 | CoRegNet:协同调控网络的重构与综合分析 |
| Cormotif | 迎迎魏 | 相关主题适合 |
| CorMut | 振鹏李 | 根据选择压力检测相关突变 |
| coRNAi | 艾琳Axelsson | 共敲除RNAi数据分析 |
| CORREP | Dongxiao朱 | 多元相关估计与统计推断程序。 |
| coseq | 安德里亚·劳 | 测序数据的共表达分析 |
| cosmiq | 大卫·费舍尔，克里斯蒂安·潘斯 | cosmiq -将单一质量组合成数量 |
| COSNet | 马可Frasca | 用于高度不平衡标记图节点标记预测的代价敏感网络 |
| CountClust | 库什戴伊 | 利用隶属度模型聚类和可视化RNA-Seq表达数据 |
| covEB | c . Pacini | 块对角协方差矩阵的经验贝叶斯估计 |
| CoverageView | 埃内斯托•罗伊 | R |
| covRNA | 劳拉的城市 | 转录组数据的多变量分析 |
| cpvSNP | 凯特琳麦克休 | SNP关联p值在给定基因集中的基因中的基因集分析方法 |
| cqn | Kasper丹尼尔·汉森 | 条件分位数正常化 |
| CRImage | Henrik Failmezger，袁银银 | criage包用于对细胞进行分类并计算肿瘤细胞数 |
| CRISPRseek | 利华国际朱莉朱 | 基因组编辑系统CRISPR-Cas9靶向特异性引导rna的设计 |
| crisprseekplus | 高山Kucukural | crisprseekplus |
| CrispRVariants | 海伦林赛 | 用于计数和可视化目标位置突变的工具 |
| crlmm | 贝尼尔顿S卡瓦略，罗伯特沙夫，马特里奇 | Affymetrix SNP 5.0和6.0和Illumina阵列的基因型调用(CRLMM)和拷贝数分析工具 |
| crossmeta | 亚历克斯·皮克林 | 微阵列数据的跨平台元分析 |
| CSAR | Jose M Muino | 用于分析ChIP-seq数据的统计工具 |
| csaw | 亚伦Lun | Windows芯片序列分析 |
| CSSP | 钱德勒左 | ChIP-Seq统计能力 |
| ctc | 安东尼·卢卡斯 | 集群和树转换。 |
| ctsGE | 米甲Sharabi-Schwager | 时间序列基因表达数据的聚类 |
| 腰带 | 忠诚的a·高夫 | 袖扣高通量测序数据的分析、探索、操作和可视化。 |
| customProDB | 小菁王 | 根据NGS数据生成定制的蛋白质数据库，以RNA-Seq数据为重点，用于蛋白质组学搜索 |
| CVE | Andreas模拟 | 癌症变异探险家 |
| 周期 | 马提亚Futschik | 时间序列数据中周期表达式模式的意义 |
| cydar | 亚伦Lun | 用细胞术进行差异丰度分析 |
| cytofkit | 陈金苗，陈浩，Matthew Myint | Cytofkit:集成的细胞术数据分析管道 |
| cytolib | 迈克江 | c++基础结构，用于表示门控细胞仪并与之交互 |
| CytoML | 迈克江 | openCyto的GatingML接口 |
| dada2 | 本杰明·卡拉汉 | 从扩增子测序数据进行精确、高分辨率的样本推断 |
| dagLogo | Jianhong欧 | dagLogo |
| daMA | Jobst Landgrebe | 析因双色微阵列数据的高效设计与分析 |
| DaMiRseq | Mattia基 | RNA-seq数据挖掘:归一化，特征选择和分类 |
| DAPAR | 撒母耳Wieczorek | 蛋白质丰度差异分析工具与R |
| 飞镖 | 查尔斯运输郑 | 基于关联网络拓扑的去噪算法 |
| DASC | Haidong易 | 通过生物效应的数据自适应调整，检测隐藏的批次因素 |
| DBChIP | 库恩梁 | 转录因子与ChIP-seq的差异结合 |
| dcGSA | Jiehuan太阳 | 基于距离相关的基因集纵向基因表达谱分析 |
| DChIPRep | 贝恩德•克劳斯 | DChIPRep -分析染色质修改ChIP-Seq数据与复制 |
| ddCt | 张Jitao大卫 | 用于定量实时PCR (qRT-PCR)分析的ddCt算法 |
| ddgraph | 罗伯特Stojnic | 区分与图形建模的直接和间接交互 |
| debrowser | 高山Kucukural | debrowser:交互式差分表达式分析浏览器 |
| 解读 | 埃里克·赖特 | 用于策划、分析和操纵生物序列的工具 |
| DeconRNASeq | Ting龚 | mRNA-Seq数据的异质组织样本反褶积 |
| DEDS | 肖渊源 | 微阵列数据的距离汇总差分表达式 |
| 位深蓝 | Felipe Albrecht, Markus List | 位深蓝 |
| deepSNV | 莫里茨Gerstung | 深度测序数据中亚克隆snv的检测。 |
| 反编排 | Andrzej Oleś | 差异基因表达数据格式转换器 |
| DEGraph | 洛朗•雅各布 | 图上的两样本检验 |
| DEGreport | 曾淡水沼泽 | DEG分析报告 |
| DEGseq | Likun王 | 从RNA-seq数据中识别差异表达基因 |
| DelayedArray | Herve页面 | 对类数组对象的延迟操作 |
| DelayedMatrixStats | 彼得希 | 应用于DelayedMatrix对象的行和列的函数 |
| deltaGseg | 戴安娜低 | deltaGseg |
| 需求 | Jung Hoon Woo, Mariano Alvarez | 需求 |
| 部 | 阿恩史密特 | 蛋白质组学数据的差异富集分析 |
| derfinder | 莱昂纳多Collado-Torres | 通过DER Finder方法在碱基对分辨率下对RNA-seq数据进行注释不可知的差异表达分析 |
| derfinderHelper | 莱昂纳多Collado-Torres | derfinder辅助包 |
| derfinderPlot | 莱昂纳多Collado-Torres | derfinder的绘图函数 |
| DESeq | 西蒙•安德斯 | 基于负二项分布的差异基因表达分析 |
| DESeq2 | 迈克尔的爱 | 基于负二项分布的差异基因表达分析 |
| 命运 | 菲利普·安格勒 | 创建扩散地图 |
| DEsubs | 阿里斯蒂迪斯·g·弗拉哈提斯，帕诺斯·巴洛梅诺斯 | DEsubs:一个R包，用于使用RNA-seq表达实验灵活识别差异表达的子通路 |
| DEXSeq | 亚历杭德罗雷耶斯 | RNA-Seq中差异外显子使用的推论 |
| dexus | 京特·Klambauer | DEXUS -在未知条件下或没有重复的rna序列研究中识别差异表达 |
| DFP | 罗德里戈Alvarez-Glez | 基因选择 |
| DiffBind | 罗里斯塔克 | 芯片-序列峰值数据的差分绑定分析 |
| diffGeneAnalysis | Choudary Jagarlamudi | 进行差异基因表达分析 |
| diffHic | 亚伦Lun | Hi-C数据的微分分析 |
| DiffLogo | •Treutler | DiffLogo:生物低聚物基序的比较可视化 |
| diffloop | 迦勒Lareau | 从染色质拓扑数据识别不同的DNA环 |
| diffuStats | 塞吉奥Picart-Armada | 生物网络的扩散评分 |
| diggit | 马里亚诺·J阿尔瓦雷斯 | 驱动细胞表型的遗传变异推断 |
| 导演 | 凯瑟琳Icay | 多层次数据的动态可视化工具 |
| DirichletMultinomial | 马丁•摩根 | 微生物组数据的dirichlet -多项式混合模型机器学习 |
| 不和谐的 | 夏洛特Siska | 不协调法:微分相关的一种新方法 |
| dk | 杰弗里·t .韭菜 | 用于评估多个测试过程的双Kolmogorov-Smirnov包。 |
| DMCHMM | Farhad Shokoohi | 基于隐马尔可夫模型的差异甲基化CpG |
| DMRcaller | 尼古拉·拉Zabet | 差异甲基化区域调用者 |
| DMRcate | Tim Peters | 甲基化阵列和测序空间分析方法 |
| DMRforPairs | 马丁Rijlaarsdam | DMRforPairs:使用基于甲基化配置文件的阵列识别不同样品之间的差异甲基化区域 |
| DMRScan | 基督教M页面 | 差异甲基化区域的检测 |
| DNABarcodes | Tilo Buschmann | 用于创建和分析用于下一代测序多路复用实验的DNA条形码的工具 |
| DNAcopy | 万卡特拉曼·莱马克里斯·e·珊 | DNA拷贝数数据分析 |
| DNAshapeR | Tsu-Pei赵 | DNA形状特征的高通量预测 |
| domainsignatures | Florian Hahne | 基于InterPro域签名的基因集丰富 |
| doppelgangR | 李维沃尔德伦 | 从基因组或元数据中识别可能的重复样本 |
| DOQTL | 丹尼尔•加蒂 | DO小鼠的基因分型和QTL定位 |
| Doscheda | 布鲁诺Contrino | 下游化学-蛋白质组学分析管道 |
| 剂量 | Guangchuang余 | 疾病本体语义与丰富分析 |
| DRIMSeq | 马格达雷娜Nowicka | RNA-seq中差异转录本使用和dirichlet -多项式模型tuQTL分析 |
| DriverNet | Jiarui叮 | 驱动网络:发现调节癌症转录网络的体细胞驱动突变 |
| DrugVsDisease | j。Saez-Rodriguez | 利用基因集富集分析比较疾病和药物概况 |
| dSimer | 彭倪 | 疾病相似度方法的集成 |
| DSS | 吴皓 | 用于测序数据的弥散收缩 |
| DTA | Bjoern Schwalb | 动态转录组分析 |
| dualKS | 埃里克·j·科特，杨雅荣 | 双KS判别分析与分类 |
| DupChecker | “Quanhu盛” | 在元分析中检查高通量基因组数据冗余的包 |
| dupRadar | 塞尔吉·萨奥尔斯，霍尔格·克莱因 | RNA-Seq数据集的重复率评估 |
| dyebias | 菲利普Lijnzaad | 用于校正滑动依赖基因特异性染料偏倚的GASSCO方法 |
| DynDoc | Bioconductor包维护者 | 动态文档工具 |
| EasyqpcR | 勒佩普Sylvain | EasyqpcR用于低通量实时定量PCR数据分析 |
| easyRNASeq | 尼古拉斯Delhomme | RNA-Seq数据的计数汇总和归一化 |
| EBarrays | 明元 | 同步聚类和差异表达识别的统一方法 |
| EBcoexpress | 约翰·a·道森 | 用于差分共表达分析的EBcoexpress |
| EBImage | Andrzej Oleś | 图像处理和分析工具箱 |
| EBSEA | 阿尔发Mehmood | 基于外显子的基因表达分析策略 |
| EBSeq | 宁愣了 | 一个R包用于RNA-seq数据的基因和亚型差异表达分析 |
| EBSeqHMM | 宁愣了 | 在有序rna序列实验中识别基因或异构体表达变化的贝叶斯分析 |
| ecolitk | Laurent Gautier | 大肠杆菌的元数据和工具 |
| EDASeq | 大卫。Risso | RNA-Seq探索性数据分析与归一化 |
| 埃达 | Chia Kuan Hui Burton, Niranjan Nagarajan | 差分丰度分析中的实验设计 |
| 边缘 | 约翰·d·斯托里，安德鲁·j·巴斯 | 差异基因表达的提取 |
| 刨边机 | 陈云顺，亚伦，马克·罗宾逊，戴维斯·麦卡锡，戈登·史密斯 | 数字基因表达数据的实证分析 |
| eegc | 小袁周 | 基因分类技术在工程评价中的应用 |
| 天哪 | 莎拉Ballouz | 通过关联和程度来扩展罪行 |
| EGSEA | 妈Alhamdoosh | 集合体基因集富集分析 |
| eiR | 托马斯Girke | 加速小分子相似性搜索 |
| eisa | 伽柏Csardi | 基于迭代签名算法的表达式数据分析 |
| 肘 | Graham Alvare，张祥丽 | 用lOgit方法评估foLd变化 |
| 埃尔默 | 蒂亚戈Chedraoui席尔瓦 | 利用癌症甲基组推断调控元素景观和转录因子网络 |
| EMDomics | Sadhika Malladi和Daniel Schmolze | 基因组数据差分分析中的地球移动距离 |
| EmpiricalBrownsMethod | 大卫·吉布斯 | 使用布朗的方法组合依赖检验的p值 |
| ENCODExplorer | 查尔斯·乔利Beauparlant | ENCODE元数据的编译 |
| ENmix | Zongli徐 | Illumina HumanMethylation450和MethylationEPIC BeadChip的数据预处理和质量控制 |
| EnrichedHeatmap | Zuguang顾 | 使丰富的热图 |
| EnrichmentBrowser | 路德维希Geistlinger | 集合与网络富集分析相结合的结果实现无缝导航 |
| ensembldb | 约翰内斯Rainer | 用于创建和使用基于ensemble的注释数据库的实用程序 |
| ensemblVEP | Bioconductor包维护者 | R集成变效应预测器接口 |
| ENVISIONQuery | 亚历克斯·利索维奇，罗杰·戴 | 从ENVISION生物信息学数据门户检索到R |
| EpiDISH | 运输代理查尔斯郑 | 样本内异质性的表观遗传学解剖 |
| epigenomix | 汉斯克莱因 | 表观遗传和基因转录数据归一化和混合模型集成 |
| epiNEM | 马丁Pirkl | epiNEM |
| epivizr | 赫克托耳Corrada布拉沃 | R界面到epiviz web应用程序 |
| epivizrChart | 赫克托耳Corrada布拉沃 | R界面的epiviz web组件 |
| epivizrData | 赫克托耳Corrada布拉沃 | 数据管理API为epiviz交互式可视化应用程序 |
| epivizrServer | 赫克托耳Corrada布拉沃 | 用于epivizr应用程序和包的WebSocket服务器基础设施 |
| epivizrStandalone | 赫克托耳Corrada布拉沃 | 运行Epiviz交互式基因组数据可视化应用程序在R |
| erccdashboard | 莎拉·芒罗 | 评估差异基因表达实验与ERCC对照 |
| erma | VJ凯里 | 表观基因组路线图冒险 |
| esATAC | 郑魏 | 一个易于使用的ATACseq数据分析系统管道 |
| esetVis | 罗兰Cougnaud | expressionSet Bioconductor对象的可视化 |
| eudysbiome | 小袁周 | 16S微生物资料的笛卡尔图及偶然性检验 |
| EventPointer | 胡安-帕布鲁罗梅罗 | 利用结阵列和RNA-Seq数据有效识别可选剪接事件 |
| ExiMiR | Sylvain Gubian | R函数用于Exiqon miRNA阵列数据的归一化 |
