BUMHMM

DOI:10.18129 / B9.bioc.BUMHMM

基于结构探测实验数据的修正概率计算管道

Bioconductor版本:Release (3.6)

这是一个概率建模管道，用于计算从结构探测实验中收集的数据修改的每个核苷酸后验概率。该模型支持多个实验重复，并根据经验纠正覆盖和序列相关的偏差。该模型利用每个核苷酸的“脱落率”测量，通过对数比(LDR)在重复之间进行比较。对照重复之间的ldr定义了偶然观察到的下降率变异性的零分布，处理和对照重复之间的ldr与此分布进行比较。得到的经验p值(从零分布中“抽取”的概率)用作隐马尔可夫模型中的观测值，而β -均匀混合模型则用作发射模型。所得到的后验概率表明一个核苷酸在结构探测实验中被修改的概率。

作者:Alina Selega (alina.selega@gmail.com)， Sander Granneman, Guido Sanguinetti

维护者:Alina Selega < Alina。Selega在gmail.com>

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PDF	R脚本	BUMHMM管道简介
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细节

biocViews	贝叶斯，分类，报道，FeatureExtraction，GeneExpression，GeneRegulation，GeneticVariability，遗传学，HiddenMarkovModel，RNASeq，回归，测序，软件，StructuralPrediction，转录，转录组
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.4)
进口	devtools，stringi，gtools，统计，utils，SummarizedExperiment，Biostrings，IRanges
链接
建议	testthat，knitr，BiocStyle
SystemRequirements
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	BUMHMM_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	BUMHMM_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	BUMHMM_1.2.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/BUMHMM
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/BUMHMM/
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