指南针

DOI:10.18129 / B9.bioc.COMPASS

单细胞的组合多功能分析

Bioconductor版本:Release (3.6)

COMPASS是一个统计框架，能够对抗原特异性t细胞亚群进行无偏倚分析。COMPASS使用贝叶斯分层框架来建模所有观察到的细胞子集，并选择最有可能是抗原特异性的，同时正则化多参数空间中经常出现的小细胞计数。该模型为每个细胞亚群和每个样本提供了特异性的后验概率，可用于分析受试者对感染或疫苗接种等外部刺激的免疫反应。

作者:林恩，凯文·乌西，格雷格·菲纳克，拉维奥·科尔德(pheatmap)

维护者:Greg Finak

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文档

超文本标记语言	R脚本	指南针
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细节

biocViews	FlowCytometry，软件
版本	1.16.2
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.0.3)
进口	方法,Rcpp，data.table，RColorBrewer，尺度、网格plyr，knitr，abind，线索， grDevices, utils，pdist，magrittr，reshape2，dplyr，tidyr，rlang
链接	Rcpp(> = 0.11.0)它
建议	flowWorkspace(> = 3.9.66),flowCore，ncdfFlow，闪亮的，testthat，devtools，flowWorkspaceData
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/RGLab/COMPASS/issues
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包档案

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源包	COMPASS_1.16.2.tar.gz
Windows二进制	COMPASS_1.16.2.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	COMPASS_1.16.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/COMPASS
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/COMPASS/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档