| exomeCopy | 迈克尔的爱 | 从外显子组测序读取深度检测拷贝数变异 |
| exomePeak | 张琳，刘莲，贾孟 | 基于exome的MeRIP-Seq数据分析:峰值调用和差异分析 |
| ExperimentHub | Bioconductor包维护者 | 客户端访问ExperimentHub资源 |
| ExperimentHubData | Bioconductor包维护者 | 向ExperimentHub添加资源 |
| explorase | 迈克尔•劳伦斯 | 用于系统生物学数据探索性数据分析的GUI |
| ExpressionAtlas | 玛丽亚keay | 从EMBL-EBI表达式图集下载数据集 |
| ExpressionView | 伽柏Csardi | 可视化在基因表达数据中识别的双簇 |
| fabia。 | 然而Hochreiter | 二聚体获取的因子分析 |
| facopy | 大卫Mosen-Ansorena | 基于特征的关联和基因集富集用于癌症拷贝数改变分析 |
| factDesign | 丹尼斯Scholtens | 析因设计的微阵列实验分析 |
| FamAgg | 约翰内斯Rainer | 谱系分析与家族聚集 |
| 农场 | Djork-Arne Clevert | 稳健微阵列汇总的因子分析 |
| fastLiquidAssociation | 蒂娜甘德森 | 全基因组应用的液体关联功能 |
| fastseg | 京特·Klambauer | Fastseg -一种快速分割算法 |
| fCCAC | 佩德罗情歌 | 功能典型相关分析评估核酸测序数据集之间的协方差 |
| fCI | Shaojun唐 | 转录组学和蛋白质组学中差异表达分析的f-发散截断指数 |
| fdrame | 有效率切尼克斯贝格 | 微阵列实验FDR调整(FDR- ame) |
| 有限元法 | 甄杨 | 功能表观遗传模块的鉴定 |
| ffpe | 李维沃尔德伦 | FFPE微阵列表达数据的质量评价与控制 |
| FGNet | 莎拉Aibar | 功能基因网络来源于生物富集分析 |
| fgsea | Alexey Sergushichev | 快速基因集富集分析 |
| FindMyFriends | 托马斯·彼得森林 | 微生物比较基因组学在R |
| FISHalyseR | Karesh Arunakirinathan, Andreas Heindl | FISHalyseR是一个用于鱼类自动量化的软件包 |
| FitHiC | Ruyu谭 | 染色体内接触图谱的置信估计 |
| flagme | 马克·罗宾逊，里卡多·罗莫利 | 代谢组学GC/MS数据分析 |
| 啪嗒啪嗒地响 | 埃尔莎伯纳德 | 流动问题中基于套索的快速异构体预测 |
| flowAI | 詹尼·摩纳哥 | 流式细胞术数据自动交互质量控制 |
| flowBeads | 尼古拉·Pontikos | flowBeads:流量珠数据分析 |
| flowBin | 基兰奥尼尔 | 结合多管流式细胞术数据分箱 |
| flowcatchR | 费德里科•马里尼 | 分析活体显微镜成像数据的工具专注于追踪流动的血细胞 |
| flowCHIC | 作者:Joachim舒曼 | 利用直方图信息分析流式细胞术数据 |
| flowCL | 贾斯汀Meskas | 流式细胞术细胞群的语义标记 |
| flowClean | 腌鱼Fletez-Brant | flowClean |
| flowClust | 格雷格·菲纳克，迈克·江 | 流式细胞术的聚类 |
| flowCore | M.Jiang | flowCore:流式细胞术数据的基本结构 |
| flowCyBar | 约阿希姆舒曼 | 利用门信息分析流式细胞术数据 |
| flowDensity | Mehrnoush马列 | 顺序流式细胞术数据门控 |
| flowFit | 大卫。Rambaldi | 估计细胞追踪染料研究中的增殖 |
| flowFP | 草Holyst | 用于流式细胞术的指纹图谱 |
| flowMap | Chiaowen乔伊斯萧 | 利用弗里德曼-拉夫斯基检验绘制流式细胞术数据中的细胞群，进行跨样本比较 |
| flowMatch | Ariful Azad | 流式细胞术中的匹配和元聚类 |
| flowMeans | 尼玛Aghaeepour | 非参数流式细胞术数据门控 |
| flowMerge | 格雷格Finak | 流式细胞术数据聚类合并 |
| flowPeaks | Yongchao通用电气 | 用于流数据聚类的R包 |
| flowPloidy | 泰勒史密斯 | 分析流式细胞仪数据以确定样品倍性 |
| flowPlots | n .霍金斯 | flowplot:门控流式细胞术数据的分析图和数据类 |
| flowQ | 迈克江 | 流式细胞术的质量控制 |
| flowQB | 约瑟夫Spidlen | 流式细胞仪灵敏度的自动二次表征:Q, B和CV的内在计算 |
| FlowRepositoryR | 约瑟夫Spidlen | FlowRepository R接口 |
| FlowSOM | 苏菲Van Gassen | 使用自组织映射来可视化和解释细胞术数据 |
| flowStats | 格雷格·菲纳克和迈克·江 | 流式细胞术数据分析的统计方法 |
| flowTime | r .粘土莱特 | 流式细胞术对生物动力系统的注释和分析 |
| flowTrans | 格雷格Finak | 流式细胞术数据转换的参数优化 |
| flowType | 尼玛Aghaeepour | 表型流式细胞术分析 |
| flowUtils | 约瑟夫Spidlen | 流式细胞术的实用程序 |
| flowViz | 迈克江 | 流式细胞术的可视化 |
| flowVS | Ariful Azad | 流式细胞仪(和微阵列)的方差稳定 |
| flowWorkspace | 麦克格雷格•Finak江 | 用于表示门控细胞仪并与之相互作用的基础设施 |
| fmcsR | 托马斯Girke | 容错最大公共子结构搜索 |
| focalCall | 奥斯卡Krijgsman | DNA拷贝数数据中焦点畸变的检测 |
| FourCSeq | 费利克斯·a·克莱因 | 包分析4C测序数据 |
| FRGEpistasis | Futao张 | 功能回归模型对数量性状的上位性分析 |
| frma | 马修·n·考尔 | 冻结的RMA和条形码 |
| frmaTools | 马修·n·考尔 | 冷冻RMA工具 |
| FunChIP | 爱丽丝Parodi | 基于形状的ChIP-Seq峰的聚类和对齐 |
| FunciSNP | 西蒙·g·Coetzee | 整合功能非编码数据集与遗传关联研究，以识别候选调控snp |
| funtooNorm | 凯瑟琳·克莱因 | Infinium HumanMethylation450 BeadChip Kit归一化程序 |
| GA4GHclient | Welliton Souza | 用于访问GA4GH API数据服务器的Bioconductor包 |
| GA4GHshiny | Welliton Souza | 与基于ga4gh的数据服务器交互的闪亮应用程序 |
| gaga | 大卫Rossell | 用于高通量数据分析的GaGa层次模型 |
| 计 | Weijun罗 | 路径分析中普遍适用的基因集富集 |
| 群 | 克里斯托弗·裸 | R和Gaggle之间的广播数据 |
| 盖亚 | 美国摩根氏菌属 | GAIA:一个用于显著染色体畸变基因组分析的R包。 |
| GAprediction | 乔恩·波林 | 利用Illumina HumanMethylation450数据预测孕龄 |
| 加菲尔德 | 瓦伦蒂娜Iotchkova | 带有LD校正的调节或功能信息富集的GWAS分析 |
| 加乌乔人 | 亚历克斯·穆里森，克里斯托弗·沃德尔 | 理解克隆异质性和排序的遗传算法 |
| gcapc | Mingxiang腾 | GC感知峰值调用者 |
| gcatest | 魏浩，约翰·d·斯托里 | 基因型条件联想试验 |
| gCMAP | 托马斯Sandmann | 用于类似连接性地图分析的工具 |
| gCMAPWeb | 托马斯Sandmann | 一个用于基因集富集分析的web界面 |
| gCrisprTools | 彼得哈 | 集成的Crispr屏幕质量控制和分析功能套件 |
| gcrma | z吴 | 利用序列信息进行背景调整 |
| gdsfmt | Xiuwen郑 | CoreArray基因组数据结构(GDS)文件的接口 |
| geecc | 马库斯Boenn | 基因集富集分析扩展到偶然性立方体 |
| 宝石 | 香港锅 | 基因、环境和甲基化相互作用的快速关联研究 |
| genArise | 国际金融公司的开发团队 | 微阵列分析工具 |
| genbankr | 盖伯瑞尔贝克 | 将GenBank文件解析为语义上有用的对象 |
| GeneAnswers | 黄磊和冯刚 | 基因的综合解释 |
| geneAttribution | 亚瑟香肠 | 与遗传变异相关的候选基因的鉴定 |
| GeneBreak | 埃弗特·范·登·布鲁克 | 打破基因检测 |
| geneClassifiers | R柯伊伯 | 基因分类器的应用 |
| GeneExpressionSignature | 曹杨，李飞，鹿晗 | 基于基因表达签名的相似性度量 |
| genefilter | Bioconductor包维护者 | 基因过滤器:从高通量实验中过滤基因的方法 |
| genefu | Benjamin Haibe-Kains, Markus Schroeder | 乳腺癌基因表达特征的计算 |
| GeneGA | 振鹏李 | 利用遗传算法设计基于mRNA二级结构和密码子使用偏倚的基因 |
| GeneGeneInteR | Mathieu Emily, Magalie Houee-Bigot | 基因水平上基因-基因相互作用的测试工具 |
| GeneMeta | Bioconductor包维护者 | 高通量实验的元分析 |
| GeneNetworkBuilder | Jianhong欧 | 从ChIP-chip/ChIP-seq和Expression数据构建调控网络 |
| GeneOverlap | 西奈山李申 | 测试和可视化基因重叠 |
| geneplast | 毛罗·卡斯特罗 | 基于正交群分布的进化和塑性分析 |
| geneplotter | Bioconductor包维护者 | Bioconductor的图形相关功能 |
| geneRecommender | 格雷格已经 | 一种基因推荐算法，用于识别与查询集基因共表达的基因 |
| GeneRegionScan | Lasse Folkersen | GeneRegionScan |
| geneRxCluster | 查尔斯·贝瑞 | gRx微分集群 |
| GeneSelectMMD | Weiliang邱 | 基于三组分多变量分布的基因谱边缘分布进行基因选择 |
| GeneSelector | 马丁Slawski | 排序基因表的稳定性和聚集性 |
| 《创世纪》 | Matthew P. Conomos, Stephanie M. Gogarten | 结构化样本中的遗传估计和推断(GENESIS):分析来自具有群体结构和/或亲缘关系的样本的遗传数据的统计方法 |
| geNetClassifier | 莎拉Aibar | 利用基因表达谱对疾病进行分类并建立相关的基因网络 |
| GeneticsDesign | R遗传学项目 | 设计遗传学研究的功能 |
| GeneticsPed | 大卫·亨德森 | 谱系和遗传关系功能 |
| geneXtendeR | 波丹Khomtchouk | 优化了ChIP-seq数据的功能注释 |
| GENIE3 | 范·安Huynh-Thu | 树集成的基因网络推理 |
| genoCN | 魏太阳 | 基因分型和拷贝数研究工具 |
| GenoGAM | Georg斯特里克 | 基于GAM的ChIP-Seq数据分析框架 |
| genomation | Altuna Akalin, Vedran Franke, Katarzyna wreck | 基因组数据的汇总、注释和可视化 |
| GenomeGraphs | 史蒂芬Durinck | 绘制来自ensemble的基因组信息 |
| GenomeInfoDb | Bioconductor包维护者 | 用于操作染色体和其他'seqname'标识符的实用程序 |
| genomeIntervals | 朱利安Gagneur | 基因组间隔操作 |
| 基因组 | 克里斯Stubben | 基因组测序项目元数据 |
| GenomicAlignments | Bioconductor包维护者 | 基因组短序列的表达和操作 |
| GenomicDataCommons | 戴维斯肖恩 | NIH / NCI基因组数据共享访问 |
| GenomicFeatures | Bioconductor包维护者 | 用于制作和操作以文本为中心的注释的工具 |
| GenomicFiles | Bioconductor包维护者 | 按文件或按范围的分布式计算 |
| GenomicInteractions | 马尔科姆·佩里，莉兹·英-西蒙斯 | 用于处理基因组相互作用数据的R包 |
| GenomicRanges | Bioconductor包维护者 | 沿着基因组定义的基因组间隔和变量的表示和操作 |
| GenomicScores | 罗伯特Castelo | 基础设施与全基因组位置特异性评分 |
| GenomicTuples | 彼得希 | 基因组元组的表示与操作 |
| Genominator | 布拉德 | 分析、管理和存储基因组数据 |
| genoset | 彼得·m·哈 | 一个拷贝数分析方法的范围总结实验 |
| genotypeeval | 詹妮弗·汤姆 | gVCF或VCF文件的QA/QC |
| genphen | 单Kitanovski | 一种量化基因型和表型之间关联的工具，使用统计学习技术，如随机森林和支持向量机，以及使用层次模型的贝叶斯推理 |
| GenRank | Chakravarthi Kanduri | 基于收敛证据的候选基因优先排序 |
| GenVisR | 圣扎迦利斯基德莫尔 | 基因组可视化在R |
| GEOmetadb | 杰克朱 | NCBI GEO的元数据编译 |
| GEOquery | 肖恩·戴维斯 | 从NCBI基因表达综合数据库(GEO)获取数据 |
| GEOsearch | 志诚记 | GEOsearch |
| GEOsubmission | 亚历山大·库恩 | 准备提交给GEO的微阵列数据 |
| gespeR | 费边Schmich | Gene-Specific表型估计量 |
| GEWIST | 魏问:邓 | 基因环境宽相互作用搜索阈值 |
| GGBase | VJ凯里 | GGBase基础设施用于遗传基因表达包GGtools |
| ggbio | 迈克尔•劳伦斯 | 基因组数据的可视化工具 |
| ggcyto | 迈克江 | 用ggplot可视化细胞术数据 |
| GGtools | VJ凯里 | 基因表达遗传学分析的软件和数据 |
| ggtree | Guangchuang余 | 一个R包，用于系统发育树及其协变量和其他相关数据的可视化和注释 |
| girafe | j . Toedling | 功能探索的基因组间隔和Read对齐 |
