BiSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiSeq

处理和分析亚硫酸氢盐测序数据

Bioconductor版本:Release (3.6)

BiSeq包提供了有用的类和函数来处理和分析靶向亚硫酸氢盐测序(BS)数据，如简化表示亚硫酸氢盐测序(RRBS)数据。特别地，它实现了一种算法来检测差异甲基化区域(DMRs)。该包从一个或多个样本中获取已经对齐的BS数据。

作者:Katja Hebestreit, Hans-Ulrich Klein

维护者:Katja Hebestreit

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("BiSeq")

文档

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browseVignettes(“BiSeq”)

PDF	R脚本	BiSeq介绍
PDF		参考手册

细节

biocViews	DNAMethylation，遗传学，MethylSeq，测序，软件
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (R-3.0)(5年)
许可证	LGPL-3
取决于	R(>= 2.15.2)，方法，S4Vectors，IRanges(> = 1.17.24),GenomicRanges，SummarizedExperiment(> = 0.2.0),公式
进口	方法,BiocGenerics，Biobase，S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges，SummarizedExperiment，rtracklayer平行,betareg，lokern，公式，globaltest
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	RRBSdata
进口我	M3D
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	BiSeq_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	BiSeq_1.18.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	BiSeq_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiSeq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/BiSeq/
包下载报告	下载数据