AneuFinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.AneuFinder

单细胞测序数据拷贝数变异分析

Bioconductor版本:Release (3.6)

该软件包实现了CNV调用，绘图，导出和分析全基因组单细胞测序数据的功能。

作者:Aaron Taudt, Bjorn Bakker, David Porubsky

维护者:Aaron Taudt < Aaron。Taudt at gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocliite ("AneuFinder")

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“AneuFinder”)

PDF	R脚本	快速介绍AneuFinder
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，GenomicVariation，HiddenMarkovModel，软件，WholeGenome
版本	1.6.0
在Bioconductor中	BioC 3.3 (R-3.3)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.3)，GenomicRanges，cowplot，AneuFinderData
进口	方法，utils, grDevices，图形，统计，foreach，doParallel，BiocGenerics，S4Vectors，GenomeInfoDb，IRanges，Rsamtools，bamsignals，DNAcopy，Biostrings，GenomicAlignments，ggplot2，reshape2，ggdendro，ggrepel，ReorderCluster，mclust
链接
建议	knitr，BiocStyle，testthat，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ataudt/aneufinder.git
这取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	AneuFinder_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	AneuFinder_1.6.0.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	AneuFinder_1.6.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/AneuFinder
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/AneuFinder/
软件包下载报告	下载数据