| GISPA | 巴克提已经受理 | GISPA:基因集成集谱分析方法 |
| 很高兴 | 菲利普Hupe | DNA得与失分析 |
| Glimma | Shian苏 | 交互的HTML图形 |
| GlobalAncova | 曼胡默尔 | 计算组间差异基因表达的全局测试 |
| globalSeq | 阿明罗森伯格 | 测试RNA-Seq和高维数据之间的关联 |
| globaltest | Jelle Goeman | 与响应变量关联的协变量/特征的测试组，及其在基因集测试中的应用 |
| gmapR | 迈克尔•劳伦斯 | GMAP/GSNAP/GSTRUCT套件的R接口 |
| GMRP | Yuan-De谭 | 基于gwas的孟德尔随机化和路径分析 |
| GOexpress | 凯文Rue-Albrecht | 使用基因本体论注释可视化微阵列和RNAseq数据 |
| GOFunction | 王静 | GO-function:从统计学意义上的功能中推导出与生物学相关的功能 |
| GoogleGenomics | 悉达多Bagaria | R客户端为谷歌基因组API |
| 还装有 | 莉迪亚Chrabaszcz | 为人类基因组找到最具特征的基因本体论术语 |
| goProfiles | 亚历克斯·桑切斯 | goProfiles:用于功能概要的统计分析的R包 |
| GOSemSim | Guangchuang余 | 语义相似性度量 |
| goseq | 纳迪亚·戴维森，安东尼·霍金斯 | 用于RNA-seq和其他长度偏倚数据的基因本体分析器 |
| GOSim | Holger Froehlich | GO术语与基因产物功能相似性的计算去富集分析 |
| goSTAG | 布莱恩·d·班尼特 | 一个使用GO子树标记和注释一组基因的工具 |
| GOstats | Bioconductor包维护者 | 操作GO和微阵列的工具 |
| GOsummaries | Raivo Kolde | GO富集分析的词云总结 |
| 哥特 | Borbala Mifsud | Hi-C数据分析的二项检验 |
| goTools | 艾格尼丝Paquet | 基因本体数据库的功能 |
| gpl | Bioconductor包维护者 | 广义偏最小二乘分类 |
| gprege | 阿尔弗雷多Kalaitzis | 基因表达时间序列的高斯过程排序与估计 |
| gQTLBase | VJ凯里 | gQTLBase:用于eQTL、mQTL和类似研究的基础设施 |
| gQTLstats | VJ凯里 | gQTLstats:用于eQTL和相关研究的计算效率分析 |
| 图 | Bioconductor包维护者 | graph:处理图数据结构的包 |
| GraphAlignment | Joern p·迈耶 | GraphAlignment |
| GraphAT | 托马斯LaFramboise | 图论关联测验 |
| 石墨 | Gabriele销售 | 路径拓扑环境的相互作用 |
| GraphPAC | 格里高利Ryslik | 用图论方法识别蛋白质中的突变簇。 |
| GRENITS | 爱德华·莫 | 利用时间序列进行基因调控网络推理 |
| GreyListChIP | 英国首相戈登•布朗(Gordon Brown) | 灰色列表——基于芯片输入的屏蔽伪影区域 |
| GRmetrics | 尼古拉斯·克拉克，马里奥·梅德韦德维奇 | 计算生长速率抑制(GR)指标 |
| groHMM | Anusha Nagari, Tulip Nandu, W. Lee Kraus | GRO-seq分析管道 |
| GRridge | Mark A. van de Wiel | 利用协同数据进行更好的预测:自适应分组正则化岭回归 |
| GSALightning | 黄荣昌 | 基于排列的快速基因集分析 |
| GSAR | Yasir Rahmatallah, Galina Glazko | R |
| GSCA | 志诚记 | GSCA:基因集上下文分析 |
| GSEABase | Bioconductor包维护者 | 基因集富集数据结构与方法 |
| GSEAlm | 艾瑟夫巴德或者 | 基因集富集分析的线性模型工具集 |
| GSReg | 巴曼·阿夫萨里，伊莱娜·j·费尔蒂格 | 基因组调节(GS-Reg) |
| GSRI | 朱利安格林 | 基因集调控指数 |
| GSVA | 贾斯汀Guinney | 微阵列和RNA-seq数据的基因集变异分析 |
| gtrellis | Zuguang顾 | 基因组级网格布局 |
| GUIDEseq | 利华国际朱莉朱 | GUIDE-seq分析管道 |
| 吉他 | 贾孟 | 吉他 |
| Gviz | 罗伯特Ivanek | 沿着基因组坐标绘制数据和注释信息 |
| gwascat | VJ凯里 | EMBL-EBI GWAS目录中的数据表示和建模 |
| GWASTools | 斯蒂芬妮·m·高加滕，埃德里安娜·斯蒂尔普 | 全基因组关联研究的工具 |
| h5vc | 保罗·西奥多·所有 | 使用hdf5后端管理对齐计数 |
| hapFabia | 然而Hochreiter | hapFabia:在大量测序数据中以罕见变异为特征的非常短的后裔身份片段(IBD)鉴定 |
| 哈曼 | 杰森·罗斯 | 使用PCA和基于约束优化的技术从数据集中去除批处理效应 |
| Harshlight | 莫里吉奥Pellegrino | 一种微阵列芯片的“校正补偿”程序 |
| HCsnip | 阿Obulkasim | 分层聚类树的半监督自适应高度裁剪 |
| HDF5Array | Herve页面 | DelayedArray对象的HDF5后端 |
| HDTD | Anestis Touloumis | 高维转座数据中均值矩阵和协方差矩阵的统计推断 |
| 的热图 | 马尔科姆·佩里 | 功能基因组学和序列特征的灵活热图 |
| Heatplus | 亚历山大plone ( | 带有行和/或列协变量和彩色簇的热图 |
| HelloRanges | 迈克尔•劳伦斯 | 向床具用户介绍*Ranges |
| 帮助 | 里德·汤普森 | 帮助数据分析工具 |
| 哼哼 | HyungJun曹 | 多条件下差异表达基因鉴别的异质误差模型 |
| hiAnnotator | Nirav V Malani | 用于注释grange对象的函数 |
| HIBAG | Xiuwen郑 | HLA基因型归责与属性套袋 |
| HiCcompare | 约翰·斯坦斯菲尔德 | HiCcompare:多个Hi-C数据集的联合归一化和比较分析 |
| hicrep | 杨涛 | 测量Hi-C数据的重现性 |
| hierGWAS | 劳拉Buzdugan | 评估预测GWA研究的统计学意义 |
| HilbertCurve | Zuguang顾 | 制作二维希尔伯特曲线 |
| HilbertVis | 西蒙•安德斯 | 希尔伯特曲线的可视化 |
| HilbertVisGUI | 西蒙•安德斯 | HilbertVisGUI |
| hiReadsProcessor | Nirav V Malani | 从454/Illumina数据处理LM-PCR的函数 |
| HiTC | 尼古拉斯的仆人 | 高通量染色体构象捕获分析 |
| HMMcopy | 丹尼尔·赖，索拉博·沙阿 | 拷贝数预测与校正GC和可映射性偏差的HTS数据 |
| hopach | 凯瑟琳·s·波拉德 | 分层有序分区和折叠混合(HOPACH) |
| hpar | 劳伦特与 | R |
| HTqPCR | 海蒂Dvinge | 自动分析高通量qPCR数据 |
| HTSanalyzeR | 新王 | 用于高通量筛选的基因集过度表征、富集和网络分析 |
| HTSeqGenie | 延斯•里德 | 一个NGS分析管道。 |
| htSeqTools | 奥斯卡雷纳 | 高通量测序数据的质量控制、可视化和处理 |
| HTSFilter | 安德里亚·劳 | 筛选复制的高通量转录组测序数据 |
| HybridMTest | Demba Fofana | 混合多个测试 |
| hyperdraw | 保罗马雷尔 | 可视化Hypergaphs |
| 超图 | Bioconductor包维护者 | 提供超图数据结构的包 |
| iASeq | 迎迎魏 | iASeq:整合多个测序数据集，用于检测等位基因特异性事件 |
| iBBiG | Aedin Culhane | 基因集的迭代二元聚类 |
| ibh | Kircicegi Korkmaz | 基于交互作用的基因表同质性评估方法 |
| iBMQ | 格雷格Imholte | eQTL数据的综合贝叶斯建模 |
| iCARE | 比尔·惠勒 | 个体化相干绝对风险估计工具(iCARE) |
| Icens | Bioconductor包维护者 | 用于截尾和截尾数据的NPMLE |
| iCheck | Weiliang邱 | 用于高维Illumina mRNA表达数据的QC管道和数据分析工具 |
| iChip | Qianxing莫 | 基于隐Ising模型的芯片数据贝叶斯建模 |
| iClusterPlus | 莫谦兴，沈荣来 | 多类型基因组数据的整合聚类 |
| iCOBRA | 夏洛特Soneson | 排名与分配方法的比较与可视化 |
| 理想的 | 费德里科•马里尼 | 交互式差分表达式分析 |
| IdeoViz | 信心派 | 沿着染色体表意文字绘制数据(连续/离散) |
| 染色体组型 | 卡尔·j·Dykema | 染色体组型 |
| IdMappingAnalysis | 亚历克斯·利索维奇，罗杰·戴 | ID映射分析 |
| IdMappingRetrieval | 亚历克斯·利索维奇，罗杰·戴 | ID映射数据检索 |
| iGC | 梁波著王 | 基因表达和拷贝数改变的综合分析软件包 |
| IHW | Nikos Ignatiadis | 独立假设权重 |
| illuminaio | Kasper丹尼尔·汉森 | 解析Illumina微阵列输出文件 |
| imageHTS | 约瑟夫·巴里 | 基于高通量显微镜的屏幕分析 |
| ima | Seonggyun汉 | 选择性剪接的多组学数据综合分析 |
| Imetagene | 奥黛丽勒马特 | 超基因包的图形界面 |
| ImmuneSpaceR | ImmuneSpace包维护者 | 免疫空间数据库的薄包装 |
| immunoClust | 直到Soerensen | 免疫聚类-流式细胞术中群体检测的自动化管道 |
| IMPCdata | 杰里米·梅森 | 从IMPC数据库中检索数据 |
| ImpulseDE | 吉尔·桑德，尼尔·优素福 | 脉冲模型在时间序列数据中的DE基因检测 |
| ImpulseDE2 | 大卫·S费舍尔 | 纵向计数数据集的微分表达式分析 |
| 嫁祸于 | Balasubramanian纳史木汗 | impute:对微阵列数据的impute |
| InPAS | 欧建宏，朱丽华 | 新型多聚腺苷酸化位点(PAS)的鉴定 |
| INPower | 比尔·惠勒 | 一个R包，用于计算敏感性snp的数量 |
| 检查 | 斯特凡诺德Pretis | 4sU-seq和RNA-seq时程数据分析 |
| intansv | 温么 | 结构变化的综合分析 |
| InteractionSet | 亚伦Lun | 用于存储基因组相互作用数据的基类 |
| interactiveDisplay | 肖恩Balcome | 用于启用强大的闪亮的Bioconductor对象的web显示的包 |
| interactiveDisplayBase | 肖恩Balcome | 用于启用强大的闪亮的Bioconductor对象的web显示的基础包 |
| 感兴趣 | Ali Oghabian, Mikko Frilander | Intron-Exon保留估计量 |
| InterMineR | InterMine团队 | R接口与intermine动力数据库 |
| IntramiRExploreR | Surajit巴塔查里亚 | 果蝇基因内miRNAs的靶点预测 |
| 反演 | 亚历杭德罗卡塞雷斯 | 基因型数据的倒置 |
| 电离 | 迈克•史密斯 | 牛津纳米孔MinION数据的质量评估工具 |
| iontree | Mingshu曹 | 离子阱质谱中离子树的数据管理与分析 |
| iPAC | 格里高利Ryslik | 蛋白质氨基酸聚类的鉴定 |
| 首次公开募股 | 托马斯Riebenbauer | XCMS数据处理参数的自动化优化 |
| IPPD | 马丁Slawski | 模板匹配蛋白质质谱的同位素峰型反褶积 |
| IRanges | Bioconductor包维护者 | 用于操作序列上的间隔的基础结构 |
| IrisSpatialFeatures | 丹尼尔Gusenleitner | 一个基于多路中频图像提取空间特征的包 |
| iSeq | Qianxing莫 | 基于隐Ising模型的芯片序列数据贝叶斯层次建模 |
| 等压线 | Florian P布雷特 | 等压标记的MSMS蛋白质组学数据的分析和定量 |
| IsoformSwitchAnalyzeR | 克里斯汀Vitting-Seerup | 识别、注释和可视化具有功能后果的Isoform开关的R包(来自RNA-seq数据) |
| IsoGeneGUI | Setia Pramana | 进行微阵列数据剂量-响应分析的图形用户界面 |
| 伊索尔德 | Christelle雷恩 | 等位基因依赖表达的综合统计 |
| isomiRs | 曾淡水沼泽 | 分析小rna序列中的同分异构体和miRNAs |
| 斜体 | Guillem Rigaill | 斜体 |
| iterativeBMA | 卡伊杨 | 迭代贝叶斯模型平均(BMA)算法 |
| iterativeBMAsurv | 卡伊杨 | 迭代贝叶斯模型平均(BMA)生存分析算法 |
| iterClust | 经由叮 | 迭代聚类 |
| iva | Seonggyun汉 | 影响选择性剪接的遗传变异的鉴定 |
| ivygapSE | VJ凯里 | Ivy-GAP数据的实验综述 |
| IWTomics | Marzia一克雷莫纳 | 组学数据的区间测试 |
| JASPAR2018 | 通用电气谭 | JASPAR 2018的数据包 |
| joda | Ewa Szczurek | 利用知识量化基因失序的JODA算法 |
| JunctionSeq | 斯蒂芬·哈特利 | JunctionSeq:一个用于检测RNA-Seq数据中差异外显子和剪切结使用的实用程序 |
| karyoploteR | Bernat凝胶 | 绘制显示任意数据的可定制线性基因组 |
| KCsmart | 约玛•德过来 | 使用核卷积的多样本aCGH分析包 |
| 烤肉串 | 乌尔里希Bodenhofer | 基于核的生物序列分析 |
| KEGGgraph | 张Jitao大卫 | KEGGgraph: R和Bioconductor中KEGG通路的图解方法 |
| KEGGlincs | 莎娜·怀特，马里奥·梅德韦德维奇 | 可视化KEGG路径中的所有边，并覆盖LINCS数据[选项] |
| keggorthology | VJ凯里 | 图形支持KO, KEGG骨科 |
| KEGGprofile | 石林赵 | KEGG路径中多类型多组表达数据的注释和可视化包 |
| KEGGREST | Bioconductor包维护者 | 客户端对KEGG的REST访问 |
