冠军

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChAMP

Illumina HumanMethylation450和EPIC芯片分析甲基化管道

Bioconductor版本:Release (3.6)

该软件包包括质量控制指标，规范化方法和新方法的选择，以识别差异甲基化区域和突出拷贝数的改变。

作者:袁田[cre,aut]， Tiffany Morris [cbc]， Lee Stirling [cbc]， Andrew Feber [cbc]， Andrew Teschendorff [cbc]， Ankur Chakravarthy [cbc]

维护者:袁田

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("ChAMP")

文档

超文本标记语言	R脚本	芯片分析甲基化管道
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文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumber，DNAMethylation，MethylationArray，微阵列，归一化，软件，TwoChannel
版本	2.9.10
在Bioconductor中	BioC 2.13 (R-3.0)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.3)，minfi，ChAMPdata(> = 2.6.0),有限元法(> = 3.1),DMRcate，Illumina450ProbeVariants.db，IlluminaHumanMethylationEPICmanifest
进口	prettydoc，股东价值分析，illuminaio，rmarkdown，IlluminaHumanMethylation450kmanifest，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19，limma，RPMM，DNAcopy，preprocessCore，嫁祸于，marray，西瓜，plyr，goseq，missMethyl，GenomicRanges，qvalue，isva，doParallel，bumphunter，quadprog，闪亮的，shinythemes，情节(> = 4.5.6),RColorBrewer，dendextend，matrixStats，combinat
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	ChAMP_2.9.10.tar.gz
Windows二进制	ChAMP_2.9.10.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ChAMP_2.9.10.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/ChAMP
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ChAMP/
软件包下载报告	下载数据
bioc3.6的旧源包	源存档