| kimod | M L Zingaretti | 集成多个组数据的k表方法 |
| lapmix | Yann Ruffieux | 微阵列实验中的拉普拉斯混合模型 |
| LBE | 西里尔Dalmasso | 错误发现率的估计。 |
| ldblock | VJ凯里 | 种群中连锁不平衡测度的数据结构 |
| LEA | 埃里克·弗里霍特，奥利弗·弗朗索瓦 | LEA:景观和生态关联研究的R包 |
| LedPred | Aitor冈萨雷斯 | 从DNA中学习预测增强子 |
| 莱斯 | 朱利安格林 | 识别贴片微阵列数据中的差异效应 |
| lfa | 魏浩，约翰·d·斯托里 | 分类数据的逻辑因子分析 |
| limma | 戈登•史密斯 | 微阵列数据线性模型 |
| limmaGUI | 胡一芳，戈登·史密斯，基斯·萨特利 | 图形用户界面limma包与两种颜色微阵列 |
| 林肯 | Manuel Goepferich | lincrna和蛋白质编码基因的共表达 |
| Linnorm | 叶舜衡 | 线性模型和基于正态性的变换方法(Linnorm) |
| LiquidAssociation | Yen-Yi何 | LiquidAssociation |
| lmdme | 克里斯托瓦尔弗雷斯诺 | 设计多元实验的线性模型分解 |
| LMGene | 布莱斯Durbin-Johnson | 用于基因表达阵列中差异表达基因的数据转换和识别的LMGene软件 |
| LOBSTAHS | 詹姆斯•柯林斯 | 通过加合层次序列筛选脂质和氧脂素生物标志物 |
| logicFS | Holger Schwender | SNP相互作用的鉴定 |
| logitT | 托拜厄斯Guennel | logit-t包 |
| Logolas | 库什戴伊 | 使用符号、字母、数字和字母数字字符串的灵活和自定义Logo地块 |
| 哈哈 | 茵茵元 | 大量的套索 |
| 萝拉 | 内森·谢菲尔德 | 基因座重叠分析富集基因组范围 |
| LowMACA | Stefano de Pretis, Giorgio Melloni | LowMACA -基于共识对齐的低频突变分析 |
| 简述 | Nitin耆那教徒的 | 用LPE方法分析微阵列数据的方法 |
| LPEadj | 卡尔Murie | 对局部汇集误差(LPE)方法的修正，以基于样本量的无偏调整取代渐近方差调整。 |
| lpNet | 佬司Kaderali | 网络推理的线性规划模型 |
| lpsymphony | 弗拉季斯拉夫•金 | R中的Symphony整数线性规划求解器 |
| 光民 | 杜潘，黄磊，冯刚 | 用于Illumina甲基化和表达微阵列的BeadArray特定方法 |
| LVSmiRNA | 斯特凡诺Calza | 安捷伦miRNA数据的LVS归一化 |
| LymphoSeq | 大卫·科菲 | 分析T细胞和B细胞受体的高通量测序 |
| M3C | 约翰克里斯多夫 | 蒙特卡洛共识聚类 |
| M3D | 汤姆·梅奥 | 识别不同测试组的甲基化区域 |
| M3Drop | 塔卢拉安德鲁斯 | 单细胞RNASeq中辍学的Michaelis-Menten模型 |
| maanova | 基思·谢泼德 | 分析微阵列实验的工具 |
| macat | Joern Toedling | 微阵列染色体分析工具 |
| maCorrPlot | 亚历山大plone ( | 在微阵列数据中可视化人工相关 |
| made4 | Aedin Culhane | 用ADE4对微阵列数据进行多变量分析 |
| MADSEQ | 于香港 | 基于海量并行测序数据的镶嵌非整倍体检测与量化 |
| maftools | Anand Mayakonda | 总结、分析和可视化MAF文件 |
| maigesPack | 古斯塔沃·h·斯特维斯 | 处理cDNA微阵列数据的功能，包括几种数据分析方法 |
| MAIT | 波尔Sola-Santos | 代谢组学数据的统计分析 |
| makecdfenv | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 提供环境制造商 |
| 庄园 | 皮埃尔Neuvial | 全息微阵列正常化 |
| 外套 | Chris Berthiaume, Adrian Marchetti | 微生物组合归一化转录本分析 |
| MantelCorr | 布莱恩Steinmeyer | 计算Mantel集群相关性 |
| mAPKL | 萨凯拉里欧Argiris | 基因表达数据的混合特征选择方法 |
| maPredictDSC | Adi Laurentiu Tarca | 使用微阵列数据进行表型预测:在IMPROVER诊断特征挑战中最佳整体团队的方法 |
| mapscape | 玛雅史密斯 | mapscape |
| marray | 杨怡华(Jean) | 双色斑点微阵列数据探索性分析 |
| maSigPro | 玛丽亚·约瑟夫Nueda | 时间过程基因表达数据的显著基因表达谱差异 |
| maskBAD | 迈克尔Dannemann | 具有绑定亲和差异的屏蔽探针 |
| MassArray | 里德·汤普森 | MassArray数据分析工具 |
| massiR | 山姆Buckberry | massiR:微阵列样本性别识别器 |
| MassSpecWavelet | 杜潘 | 基于小波算法的质谱处理 |
| 桅杆 | 安德鲁McDavid | 基于模型的单细胞转录组学分析 |
| 火柴盒 | Luigi Marchionni, Anuj Gupta | 用于计算、比较和绘制特征的有序向量之间的一致性的实用程序。不同的基因实验)。该软件包包括顶部通信(CAT)分析。 |
| MatrixRider | 埃琳娜格拉希 | 获得给定序列上结合位点矩阵的总亲和度和占有率 |
| 事 | 凯莉Bemis a . | 在磁盘上使用二进制数据进行快速原型设计的框架 |
| MaxContrastProjection | 简·萨奥尔 | 将3D图像沿z维向2D进行最大对比度投影 |
| MBAmethyl | 王涛 | 基于模型的DNA甲基化数据分析 |
| 工商管理硕士 | 奥列格Mayba | 包包含使用基于等位基因特异性表达检测的元分析ASE分析的功能 |
| MBCB | 杰夫•艾伦 | 基于模型的串阵背景校正 |
| mBPCR | P.M.V. Rancoita | DNA拷贝数估计的贝叶斯分段常数回归 |
| mbt | Yuan-De谭 | 多个βt |
| mcaGUI | 韦德k·科普兰 | 微生物群落分析GUI |
| MCbiclust | 罗伯特•边沁 | 基因表达数据的海量相关双聚类及相关方法 |
| MCRestimate | 马克•约翰内斯 | 交叉验证的错误分类误差估计 |
| mdgsa | 大卫褐煤 | 多维基因集分析。 |
| mdqc | 加芙Cohen-Freue | 微阵列的马氏距离质量控制 |
| 餐 | 卡洛斯Ruiz-Arenas | 进行甲基化分析 |
| MeasurementError.cor | 坞城叮 | 相关系数的测量误差模型估计 |
| MEDIPS | 卢卡斯查韦斯 | DNA IP-seq数据分析 |
| MEDME | 马狄亚 | MeDIP富集的模拟实验数据 |
| MEIGOR | 何塞Egea | 生物信息学全局优化的元启发式算法 |
| MergeMaid | 于宁波钟 | 合并女仆 |
| Mergeomics | Zeyneb库尔特 | 组学数据的综合网络分析 |
| MeSHDbi | 露崎引人入胜 | DBI从sqlite文件构造mesh相关的包 |
| 网格 | Guangchuang余 | 网格丰富和语义分析 |
| meshr | 露崎引人入胜 | 进行MeSH富集分析的工具 |
| 墨西拿 | 马克Pinese | 单基因分类器和抗异常值检测差异表达的两组和生存问题。 |
| metaArray | 遭受崔 | 集成微阵列数据进行meta分析 |
| 金属底座 | 拉斐尔Aggio | Metab:一个用于GC-MS生成的代谢组学数据高通量分析的R包。 |
| metabomxtr | 迈克尔Nodzenski | 用于运行具有正态分布或对数正态分布的截断代谢组学数据的混合模型的包 |
| MetaboSignal | 安德烈亚·罗德里格斯-马丁内斯，拉斐尔·阿亚拉 | MetaboSignal:一种基于网络的方法，覆盖和探索代谢和信号KEGG通路 |
| metaCCA | 安娜Cichonska | 利用典型相关分析对全基因组关联研究进行基于统计的多元元分析 |
| MetaCyto | Zicheng胡 | MetaCyto:用于细胞检测数据的元分析包 |
| metagene | 查尔斯·乔利Beauparlant | 生成超基因图谱的软件包 |
| metagenomeFeatures | 内森·d·奥尔森 | 标记-基因序列分类学注释的探讨 |
| metagenomeSeq | 约瑟夫·n·保尔森 | 稀疏高通量测序的统计分析 |
| metahdep | 约翰·r·史蒂文斯 | 元分析中的层次依赖 |
| metaMS | 罗恩Wehrens | 基于ms的代谢组学注释管道 |
| metaSeq | 露崎引人入胜 | 多项研究中RNA-Seq计数数据的meta分析 |
| metaseqR | Panagiotis Moulos | 一个R包，用于结合多种统计算法对RNA-Seq数据进行分析和结果报告。 |
| metavizr | 赫克托耳Corrada布拉沃 | 用于交互宏基因组数据分析和可视化的metaviz web应用程序的R接口 |
| MetCirc | 托马斯Naake | 高分辨率MS/MS代谢组学数据的质谱相似性导航 |
| methimpute | 亚伦Taudt | 根据WGBS数据进行全甲基组的归因引导重建 |
| methInheritSim | 帕斯卡Belleau | 模拟全基因组遗传亚硫酸氢盐测序数据 |
| MethPed | 海伦娜卡伦 | 一种用于鉴别儿童脑瘤亚型的DNA甲基化分类器 |
| MethTargetedNGS | 穆罕默德阿贾米尔 | 对下一代测序数据进行甲基化分析 |
| methVisual | 阿里Zackay | DNA甲基化数据的可视化和统计方法 |
| methyAnalysis | 杜潘，黄磊，冯刚 | DNA甲基化数据分析与可视化 |
| MethylAid | m . van Iterson | 大型Illumina DNA甲基化阵列数据集的可视化和交互式质量控制 |
| methylInheritance | 阿斯特丽德Deschenes | 基于置换的分析将保守的差异甲基化元素从一代关联到下一代的处理效果 |
| methylKit | Altuna Akalin, Alexander Gosdschan | 高通量亚硫酸氢盐测序结果的DNA甲基化分析 |
| MethylMix | 奥利弗Gevaert | 甲基混合:鉴定甲基化驱动的癌症基因 |
| methylMnM | 燕周 | 检测不同甲基化水平(DMR) |
| methylPipe | 卡马尔•基 | 基分辨率DNA甲基化数据分析 |
| MethylSeekR | 卢卡斯汉堡 | Bis-seq数据分割 |
| methylumi | 肖恩·戴维斯 | 处理Illumina甲基化数据 |
| methyvim | 尼玛赫亚兹 | 差异甲基化分析的目标最小损失估计的可变重要性措施 |
| mfa | 基兰•坎贝尔 | 为基因组分岔建模的贝叶斯层次混合因子分析法 |
| Mfuzz | 马提亚Futschik | 时间序列基因表达数据的软聚类 |
| MGFM | 岩洞里埃尔领导的 | 微阵列基因表达数据中的标记基因查找器 |
| MGFR | 岩洞里埃尔领导的 | RNA-seq数据中的标记基因查找器 |
| mgsa | 塞巴斯蒂安·鲍尔 | 基于模型的基因集分析 |
| MiChip | 乔纳森•布莱克 | 解析和汇总功能 |
| 微生物组 | 狮子座拉赫蒂 | 微生物分析 |
| 微 | “詹姆斯·f·里德” | 处理microRNAs的数据和功能 |
| MIGSA | 胡安·c·罗德里格斯 | 海量整合基因集分析 |
| mimager | 亚伦Wolen | mimager:微阵列成像仪 |
| 含羞草 | 格雷格Finak | 单细胞测定的混合模型 |
| MineICA | 安妮Biton | 对基因组数据进行ICA分解分析 |
| minet | 帕特里克·e·迈耶 | 互信息网络 |
| minfi | Kasper丹尼尔·汉森 | 分析Illumina Infinium DNA甲基化阵列 |
| MinimumDistance | 罗伯特B Scharpf | Case-Parent三元组中De Novo CNV检测包 |
| MiPP | Sukwoo金 | 错误分类惩罚后验分类 |
| 米拉 | 约翰·劳森 | 甲基化调节活性的推断 |
| 海市蜃楼 | Y-h。田口方法 | MiRNA按基因表达排序 |
| miRBaseConverter | Taosheng徐 | 一个全面和高效的工具，用于转换和检索miRBase不同版本的miRNAs的信息 |
| miRcomp | 马修·n·考尔 | 评估和比较miRNA表达估计方法的工具 |
| mirIntegrator | 戴安娜·迪亚兹 | 将microRNA表达整合到信号通路中进行通路分析 |
| miRLAB | Thuc Duy勒 | 探索miRNA-mRNA关系的干燥实验室 |
| miRmine | 科维奇Randjelovic | 包含miRmine数据库中的miRNA-seq数据集的数据包作为rangedsummarizeexperiment |
| miRNAmeConverter | 斯蒂芬j . Haunsberger | 将miRNA名称转换为不同的miRBase版本 |
| miRNApath | 詹姆斯·m·沃德 | miRNApath: miRNA表达数据的途径富集 |
| miRNAtap | Maciej Pajak | miRNAtap: microRNA目标-聚合预测 |
| miRsponge | Junpeng张 | miRNA海绵相互作用网络和模块的鉴定和分析 |
| Mirsynergy | 李越 | Mirsynergy |
| missMethyl | 贝琳达·菲普森，乔瓦娜·马克西莫维奇 | 分析Illumina人类甲基化串珠芯片数据 |
| mitoODE | 格雷戈勒加索尔 | “全基因组RNAi活细胞成像试验中表型的动力学建模”中描述的微分方程模型的实现 |
| MLInterfaces | 诉凯利 | 为Bioconductor容器中的数据提供统一的机器学习程序接口 |
| 中长期规划 | 韦贝克托拜厄斯 | 中长期规划 |
| MLSeq | Gokmen Zararsiz | RNA-Seq数据的机器学习接口 |
| MMDiff2 | Gabriele Schweikert | ChIP-Seq数据集的统计检验 |
| MmPalateMiRNA | 家伙布鲁克 | 小鼠腭部miRNA表达分析 |
| 这种款式 | 李董 | MODA:加权基因共表达网络的模块差分分析 |
| mogsa | 陈孟 | 多组学数据整合聚类与基因集分析 |
| 单片眼镜 | 科尔杰尔 | 单细胞RNA-Seq的聚类、差异表达和轨迹分析 |
| MoonlightR | 安东尼奥·科拉普里科，卡萨琳娜·奥尔森 | 从组学数据中识别癌基因和肿瘤抑制基因 |
| 拖把 | 菲利普es | MoPS -基于模型的周期性筛选 |
| 马赛克 | 东峻涌 | MOSAiCS(基于模型的ChIP-Seq一和二样本分析和推断) |
| motifbreakR | 西蒙·哥特Coetzee | 一套用于预测转录因子结合位点上单核苷酸多态性破坏性的方法 |
| motifcounter | 沃尔夫冈•科普 | 用于分析DNA序列中TFBSs的R包 |
| MotifDb | 保罗·香农 | 蛋白质- dna结合序列基序注释集 |
| motifmatchr | 艾丽西亚Schep | R中的快速Motif匹配 |
| motifRG | Zizhen么 | 一个用于鉴别motif发现的包，专为高通量测序数据集设计 |
| motifStack | Jianhong欧 | 绘制单个或多个DNA、RNA和氨基酸序列的堆叠标志 |
| MotIV | 艾洛伊·梅西埃，拉斐尔·戈塔多 | Motif识别与验证 |
| MPFE | 康拉德的负担 | 从亚硫酸氢盐测序数据估计扩增子甲基化模式分布 |
| mpra | 莱斯利敏 | 分析大量并行报告分析 |
| mQTL。核磁共振 | Lyamine Hedjazi | 1H NMR数据的代谢组学定量性状位点定位 |
| msa | 乌尔里希Bodenhofer | 多序列比对 |
| msgbsR | 本杰明·梅恩 | msgbsR:甲基化敏感基因分型测序(MS-GBS) R功能 |
| MSGFgui | 托马斯·彼得森林 | MSGFplus的闪亮GUI |
| MSGFplus | 托马斯·彼得森林 | R与MS-GF+的接口 |
| msmsEDA | 约瑟Gregori | LC-MS/MS数据的光谱计数探索性分析 |
| msmsTests | 约瑟夫·格雷戈里·丰特 | LC-MS/MS差异表达试验 |
| MSnbase | 劳伦特与 | 质谱和蛋白质组学的基本函数和类 |
| MSnID | 弗拉德Petyuk | LC-MSn蛋白质组学鉴定可信度的探索和评估工具 |
| msPurity | 托马斯·n·劳森 | 代谢组学中基于质谱碎片的前体离子纯度自动评估 |
| MSstats | 之一Meena崔 | 无标签或基于标签的蛋白质组学实验中DDA、SRM和DIA的蛋白质显著性分析 |
| MSstatsQC | Eralp人偶 | 蛋白质组学实验的纵向系统适宜性监测与质量控制 |
| Mulcom | 克劳迪奥·Isella | 计算Mulcom测试 |
| MultiAssayExperiment | 马塞尔·拉莫斯 | 生物导体多组学实验集成软件 |
| multiClust | 内森软件 | multiClust:用于识别癌症转录组谱中生物相关聚类的r包 |
| MultiDataSet | 卡洛斯Ruiz-Arenas | 多数据集和结果集的实现 |
| MultiMed | Simina m·博卡 | 同时测试多种生物介质 |
| multiMiR | 马特Mulvahill | 整合多个microrna靶标数据库及其疾病和药物相关性 |
| multiOmicsViz | 王静 | 沿着染色体绘制一个组学数据对其他组学数据的影响图 |
| 多屏幕 | Mizanur Khondoker | 用于组合多个扫描的R包 |
| 乘 | 凯瑟琳·s·波拉德 | 基于重采样的多假设检验 |
| 肌肉 | 亚历克斯·t·Kalinka | 多序列对齐与肌肉 |
| MutationalPatterns | Francis Blokzijl, Roel Janssen | 突变过程的全基因组综合分析 |
| MVCClass | 伊丽莎白·惠伦 | 模型-视图-控制器(MVC)类 |
| mvGST | 约翰·r·史蒂文斯 | 多变量和定向基因集检测 |
| MWASTools | 安德烈亚·罗德里格斯-马丁内斯，拉斐尔·阿亚拉 | MWASTools:执行代谢组相关性研究的综合管道 |
| mygene | 亚当·马克，赛勒斯·阿弗拉西比，吴春雷 | 访问MyGene。Info_服务 |
| myvariant | 亚当·马克，吴春雷 | 访问myvariable .info变量查询和注释服务 |
| mzID | 托马斯·彼得森林 | R的mzIdentML解析器 |
| mzR | 贝恩德·费舍尔，斯蒂芬·诺伊曼，劳伦特·盖托，寇强 | netCDF, mzXML, mzData和mzML和mzIdentML文件解析器(质谱数据) |
| NADfinder | 欧建宏，朱丽华 | 对测序数据调用宽峰值 |
| NanoStringDiff | 婷婷翟,王在香港 | 纳米串nCounter数据的差分表达式分析 |
| NanoStringQCPro | 罗伯特•齐曼 | NanoString mRNA基因表达数据的质量度量和数据处理方法 |
| NarrowPeaks | 佩德罗情歌 | 基于形状的芯片序列变异函数PCA分析 |
| ncdfFlow | 迈克江 | 为流式细胞术数据提供基于HDF5的存储包。 |
| NCIgraph | 洛朗•雅各布 | NCI路径数据库中的路径 |
| ndexr | Florian奥尔 | NDEx R客户端库 |
| nem | Holger Froehlich | (动态)嵌套效应模型和确定性效应传播网络重建表型层次结构 |
| netbenchmark | 加索尔Bellot | 几种基因网络推理方法的基准测试 |
| netbiov | Shailesh tripathi | 一个用于可视化复杂生物网络的软件包 |
| nethet | 尼古拉斯·斯塔德勒，弗兰克·唐德林格 | 用于生物网络异质性高维探索的生物导体包 |
| NetPathMiner | 艾哈迈德穆罕默德 | 用于生物网络构建、路径挖掘和可视化的NetPathMiner |
| netprioR | 费边Schmich | 基于网络的基因优先排序模型 |
| netReg | 西蒙Dirmeier | Network-Regularized回归模型 |
| netresponse | 狮子座拉赫蒂 | 功能网络分析 |
| NetSAM | Bing张 | 网络系列化与模块化 |
| networkBMA | 卡伊杨 | 基于回归的网络推理使用贝叶斯模型平均 |
| NGScopy | 小贝赵 | ng镜检:下一代测序中拷贝数变化的检测 |
| nnNorm | Adi Laurentiu Tarca | 基于鲁棒神经网络的cDNA微阵列数据空间和强度归一化 |
| NOISeq | 索尼娅Tarazona | RNA-seq数据的探索性分析和差异表达 |
| nondetects | Valeriia Sherina | qPCR数据未检测到 |
| normalize450K | 乔纳森·亚历山大Heiss | Illumina Infinium 450K数据的预处理 |
| NormqPCR | 詹姆斯·珀金斯 | RT-qPCR数据归一化的函数 |
| normr | 约翰内斯·赫尔穆特 | ChIP-seq数据中的归一化和差分调用 |
| npGSEA | 杰西卡·拉森 | 基因集富集分析的排列逼近方法(非排列GSEA) |
| 特种加工 | 远华刘 | 基于常微分方程(ODE)的基因网络预测方法 |
| nucleoSim | 阿斯特丽德Deschenes | 生成合成核小体映射 |
| 诊断 | 里卡德Illa | 核小体定位包 |
| 推动 | n .院长 | 正常均匀差异基因表达检测 |
| NuPoP | 中正大学王 | 核小体定位预测的R包 |
| occugene | 奥利弗将 | 多项式占用分布的函数 |
| OCplus | 亚历山大plone ( | 微阵列实验的工作特性加上样本量和局部fdr |
| odseq | 何塞·吉梅内斯 | 多序列比对中的离群点检测 |
| OGSA | Michael f . Ochs | 离群基因集分析 |
| 益生元 | Benilton卡瓦略 | 寡核苷酸阵列的预处理工具 |
| oligoClasses | Benilton Carvalho和Robert Scharpf | 类用于oligo和crlmm支持的高吞吐量数组 |
| 奥林 | 马提亚Futschik | 优化的局部强度依赖的双色微阵列归一化 |
| OLINgui | 马提亚Futschik | OLIN的图形用户界面 |
| omicade4 | 陈孟 | 组学数据集的多重协同惯性分析 |
| OmicCircos | 胡应 | 组学数据的高质量圆形可视化 |
| omicRexposome | 卡莱斯Hernandez-Ferrer | 暴露组数据关联与整合分析 |
| OmicsMarkeR | 小查尔斯·e·德德曼 | 组学数据集的分类和特征选择 |
| 奥纳西斯 | 尤金尼亚Galeota | OnASSIs本体注释和语义相似软件 |
| oncomix | 丹尼尔·皮克 | 从肿瘤正常mRNA表达数据中识别肿瘤亚群中过表达基因 |
| OncoScore | Daniele Ramazzotti | 一种识别潜在致癌基因的工具 |
| OncoSimulR | 雷蒙Diaz-Uriarte | 具有上位性的癌症进展的正向遗传模拟 |
| oneChannelGUI | 拉斐尔一Calogero | 一个图形界面设计，以方便分析微阵列和miRNA/RNA-seq数据在笔记本电脑上 |
| oneSENSE | 永凯谭 | 基于非线性随机嵌入的一维soli表达式(OneSENSE) |
| ontoCAT | Natalja Kurbatova | 本体遍历和搜索 |
| ontoProc | VJ凯里 | 解剖、细胞系等本体的处理 |
| openCyto | 迈克江 | 流式细胞术数据分层门控管道 |
| openPrimeR | 马蒂亚斯•多尔 | 多重PCR引物的设计与分析 |
| openPrimeRui | 马蒂亚斯•多尔 | 在多重PCR引物设计与分析中的闪亮应用 |
| OperaMate | Chenglin刘 | Opera高含量筛选系统的数据导入、处理和分析软件包 |
| oposSOM | 亨利Loeffler-Wirth | 转录组数据的综合分析 |
| oppar | Soroor Hediyeh德 | R |
| OPWeight | 穆罕默德哈桑 | 具有独立信息的最优p值加权 |
| OrderedList | 克劳迪奥·Lottaz | 有序基因表的相似性 |
| Organism.dplyr | 马丁•摩根 | 基于dply访问Bioconductor注释资源 |
| OrganismDbi | Biocore数据团队 | 实现不同数据库包之间顺畅接口的软件 |
| OSAT | 李彦 | OSAT:最佳样本分配工具 |
| Oscope | 宁愣了 | Oscope -用于识别非同步单细胞rna序列中振荡基因的统计管道 |
| OTUbase | 丹尼尔·贝克 | 提供OTU数据分析的结构和功能 |
| OutlierD | Sukwoo金 | 利用分位数回归对高通量数据的M-A散点图进行离群点检测 |
| PAA | Michael Turewicz, Martin Eisenacher | 蛋白质阵列分析仪 |
| PADOG | Adi Laurentiu Tarca | 重叠基因权重降低的途径分析(PADOG) |
| paircompviz | 米甲Burda | 多重比较测试可视化 |
| pandaR | 约瑟夫·n·保尔森，丹·施劳奇 | 熊猫算法 |
| panelcn.mops | Gundula Povysil | 针对NGS面板数据的CNV检测工具 |
| PAnnBuilder | 李红 | 蛋白质注释数据包构建器 |
| panp | 华伦 | 负链匹配探针的存在-缺席调用 |
| PANR | 新王 | 从基因扰动的丰富表型推断出后验关联网络和功能模块 |
| PanVizGenerator | 托马斯·彼得森林 | 从你的泛基因组生成PanViz可视化 |
| 爸爸 | 拉斐尔Aggio | 根据代谢组学数据预测代谢途径活性 |
| parglms | VJ凯里 | 支持glm /GEEs的并行估计 |
| 拙劣的模仿 | VJ凯里 | 参数和电阻离群值检测 |
| Path2PPI | 奥利弗•菲利普 | 通路相关蛋白-蛋白相互作用网络预测 |
| pathifier | Assif Yitzhaky | 量化癌症通路的放松 |
| PathNet | 杰森·b·史密斯 | 使用拓扑信息进行路径分析的R包 |
| PathoStat | Solaiappan Manimaran | 统计微生物组分析软件包 |
| pathprint | Sokratis Kariotis | 用于基因表达阵列分析的路径指纹 |
| pathRender | 文斯凯里 | 使分子途径 |
| pathVar | 塞缪尔·齐默尔曼 | 寻找具有显著差异的变异途径的方法 |
| pathview | Weijun罗 | 用于基于路径的数据集成和可视化的工具集 |
| PathwaySplice | 爱民严 | 无偏拼接路径分析的R包 |
| paxtoolsr | 奥古斯汀卢娜 | PaxtoolsR:通过BioPAX和Pathway Commons从多个数据库访问路径 |
| Pbase | 塞巴斯蒂安·吉布，劳伦特·盖托 | 处理和探索蛋白质和蛋白质组学数据 |
| pbcmc | 克里斯托瓦尔弗雷斯诺 | 基于排列置信度的分子分类 |
| pcaExplorer | 费德里科•马里尼 | 用主成分方法实现RNA-seq数据的交互式可视化 |
| pcaGoPromoter | Morten汉森 | pcaGoPromoter用于DNA微阵列数据分析 |
| pcaMethods | 亨宁Redestig | PCA方法的集合 |
| PCAN | 马修·佩奇和帕特里斯·戈达尔 | 表型一致分析(PCAN) |
| pcot2 | 莎拉的歌 | 主坐标和霍特林的t平方法 |
| PCpheno | Nolwenn Le Meur | 表型和细胞组织单位 |
| pcxn | Sokratis Kariotis | 利用pcxnData包探索、分析和可视化函数 |
| pdInfoBuilder | Benilton卡瓦略 | 平台设计信息包构建器 |
| pdmclass | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 用惩罚判别法对微阵列样品进行分类 |
| PECA | 托米-芬兰语 | 探针级表达式变化平均 |
| pepStat | 格雷戈里·C Imholte | 肽微阵列的统计分析 |
| pepXMLTab | 小菁王 | 解析基于肽FDR的pepXML文件和过滤器。 |
| PGA | 文博，徐少航 | 一个从RNA-Seq衍生的自定义数据库识别新肽的包 |
| pgca | 加芙Cohen-Freue | PGCA:一种链接从MS/MS数据中创建的蛋白质组的算法 |
| PGSEA | 卡尔Dykema | 参数基因集富集分析 |
| PharmacoGx | 本杰明Haibe-Kains | 大规模药物基因组数据分析 |
| phenoDist | 西安张 | 表型距离措施 |
| phenopath | 基兰•坎贝尔 | 具有异质性遗传和环境背景的基因组轨迹 |
| phenoTest | Evarist星球 | 以高效、结构化、快速和可扩展的方式测试基因表达和表型之间的关联的工具。我们也提供工具做GSEA(基因集富集分析)和拷贝数变化。 |
| PhenStat | 哈米德Haselimashhadi | 表型数据的统计分析 |
| philr | 贾斯汀·西尔弗曼 | 基于系统发育划分的宏基因组数据ILR转换 |
| phosphonormalizer | 索拉博Saraei | 弥补了磷蛋白组学中值归一化带来的偏差 |
| phyloseq | Paul j . McMurdie | 处理和分析高通量微生物组普查数据 |
| π | 海方 | 利用遗传证据在基因、途径和网络水平上优先选择药物靶点 |
| 钢琴 | 列夫Varemo | 组学数据综合分析平台 |
| pickgene | 布莱恩·扬德尔 | 微阵列表达数据分析中的自适应基因选择 |
| 图片 | 升Sauteraud | ChIP-seq的概率推断 |
| Pigengene | Habil Zare | 从基因表达数据推断生物特征 |
| 平 | 升Sauteraud | 基于mnase或超声短读数据的核小体定位的概率推理 |
| 一品脱的量 | olli - pekka Huovilainen | 功能基因组数据的两两整合 |
| pkgDepTools | 赛斯猎鹰 | 包依赖工具 |
| plateCore | 埃罗尔应变 | 平板流式细胞术的统计工具和数据结构 |
| plethy | 丹尼尔底部 | R框架用于探索和分析呼吸计量数据 |
| plgem | 诺曼·帕夫卡 | 利用幂律全局误差模型(PLGEM)检测微阵列和蛋白质组学数据集中的差异表达 |
| 钳子 | Crispin米勒 | 实现Affymetrix PLIER算法 |
| PLPE | Soo-heang Eo | 配对高通量数据下差分表达式的局部池误差检验 |
| 赢钱 | Gwenael G.R. Leday | 分段线性回归样条曲线(PLRS)分析DNA拷贝数与基因表达之间的关系 |
| plw | 马格努斯搁浅地 | 局部调节加权t检验。 |
| pmm | 安娜Drewek | 并行混合模型 |
| podkat | 乌尔里希Bodenhofer | 位置相关核关联检验 |
| 聚酯 | Jack Fu, Jeff Leek | 模拟RNA-seq读取 |
| Polyfit | 康拉德的负担 | 添加到DESeq，以提高p值和q值 |
| 帖子 | 学苑曹 | 高维数据在正交空间上的投影检验 |
| PPInfer | Dongmin荣格 | 利用蛋白质相互作用网络推断功能相关蛋白质 |
| ppiStats | Bioconductor包维护者 | 蛋白质-蛋白质相互作用统计包 |
| pqsfinder | 雅罗西克亲爱的 | 潜在四复合体形成序列的识别 |
| 普拉达 | Florian Hahne | 细胞功能分析的数据分析 |
| prebs | Karolis Uziela | RNA-seq数据的探针区域表达估计，以提高微阵列的可比性 |
| PREDA | 弗朗西斯科·法拉利 | 职位相关数据分析 |
| predictionet | 本杰明·海贝-凯恩斯，卡萨琳娜·奥尔森 | 为(但不限于)基因组数据设计的预测网络的推理 |
| preprocessCore | 本Bolstad | 预处理函数的集合 |
| 奖 | Daryanaz Dargahi | 奖品:一个基于层次分析法的优先级估计R包 |
| proBAMr | 小菁王 | 为霰弹枪蛋白质组学数据中的pms生成SAM文件 |
| 过程 | 小春就李 | Ciphergen SELDI-TOF处理 |
| procoil | 乌尔里希Bodenhofer | 线圈蛋白低聚的预测 |
| ProCoNA | 大卫L吉布斯 | 蛋白质共表达网络分析(ProCoNA)。 |
| proFIA | 亚历克西斯Delabriere | FIA-HRMS数据的预处理 |
| profileScoreDist | 桩o . Westermark | 概要分数分布 |
| 后代 | 迈克尔·舒伯特 | 从基因表达推断活性的途径响应基因 |
| pRoloc | 劳伦特与 | 空间蛋白质组学的统一生物信息学框架 |
| pRolocGUI | 洛朗·盖托，丽莎·布雷克尔斯 | 空间蛋白质组学数据的交互式可视化 |
| 承诺 | 斯坦·庞斯，曹学元 | 投影到最有趣的统计证据 |
| 适当的 | 吴皓 | RNAseq的前瞻性功率评价 |
| 道具 | Lichy汉 | 概率路径评分(PROPS) |
| Prostar | 撒母耳Wieczorek | 为DAPAR提供GUI |
| prot2D | Sebastien Artigaud | 二维凝胶电泳体积数据的统计工具 |
| proteinProfiles | 朱利安格林 | 蛋白质分析 |
| ProteomicsAnnotationHubData | 劳伦特与 | 将公共蛋白质组学数据资源转换为Bioconductor数据结构 |
| proteoQC | 博温 | 蛋白质组学数据质量控制R包 |
| ProtGenerics | 劳伦特与 | Bioconductor蛋白质组学基础结构的S4通用功能 |
| PSEA | 亚历山大·库恩 | 特定人群表达分析。 |
| psichomics | 努诺·Saraiva-Agostinho | 可供选择的剪接量化，分析和可视化的图形界面 |
| PSICQUIC | 保罗·香农 | 蛋白质组学标准计划通用查询接口 |
| psygenet2r | Alba Gutierrez-Sacristan | 一个用于查询PsyGeNET和在精神疾病中进行共病研究的R包 |
| 彪马 | Xuejun刘 | 微阵列分析中的传播不确定性(包括Affymetrix传统3'阵列和外显子阵列和人类转录组阵列2.0) |
| PureCN | 马库斯·里斯特 | 使用目标短读排序的拷贝号调用和SNV分类 |
| pvac | 吕俊，皮埃尔·r·布舍尔 | 基于pca的Affymetrix阵列基因滤波 |
| pvca | 李将鹰 | 主方差分量分析(PVCA) |
| Pviz | 升Sauteraud | 基于Gviz的肽注释和数据可视化 |
| PWMEnrich | 罗伯特Stojnic | PWM富集分析 |
| pwOmics | 麻仁Sitte | 基于路径的组学数据集成 |
| qcmetrics | 劳伦特与 | 质量控制框架 |
| QDNAseq | 达乌德您 | 染色体畸变的DNA定量测序 |
| qpcrNorm | 杰西卡3月 | 高通量qPCR数据的数据驱动归一化策略。 |
| qpgraph | 罗伯特Castelo | 从高通量基因组学数据估计遗传和分子调控网络 |
| qrqc | 文斯水牛 | 快速阅读质量控制 |
| qsea | 马提亚Lienhard | IP-seq数据分析和可视化 |
| 限定符 | 迈克江 | 门控流式细胞术实验的质量控制 |
| quantro | 斯蒂芬妮·希克斯 | 测试何时使用分位数归一化 |
| quantsmooth | 1月东 | 阵列数据的分位数平滑和基因组可视化 |
| QuartPAC | 格里高利Ryslik | 蛋白质四阶结构突变簇的鉴定。 |
| QuasR | 迈克尔·施 | 在R中量化和注释短阅读 |
| QuaternaryProd | 卡尔·托尼Fakhry | 计算有符号和无符号因果图的第四元点积评分统计量 |
| QUBIC | 余张 | 一个用于定性双聚类的R包，支持基因共表达分析 |
| qusage | 克里斯托弗·保伦 | qusage:基因表达的定量集合分析 |
| qvalue | 约翰·d·斯托里，安德鲁·j·巴斯 | 错误发现率控制的q值估计 |
| R3CPET | 穆罕默德Nadhir Djekidel | 3CPET:利用分层狄利克雷过程在cia - pet实验中寻找辅助因子复合体 |
| r3Cseq | Supat Thongjuea | 染色体构象捕获与下一代测序(3C-seq)分析 |
| R453Plus1Toolbox | 汉斯克莱因 | 用于从罗氏基因组测序系统导入和分析数据的软件包 |
| R4RNA | 丹尼尔·赖 | 一个用于RNA可视化和分析的R包 |
| RaggedExperiment | 马丁•摩根 | 样本间稀疏实验与分析的表示 |
| 雨 | 保罗•f•Thaben | 结合非参数方法的节律性分析 |
| 罗摩 | 拉斐尔Gottardo | 微阵列的稳健分析 |
| RamiGO | 马库斯·施罗德 | AmiGO可视化R接口 |
| ramwas | 安德烈一个Shabalin | 富集平台的快速全甲基组关联研究管道 |
| randPack | 罗伯特先生 | 临床试验随机化常规 |
| RankProd | 弗朗西斯科·德尔·Carratore | 鉴别差异表达基因的秩积法及其在meta分析中的应用 |
| RareVariantVis | 托马斯Stokowy | 全基因组测序数据中罕见基因组变异的分析套件 |
| Rariant | 朱利安格林 | 通过非一致碱基调用频率的变化识别和评估单核苷酸变异 |
| RbcBook1 | 文斯凯里 | 支持施普林格关于Bioconductor的专著 |
| RBGL | Bioconductor包维护者 | 到BOOST图形库的接口 |
| RBioinf | 罗伯特先生 | RBioinf |
| rBiopaxParser | 弗兰克·克莱默 | 解析BioPax文件并在R中表示它们 |
| 遏制 | Dongmei李 | RBM:用于微阵列和RNA-Seq数据分析的R包 |
| Rbowtie | 迈克尔·施 | R领结包装 |
| Rbowtie2 | 郑魏 | 一个R包装的Bowtie2和AdapterRemoval |
| rbsurv | Soo-heang Eo | 基于微阵列数据的稳健似然生存建模 |
| Rcade | 乔纳森·凯恩斯 | 基于r的ChIP-seq和差异表达的分析——一种集成基于计数的ChIP-seq分析与差异表达汇总数据的工具 |
| 美国广播公司 | 拉博拉Uyar | 以RNA为中心的注释系统 |
| RCASPAR | 杜阿·穆加希德，拉尔斯·卡德拉利 | 基于分段基线危险Cox回归模型的生存时间预测包。 |
| rcellminer | 奥古斯丁·卢娜，维诺德·拉贾帕克萨，法特希·埃洛米 | rcellminer: NCI-60细胞系的分子谱和药物反应 |
| rCGH | 弗雷德里克通讯器 | 基于数组的CGH数据分析与可视化综合管道 |
| Rchemcpp | 京特·Klambauer | 化合物的相似度量 |
| RchyOptimyx | Adrin Jalali, Nima Aghaeepour | 流式细胞术中优化的细胞层次 |
| Rcpi | 南肖 | 药物发现中化合物-蛋白质相互作用的分子信息学工具包 |
| RCy3 | Tanja Muetze, Georgi Kolishovski, Paul Shannon | 在Cytoscape >= 3.3.0中显示和操作图形 |
| RCyjs | 保罗·香农 | 在cytoscape.js中显示和操作图形 |
| RCytoscape | 保罗·香农 | 在Cytoscape中显示和操作图形 |
| RDAVIDWebService | 克里斯托瓦尔弗雷斯诺 | 一个R包，用于使用Web服务API从DAVID检索数据到R对象。 |
| rDGIdb | 托马斯Thurnherr | R DGIdb的包装器 |
| Rdisop | 史蒂芬诺依曼 | 同位素图的分解 |
| RDRToolbox | Christoph Bartenhagen | 一个用Isomap和LLE进行非线性降维的包。 |
| ReactomePA | Guangchuang余 | Reactome途径分析 |
| readat | 理查德棉花 | 功能读取和操作SomaLogic ADAT文件 |
| ReadqPCR | 詹姆斯·珀金斯 | 读取qPCR数据 |
| 犹太人的尊称 | 卡尔·j·Dykema | 区域表达偏见 |
| 重新计票 | 莱昂纳多Collado-Torres | 从重新计票项目中探索和下载数据 |
| 收回 | Panagiotis Moulos | 一个用于创建复杂基因组剖面图的R包 |
| 红色的 | 毛罗·卡斯特罗 | 交互式可视化和嵌套网络操作 |
| REDseq | 利华国际朱莉朱 | 酶切处理的高通量测序数据分析 |
| RefNet | 保罗·香农 | 分子相互作用的可查询集合，来源多种多样 |
| RefPlus | Kai-Ming常 | 外推策略(RMA+)和外推平均(RMA++)方法的函数集。 |
| 地区 | Bernat凝胶 | 基于排列试验的基因组区域关联分析 |
| regionReport | 莱昂纳多Collado-Torres | 生成一组基因组区域或DESeq2/edgeR结果的HTML或PDF报告 |
| regsplice | 卢卡斯·m·韦伯 | 基于l1正则化的差分拼接检测方法 |
| REMP | 忆南向郑 | 重复元素甲基化预测 |
| Repitools | 马克。罗宾逊 | 外遗传性工具 |
| ReportingTools | 杰森·a·哈克尼，加布里埃尔·贝克尔，杰西卡·l·拉森 | 用于制作各种格式的报告的工具 |
| ReQON | 克里斯托弗Cabanski | 核苷酸质量的再校准 |
| restfulSE | 什维塔Gopaulakrishnan | 通过summarizeexperiment接口访问矩阵样HDF5服务器内容或BigQuery内容 |
| rexposome | 卡莱斯Hernandez-Ferrer | 暴露性探索和结果数据分析 |
| rfPred | 雨果Varet | 将rfPred函数预测分数分配给一个误义变量列表 |
| rGADEM | Arnaud所有权 | De novo motif发现 |
| RGalaxy | Bioconductor包维护者 | 在Galaxy web平台中添加R功能 |
| RGraph2js | 史蒂芬卡诺 | 将图形转换为D3js脚本 |
| Rgraphviz | Kasper丹尼尔·汉森 | 为R图形对象提供绘图功能 |
| rGREAT | Zuguang顾 | GREAT分析客户端 |
| RGSEA | 成成马 | 随机基因集富集分析 |
| rgsepd | Stamm卡尔 | 基因集富集/投影显示 |
| rhdf5 | 迈克•史密斯 | HDF5接口到R |
| rhdf5client | Samuela波拉克 | 从h5serv访问HDF5内容 |
| Rhdf5lib | 迈克•史密斯 | hdf5库作为R包 |
| Rhtslib | Bioconductor包维护者 | HTSlib高通量测序库作为R包 |
| rHVDM | 马蒂诺Barenco | 隐变量动态建模 |
| RiboProfiling | 答:Popa | 核糖体分析数据分析:从BAM到数据表示和解释 |
| riboSeqR | 托马斯·Hardcastle | 核糖体分析实验的测序数据分析 |
| RImmPort | 胡自成，Ravi Shankar | RImmPort:启用准备分析免疫学研究数据 |
| 林格 | j . Toedling | 芯片-芯片寡聚阵列的研究 |
| RIPSeeker | 李越 | RIPSeeker:用于从RIP-seq实验中识别蛋白质相关转录物的统计包 |
| Risa | Alejandra Gonzalez-Beltran | 将ISA-tab中的实验元数据转换为Bioconductor数据结构 |
| 日坛 | 迈克尔·齐默尔曼 | 术语注释与网络资源的快速整合 |
| 河 | Yungil金 | R包RIVER (RNA-Informed Variant Effect on Regulation) |
| RJMCMCNucleosomes | 阿斯特丽德Deschenes | 基于高通量短读数据的全基因组核小体定位贝叶斯层次模型(MNase-Seq) |
| RLMM | Nusrat Rabbee | Affymetrix SNP阵列的基因型调用算法 |
| Rmagpie | 卡米尔Maumet | 基于基因表达的微阵列程序在错误率估计中的应用 |
| RMassBank | RMassBank在作者之一 | 处理串联MS文件和构建MassBank记录的工作流 |
| rMAT | Arnaud Droit和Raphael Gottardo | R实现从MAT程序规范化和分析平铺阵列和芯片-芯片数据。 |
| RmiR | 弗朗西斯科·Favero | 包工作与miRNA和miRNA目标与R |
| RNAinteract | 贝恩德•菲舍尔 | 从多维特征估计两两交互作用 |
| RNAither | 佬司Kaderali | 高通量RNAi屏幕的统计分析 |
| RNAprobR | Nikos Sidiropoulos | 一个R包，用于分析基于大量并行测序的RNA结构探测数据 |
| rnaseqcomp | Mingxiang腾 | RNA-seq量化管道的基准 |
| RnaSeqGeneEdgeRQL | Yunshun陈 | 使用Rsubread和edgeR准似然管道进行基因级RNA-seq差异表达和通路分析 |
| rnaSeqMap | 米甲Okoniewski | rnaSeq二次分析 |
| RNASeqPower | 特里M Therneau | RNAseq研究样本量 |
| RnaSeqSampleSize | 石林赵 | RnaSeqSampleSize |
| RnBeads | 费边穆勒 | RnBeads |
| Rnits | Dipen p Sangurdekar | 时间序列数据的归一化与推断 |
| 咆哮 | 埃琳娜格拉希 | 从rna序列比对中识别不同的APA用法 |
| 中华民国 | 文斯凯里 | ROC工具，uarray焦点 |
| Roleswitch | 李越 | 使用单个样本的配对表达数据推断miRNA-mRNA的相互作用 |
| 的方式 | 劳伦特与 | 本体查找服务的R接口 |
| ROntoTools | Calin Voichita | R Onto-Tools套件 |
| ropls | 艾蒂安a Thevenot | PCA、PLS(-DA)和oppls (-DA)用于组学数据的多变量分析和特征选择 |
| 腐烂 | 今天Seyednasrollah | Reproducibility-Optimized检验统计量 |
| 战 | 狮子座拉赫蒂 | RPA:用于探针级分析的鲁棒概率平均 |
| RProtoBufLib | 迈克江 | c++头和协议缓冲区的静态库 |
| RpsiXML | 张Jitao大卫 | R接口到PSI-MI 2.5文件 |
| rpx | 劳伦特与 | 到ProteomeXchange存储库的接口 |
| Rqc | Welliton Souza | 高通量测序数据质量控制工具 |
| rqt | Ilya y Zhbannikov | Rqt:用于基因级元分析的工具 |
| rqubic | 张Jitao大卫 | R中表达数据分析的定性聚类算法 |
| rRDP | 迈克尔Hahsler | RDP分类器接口 |
| RRHO | 乔纳森Rosenblatt | 有序表之间一致性的推论 |
| Rsamtools | Bioconductor包维护者 | 二进制对齐(BAM)、FASTA、变量调用(BCF)和表文件导入 |
| rsbml | 迈克尔•劳伦斯 | R对SBML的支持，使用libsbml |
| rSFFreader | 马特落定 | rSFFreader读取由Roche 454和生命科学离子激流测序器生成的sff文件 |
| Rsubread | 魏石，廖杨，戈登·K·史密斯 | R的子读序列对齐 |
| RSVSim | Christoph Bartenhagen | RSVSim:用于模拟结构变化的R/Bioconductor包 |
| rTANDEM | 弗雷德里克·弗尔涅 | 串联蛋白识别算法在R |
| RTCA | 张Jitao大卫 | 分析xCELLigence系统(RTCA)数据的开源工具包 |
| RTCGA | Marcin辛斯 | 癌症基因组图谱数据整合 |
| RTCGAToolbox | 马塞尔·拉莫斯 | 导出TCGA Firehose数据的新工具 |
| 研制 | 毛罗·卡斯特罗 | 转录网络的重建和主调控因子的分析 |
| RTNduals | 维尼修斯·查加斯，克拉丽斯·格罗内维尔德，莫罗·卡斯特罗 | 共调节网络母题分析与“双调节”推理 |
| RTNsurvival | 克拉丽斯·格罗内维尔德，莫罗·a·a·卡斯特罗 | 利用RTN包推断的转录网络进行生存分析 |
| RTopper | 路易吉马尔基奥尼 | 该软件包旨在跨多个基因组平台执行基因集分析 |
| rtracklayer | 迈克尔•劳伦斯 | 基因组注释文件和UCSC基因组浏览器的R接口 |
| Rtreemix | 嘉斯米娜Bogojeska | Rtreemix:突变树混合模型。 |
| rTRM | 迭戈Diez | 从PPI网络中识别转录调控模块 |
| rTRMui | 迭戈Diez | rTRM的闪亮用户界面 |
| runibic | Patryk Orzechowski | runibic:用于分析R基因表达数据的基于行的双聚类算法 |
| RUVcorr | Saskia Freytag | 去除不必要的基因-基因相关性和相关分析的变异 |
| RUVnormalize | 洛朗•雅各布 | RUV用于表达式数组数据的规范化 |
| RUVSeq | 大卫。Risso | 从RNA-Seq数据中去除不必要的变异 |
| 旅游房车 | 托马斯·谢尔曼 | 计算相关个体共享罕见变异的概率估计值 |
| S4Vectors | Bioconductor包维护者 | S4实现类向量和类列表对象 |
| 安全 | 威廉·t·巴里 | 功能与表达的显著性分析 |
| sagenhaft | 蒂姆Beissbarth | 用于阅读和比较SAGE库的函数集合 |
| SAGx | 每Broberg | 基因芯片的统计分析 |
| samExploreR | shailesh tripathi | samExploreR包:高性能读取摘要计数向量与可用的测序深度降低模拟 |
| sampleClassifier | 岩洞里埃尔领导的 | 样本分类器 |
| SamSPECTRAL | Habil Zare | 在流式细胞术数据中识别细胞群。 |
| sangerseqR | 乔纳森山 | R中Sanger测序数据的工具 |
| 圣诞老人 | 亚历克斯·j·康沃尔 | 网络关联的空间分析 |
| sapFinder | 徐少航，文博 | 霰弹枪蛋白质组学中变异多肽检测和可视化软件包。 |
| savR | r·布伦特考尔德 | 解析和分析Illumina SAV文件 |
| SBMLR | 托马斯Radivoyevitch | SBML-R接口和分析工具 |
| SC3 | 弗拉基米尔•Kiselev | 单细胞共识集群 |
| Scale4C | 卡罗琳沃尔特 | Scale4C:一个R/Bioconductor包，用于4C-seq数据的尺度-空间转换 |
| 扫描。通用产品 | Stephen r .短笛 | 单通道阵列归一化(SCAN)和通用表达式码(UPC) |
| 嘘 | 戴维斯麦卡锡 | 基因表达数据单细胞分析工具 |
| scDD | 基冈Korthauer | 混合建模的单细胞RNA-seq数据，以识别具有差异分布的基因 |
| scde | 让粉丝 | 单细胞差异表达 |
| scfind | 弗拉基米尔•Kiselev | 通过基因列表搜索单细胞RNA-seq数据的工具 |
| ScISI | 托尼蒋介石 | 在硅片Interactome |
| scmap | 弗拉基米尔•Kiselev | 单细胞rna序列数据的无监督投影工具 |
| SCnorm | 朗达巴彻 | 单细胞RNA-seq数据的归一化 |
| 司康饼 | 迈克尔•科尔 | 规范化表达式数据的单单元概述 |
| scoreInvHap | 卡洛斯·鲁伊斯 | 获取预定义区域的反转状态 |
| scPipe | Luyi田 | 用于单细胞RNA-seq数据分析的管道 |
| 食物 | 亚伦Lun | 单细胞rna序列数据分析方法 |
| scsR | Andrea Franceschini, Roger Meier, Christian von Mering | 种子介导的脱靶效应的SiRNA修正 |
| segmentSeq | 托马斯·Hardcastle | 从高通量测序数据中识别小RNA位点的方法 |
| SELEX | Harmen Bussemaker | 用于分析SELEX-seq数据的函数 |
| SemDist | 伊恩·冈萨雷斯 | 基于信息增长的函数预测器评估 |
| semisup | 阿明罗森伯格 | 检测snp在数量性状上的相互作用 |
| 国家环保总局 | 志诚记 | 国家环保总局 |
| seq2pathway | 杨欣安，洛伦佐·佩斯塞和安娜·玛丽娅·索科维奇贡献 | 下一代测序数据功能基因集(或称为通路)分析的新工具 |
| SeqArray | Xiuwen郑 | 全基因组序列变异调用的大数据管理 |
| seqbias | 丹尼尔·琼斯 | 高通量测序数据中每个位置偏差的估计 |
| seqCAT | Erik Fasterius | 高通量测序细胞认证工具包 |
| seqCNA | 大卫Mosen-Ansorena | 癌症高通量测序数据拷贝数分析 |
| seqcombo | Guangchuang余 | 序列重组和重组可视化工具 |
| SeqGSEA | RNA-Seq数据的基因集富集分析(GSEA):整合差异表达和拼接 | |
| seqLogo | 奥利弗Bembom | 用于DNA序列比对的序列标识 |
| seqPattern | Vanja Haberle | 在一组排序的序列中可视化寡核苷酸模式和motif的出现 |
| seqplots | Przemyslaw Stempor | 一个交互式工具，用于可视化NGS信号和序列基序密度沿基因组特征使用平均图和热图 |
| SeqSQC | 钱氏 | 用于下一代测序数据的样品质量检查的生物导体包 |
| seqTools | 沃尔夫冈•凯泽 | fastq文件的核苷酸、序列和质量内容分析 |
| SeqVarTools | Stephanie M. Gogarten，郑秀文，Adrienne Stilp | 用于不同数据的工具 |
| sevenbridges | 南肖 | R中的七桥平台API客户端和通用工作流语言工具构建器 |
| SGSeq | 伦纳德·戈尔茨坦 | 基于RNA-seq数据的剪接事件预测和量化 |
| shinyMethyl | 让-菲利普•福丁 | Illumina甲基化阵列的交互式可视化 |
| shinyTANDEM | 弗雷德里克·弗尔涅 | 为rTANDEM提供GUI |
| ShortRead | Bioconductor包维护者 | FASTQ输入和操作 |
| SICtools | Xiaobin兴 | 找出两个bam文件之间的SNV/Indel差异 |
| sigaR | 韦塞尔·n·范·维林根 | R .基因组学综合分析的统计 |
| SigCheck | 罗里斯塔克 | 对照随机特征、已知特征和排列数据/元数据检查基因特征的预后性能 |
| SigFuge | 帕特里克·金 | SigFuge |
| siggenes | Holger Schwender | 使用SAM和Efron的经验贝叶斯方法进行多重测试 |
| 风景 | Elika Garg | HTS的统计和诊断图 |
| 签名者 | 升Valieris | 突变特征发现的经验贝叶斯方法 |
| sigPathway | Weil赖 | 路径分析 |
| sigsquared | UnJin李 | 功能验证信号通路的基因签名生成 |
| SIM卡 | Renee X. de Menezes | 两个人类基因组数据集的综合分析 |
| SIMAT | Mo R. Nezami Ranjbar | GC-SIM-MS数据处理和分析工具 |
| SimBindProfiles | 贝蒂娜费舍尔 | 类似的绑定配置文件 |
| similaRpeak | 阿斯特丽德Deschenes | 用于估计两个ChIP-Seq配置文件之间相似程度的度量 |
| SIMLR | Daniele Ramazzotti | 题目:SIMLR和CIMLR多核学习方法 |
| simpleaffy | Crispin米勒 | Affymetrix数据的非常简单的高级分析 |
| simulatorZ | (张 | 用于独立基因组数据集集合的模拟器 |
| sincell | 米格尔·茱莉亚，安东尼奥·劳塞尔 | R包用于从单细胞RNA-seq数据中统计评估细胞状态层次结构 |
| SingleCellExperiment | 大卫。Risso | 单单元数据S4课程 |
| SISPA | 巴克提已经受理 | 样本综合集合廓线分析方法 |
| sizepower | Weiliang邱 | 微阵列研究中的样本量和功率计算 |
| skewr | 瑞安帕特尼 | 由Illumina公司的人类甲基化45万串珠芯片产生的可视化强度 |
| 激流回旋 | 戴维斯麦卡锡 | 单细胞RNA-Seq数据的析因潜变量建模 |
| SLGI | Nolwenn Le Meur | 合成致命基因相互作用 |
| SLqPCR | 马蒂亚斯•科尔 | SIRS-Lab GmbH实时定量PCR数据分析功能 |
| SMAP | 罗宾·安德森 | 阵列cgh拷贝数分析的分段极大后验方法 |
| 击杀 | 尼尔·阿里·维杰通加，安德鲁·达蒙·约翰斯顿 | 整合转录组和表观基因组的显著性模块 |
| SNAGEE | 大卫Venet | 信噪比在基因表达实验中的应用 |
| snapCGH | 约翰Marioni | aCGH数据的分割、归一化和处理。 |
| 球形结构 | 约翰·d·层 | 微阵列的监督归一化 |
| SNPchip | 罗伯特Scharpf | 拷贝号更改的可视化 |
| SNPediaR | 大卫褐煤 | 从SNPedia查询数据 |
| SNPhood | 基督教阿诺德 | SNPhood:利用NGS数据研究、量化和可视化SNPs的表观基因组邻域 |
| SNPRelate | Xiuwen郑 | SNP数据相关性和主成分分析并行计算工具集 |
| snpStats | 大卫·克莱顿 | SnpMatrix和XSnpMatrix类和方法 |
| soGGi | 汤姆•卡罗尔 | 将ChIP-seq, MNase-seq和motif的出现可视化为集合图 |
| SomaticSignatures | 朱利安格林 | 体细胞签名 |
| SpacePAC | 格里高利Ryslik | 三维蛋白质空间突变簇的模拟识别。 |
| sparseDOSSA | 任博宇，艾玛·施韦格，乔治·温加特 | 模拟合成丰度的稀疏数据观测 |
| specL | Christian Panse, Witold E. Wolski | 准备肽谱匹配用于靶向蛋白质组学 |
| SpeCond | 弗洛伦斯卡瓦利 | 从表达式数据中进行条件特定检测 |
| SPEM | 欣阳 | s系统参数估计方法 |
| SPIA | Adi Laurentiu Tarca | 信号通路影响分析(SPIA)使用通路过度表达和不寻常信号扰动的综合证据 |
| SpidermiR | 克劳迪娅静脉 | SpidermiR:一个R/Bioconductor包，用于miRNA数据的综合网络分析 |
| spikeLI | 恩里科Carlon | Affymetrix刺入Langmuir等温线数据分析工具 |
| spkTools | 马修·N考尔 | 用于插入数组的方法 |
| 飞溅 | 路加福音Zappia | 单细胞RNA测序数据的简单模拟 |
| splicegear | Laurent Gautier | splicegear |
| 连接工具 | Johannes Waage, Kristoffer vittin - seerup | RNA-seq数据中选择性剪接的分类和编码潜力的预测。 |
| spliceSites | 沃尔夫冈•凯泽 | 用于从RNA-seq数据中探索对齐间隙位置的生物导体包 |
| SplicingGraphs | h .页面 | 创建，操作，可视化拼接图，并分配RNA-seq读取它们 |
| splineTimeR | 赫伯特Braselmann | 利用样条回归模型进行时间过程差异基因表达数据分析，然后进行基因关联网络重建 |
| 分裂 | 戴安娜低 | 文本拼接解释器 |
| splots | 沃尔夫冈•休伯 | 在微滴定板或幻灯片格式的高通量分析可视化 |
| 海绵 | 马库斯列表 | 基因表达的稀疏偏相关 |
| spotSegmentation | 克里斯Fraley | 微阵列光斑块的分割与网格化 |
| SQUADD | 武术Sankar | SQUAD软件的插件 |
| SRAdb | 杰克朱 | NCBI SRA和工具的元数据编译 |
| sRAP | 查尔斯·沃登 | 简化的RNA-Seq分析管道 |
| SRGnet | Isar Nassiri | SRGnet:一个R包，用于从转录组数据中研究基因突变的协同反应 |
| sscore | 理查德•肯尼迪 | Affymetrix寡核苷酸微阵列的S-Score算法 |
| sscu | 于太阳 | 所选密码子使用的强度 |
| sSeq | 丹尼余 | 小样本量RNA-seq实验中负二项模型弥散收缩估计 |
| ssize | 格雷戈里·r·警告 | 估计微阵列样本量 |
| SSPA | 范Iterson | 微阵列和下一代测序数据的一般样本量和功率分析 |
| ssviz | 戴安娜低 | 一个小的RNA-seq可视化工具和分析工具包 |
| 经验丰富的人 | Koen Van den Berge | 分期:对高通量基因表达数据进行分期分析 |
| 斯坦 | 拉斐尔Campos-Martin | 基因组状态注释包 |
| staRank | Juliane Siebourg | 稳定的排名 |
| StarBioTrek | 克劳迪娅静脉 | StarBioTrek |
| 斯塔尔 | Benedikt米基罗 | Affymetrix ChIP-chip数据的简单平铺阵列分析 |
| STATegRa | 大卫·戈麦斯-卡布雷罗，帕特丽夏Sebastián-León，戈登·鲍尔 | 多组学数据集成的类和方法 |
| statTarget | 半的菜肴 | 代谢物谱的统计分析 |
| stepNorm | 肖渊源 | cDNA微阵列的逐步归一化函数 |
| 彩带 | 马丁•摩根 | 支持大文件的流处理 |
| STRINGdb | Damian Szklarczyk | 交互作用蛋白质数据库检索工具 |
| STROMA4 | Sadiq萨利赫 | 为TNBC患者分配属性 |
| subSeq | 安德鲁·j·巴斯，约翰·d·斯托里 | 高通量测序计数数据的分采样 |
| SummarizedExperiment | Bioconductor包维护者 | SummarizedExperiment容器 |
| supraHex | 海方 | supraHex:用于分析表格组学数据的超六边形地图 |
| survcomp | 本杰明·海贝-凯恩斯，马库斯·施罗德，卡萨琳娜·奥尔森 | 生存分析的性能评估与比较 |
| 寿司 | 道格拉斯。H Phanstiel | 基因组数据可视化工具 |
| 股东价值分析 | Jeffrey T. Leek, John D. Storey, W. Evan Johnson | 代理变量分析 |
| SVAPLSseq | Sutirtha Chakraborty | SVAPLSseq-An R包，用于估计不必要的可变性的隐藏因素，并根据它们进行调整，以实现基于RNAseq数据的更强大和更准确的差异表达式分析 |
| SVM2CRM | Guidantonio Malagoli Tagliazucchi | SVM2CRM:顺式调控元素检测的支持向量机 |
| SWATH2stats | 彼得Blattmann | 转换和过滤统计包的SWATH数据 |
| SwathXtend | Jemma吴 | SWATH扩展了库生成和统计数据分析 |
| swfdr | 西米娜·m·博卡，杰弗里·t·莱克 | 科学的错误发现率和真零假设估计的比例 |
| SwimR | 兰迪·布莱克 | 一套用于量化秀丽隐杆线虫游泳行为的分析工具 |
| 开关箱 | Bahman Afsari, Luigi Marchionni, Wikum Dinalankara | 用于训练和验证基于使用K-Top-Scoring-Pair (KTSP)算法的配对交换的分类器的实用程序 |
| switchde | 基兰•坎贝尔 | 单细胞轨迹上的开关样差异表达 |
| synapter | 洛朗·盖托和塞巴斯蒂安·吉布 | 无标签数据分析管道的最佳识别和定量 |
| synergyfinder | Liye他 | 计算和可视化药物组合的协同作用分数 |
| synlet | Chunxuan邵 | 合成致命RNAi筛选数据的命中选择 |
| systemPipeR | 托马斯Girke | systemPipeR: NGS工作流和报告生成环境 |
| TargetScore | 李越 | TargetScore:使用microRNA过表达数据和序列信息推断microRNA目标 |
| TargetSearch | Alvaro Cuadros-Inostroza | GC-MS代谢物分析数据包 |
| TarSeqQC | 加芙美利奴 | 靶向测序实验质量控制 |
| 移行细胞癌 | 孙建强，西山友明 | TCC:基于鲁棒归一化策略的标签计数数据差分表达式分析 |
| TCGAbiolinks | 安东尼奥·科拉普里科，蒂亚戈·切德拉维·席尔瓦 | TCGAbiolinks:一个R/Bioconductor包，用于GDC数据的综合分析 |
| TCGAbiolinksGUI | 蒂亚戈。席尔瓦 | TCGAbiolinksGUI:分析癌症分子和临床数据的图形用户界面 |
| TCseq | Mengjun吴 | 时间历程测序数据分析 |
| TDARACNE | Zoppoli Pietro | 从时间过程数据进行网络逆向工程。 |
| tenXplore | VJ凯里 | 来自10x基因组学的130万小鼠神经元scRNA-seq的本体论探索 |
| TEQC | 曼胡默尔 | 目标捕获实验的质量控制 |
| ternarynet | 马修·n·考尔 | 三元网络评估 |
| TFARM | Liuba娜乌西卡马蒂诺 | 转录因子关联规则矿工 |
| TFBSTools | 通用电气谭 | 转录因子结合位点(TFBS)分析软件包 |
| TFHAZ | 阿尔贝托Marchesi | 转录因子高聚集区 |
| tigre | Antti Honkela | 表达重建的高斯过程转录因子推断 |
| tilingArray | (徐 | 高密度寡核苷酸平铺阵列转录本映射 |
| timecourse | 玉川泰 | 发育微阵列时间过程数据的统计分析 |
| timescape | 玛雅史密斯 | 病人克隆Timescapes |
| 锡 | Bjarne Johannessen | 转录组不稳定分析 |
| TitanCNA | Gavin Ha，索拉博P沙阿 | 肿瘤全基因组测序的亚克隆拷贝数和LOH预测 |
| tkWidgets | j .张 | 基于R的tk小部件 |
| TMixClust | 莫妮卡Golumbeanu | 基于高斯混合效应模型和平滑样条的基因表达时间序列聚类 |
| 三硝基甲苯 | 总部位于马 | 基因组特征的交互式可视化 |
| tofsims | 洛伦兹格柏 | 飞行时间二次离子质谱(ToF-SIMS)成像数据的导入、处理和分析 |
| ToPASeq | 伊凡娜Ihnatova | RNASeq数据基于拓扑的路径分析包 |
| topdownr | 塞巴斯蒂安·吉布 | 自上而下蛋白质组学中片段化条件的研究 |
| topGO | Adrian Alexa | 基因本体的富集分析 |
| 泛太平洋伙伴关系 | 多罗斯蔡尔兹 | 分析热蛋白质组分析(TPP)实验 |
| tracktables | 汤姆•卡罗尔 | 构建IGV跟踪和HTML报告 |
| trackViewer | Jianhong欧 | R/Bioconductor包，用于绘制优雅的交互式轨迹或棒棒糖图，以促进多组学数据的综合分析 |
| transcriptogramer | 迭戈极其 | 基于转录图的转录分析 |
| transcriptR | Armen r . Karapetyan | 基于ChIP-和RNA-Seq的初级转录本检测和量化的综合工具 |
| tRanslatome | 托马·特巴尔迪，埃里克·达西 | 多水平基因表达的比较 |
| TransView | 尤利乌斯•穆勒 | 阅读密度图的构建和添加。ChIPSeq和RNASeq数据集的可视化 |
| tra利用 | 李陈 | 基因组间隔中GWAS特征相关SNP富集分析 |
| treeio | Guangchuang余 | 系统发生树输入和输出的基类和函数 |
| TReNA | 马修·理查兹 | 利用基因表达，先验，机器学习来匹配转录调节网络 |
| trena | 保罗·香农 | 利用基因表达，先验，机器学习来匹配转录调节网络 |
| triform | 托马斯•卡罗尔 | Triform在转录因子芯片测序数据中发现了富集区域(峰) |
| 触发 | 约翰·d·层 | 基因表达遗传学的转录调控推断 |
| 三人组 | Holger Schwender | 病例-父母三人组研究中SNP和SNP相互作用的检验 |
| 三层 | 雅罗西克亲爱的 | 搜索和可视化DNA分子内三聚体形成序列 |
| TRONCO | BIMIB集团 | TRONCO是转化肿瘤学的R包 |
| TSCAN | 志诚记 | TSCAN:单细胞分析工具 |
| tspair | 杰弗里·t .韭菜 | 微阵列分类的最高评分对 |
| TSRchitect | r·泰勒Raborn | 从大规模TSS分析数据中识别启动子 |
| TSSi | 朱利安格林 | 转录起始位点鉴定 |
| TurboNorm | 范Iterson | 一种适用于微阵列归一化的快速散点图平滑器 |
| TVTB | 凯文Rue-Albrecht | TVTB: VCF工具箱 |
| tweeDEseq | 胡安·R·冈萨雷斯 | 使用泊松- tweedie分布族的RNA-seq数据分析 |
| 《暮光之城》 | 斯蒂芬妮Scheid | 局部错误发现率的估计 |
| twoddpcr | 安东尼赵 | 对二维液滴数字PCR (ddPCR)数据进行分类，量化起始分子数量 |
| tximport | 迈克尔的爱 | 导入和总结转录水平估计用于转录和基因水平分析 |
| TypeInfo | 邓肯寺郎 | 可选型号规格 |
| 撤销 | Niya王 | 肿瘤-基质混合表达的无监督反褶积 |
| unifiedWMWqPCR | 尤里斯最大经济产量 | 统一Wilcoxon-Mann Whitney Test用于检测qPCR数据中的差异表达 |
| UniProt.ws | 马克·卡尔森 | R UniProt Web服务接口 |
| Uniquorn | “Raik奥托” | 基于加权突变或变分指纹的癌症细胞系识别 |
| 的作用 | 陈郝 | uSORT:一种用于基因选择的自精炼排序管道 |
| VanillaICE | 罗伯特Scharpf | 高通量基因分型阵列的隐马尔可夫模型 |
| variancePartition | 加布里埃尔·e·霍夫曼 | 在多水平基因表达实验中量化和解释多种变异 |
| VariantAnnotation | 瓦莱丽Obenchain | 遗传变异的注释 |
| VariantFiltering | 罗伯特Castelo | 编码和非编码遗传变异的筛选 |
| VariantTools | 迈克尔•劳伦斯 | 用于变量调用探索性分析的工具 |
| vbmp | 尼古拉喇嘛 | 变分贝叶斯多项式概率回归 |
| 维加 | 桑德罗摩根氏菌属 | 一个用于副本号数据分割的R包 |
| VegaMC | 桑德罗摩根氏菌属 | VegaMC:一个实现变分分段平滑模型的包，用于识别癌症驱动染色体失衡 |
| 毒蛇 | 马里亚诺·J阿尔瓦雷斯 | 基于丰富正则分析的蛋白质活性虚拟推理 |
| vsn | 沃尔夫冈•休伯 | 微阵列数据的方差稳定与校正 |
| vtpnet | VJ凯里 | variant-transcription factor-phenotype网络 |
| 火神 | 费德里科•m . Giorgi | 基于网络的虚拟芯片seq数据分析 |
| 西瓜 | 利奥 | Illumina 450甲基化阵列归一化和度量 |
| wavClusteR | 费德里科•Comoglio | PAR-CLIP数据中rna -蛋白质相互作用位点的敏感和高分辨率识别 |
| waveTiling | 克里斯托夫单词De Beuf | 基于小波的平铺阵列转录组分析模型 |
| 韦弗 | 赛斯猎鹰 | 用于处理Sweave文档的工具和扩展 |
| webbioc | 科林·a·史密斯 | Bioconductor Web界面 |
| widgetTools | Jianhua张 | 创建一个交互式tcltk小部件 |
| wiggleplotr | Kaur Alasoo | 从BigWig文件制作读覆盖率图 |
| XBSeq | 远航刘 | 检测RNA-seq数据的差异表达 |
| xcms | 史蒂芬诺依曼 | LC/MS和GC/MS数据分析 |
| XDE | 罗伯特Scharpf | XDE:用于差异基因表达交叉研究分析的贝叶斯层次模型 |
| xmapbridge | 克里斯Wirth | 将绘图文件导出到xmapBridge以便在X:Map中可视化 |
| xps | 基督教Stratowa | Affymetrix寡核苷酸阵列包括外显子阵列、全基因组阵列和平板阵列的处理与分析 |
| XVector | Herve页面 | 外部序列的表示和操作 |
| 山药 | 莱斯利敏 | 高通量代谢组学工具 |
| YAPSA | 丹尼尔Huebschmann | 另一个签名分析包 |
| yaqcaffy | 劳伦特与 | Affymetrix表达式数据质量控制与再现性分析 |
| 纱 | 约瑟夫·N保尔森 | YARN:健壮的多条件rna序列预处理和归一化 |
| zFPKM | 罗恩·阿玛 | 促进zFPKM转换的一套函数 |
| zinbwave | 大卫。Risso | RNA-Seq数据的零膨胀负二项模型 |
| zlibbioc | Bioconductor包维护者 | 一个R包的zlib-1.2.5 |
